1925年の創業以来、輸入販売を主力としていた中外新薬商会は、1927年1月に医薬品製造に着手した。よって輸入依存から自社製造へ事業基盤を拡張し、後年の解毒剤グロンサン発売など独自製剤の土台を築いた。

1943年3月、中外新薬商会は株式会社に組織変更し、商号を中外製薬株式会社（本社・東京都）に変更した。すなわち戦時下における医薬品製造の体制整備を背景に、現在に続く社名と法人格をこの時点で確立している。

1944年4月、株式会社松永製薬所を吸収合併し広島県に松永工場を開設した。よって関西圏における製造拠点を獲得し、戦中・戦後の医薬品増産体制の一翼を担うこととなった。

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中外製薬の売上成長を牽引してきた大衆向け医薬品「グロンサン」の販売不振により業績が悪化。1966年3月期に中外製薬は経営再建のために早期退職者420名の募集を実施。

1993年5月、英国に「中外ファーマ・ユーケー・リミテッド」を設立した。よって欧州市場における自社販売網の整備に着手し、その後ロンドン駐在事務所の現地法人化（1994年・中外ファーマ・ヨーロッパ）にもつながる欧州展開の起点となった。

2002年3月、米国に持株会社「中外ユー・エス・エー・インコーポレーテッド」を設立した。すなわち米国における複数の現地法人を一元管理する体制を整え、後年（2015年10月）の持株会社と開発子会社の統合に至る米国組織再編の起点となった。

2002年9月、1989年に買収した米国DNA診断薬企業ジェン・プローブ・インコーポレーテッドをスピンオフした。あわせて中外診断科学の全株式を富士レビオに譲渡している。よってロシュとの戦略提携に先立ち、診断薬事業を整理し創薬への集中を進めた。

2005年6月、鏡石工場および東北中外製薬株式会社をニプロ株式会社に譲渡した。よって筑波研究所の閉鎖（同年3月）に続く生産・研究の選別が進み、ロシュ提携後の創薬集中という戦略方針が拠点再編の形で具体化していった。

2010年12月、中外製薬工業株式会社の鎌倉工場を閉鎖した。すなわち2006年の医薬品製造事業の子会社移管以降、生産拠点の集約が継続的に進められたことを示す動きとなっている。

2012年1月、抗体医薬の探索研究を担う「中外ファーマボディ・リサーチ・ピーティーイー・リミテッド」をシンガポールに設立した。よって国産初の抗体医薬アクテムラ発売後の研究機能を海外に拡張し、アジア圏における創薬研究拠点の整備を進めた。

2014年3月、中国に「日健中外製薬有限公司」を設立した。すなわち中国市場における事業展開の足場を整え、2016年6月の泰州日健中外製薬工業の設立、2022年4月の中国における開発・販売機能統合へと連なる中国体制構築の起点となった。

2022年4月、中国における開発機能と販売機能等を統合した。よって2014年の日健中外製薬設立以降に拡張してきた中国拠点を一体運営し、現地での開発から販売までの意思決定を迅速化する体制へと再編した。

2023年3月、富士御殿場研究所および鎌倉研究所を閉鎖した。すなわち中外ライフサイエンスパーク横浜（同年4月稼働）への研究機能の集約に伴い、地方研究所を整理する形で研究体制の再編を進めた。