専売公社では国内の葉たばこ産地に隣接して数十箇所の工場が存在した。だが小規模かつ老朽化が進み、生産効率が低下していた。そこで1970年代後半から国内工場の再編に着手。1986年までに4工場を新設する一方で8工場を閉鎖し、生産性改善を図った。しかし地方の雇用拠点であり政治色も強く閉鎖は難航し、再編がほぼ完了したのは2010年代であった。したがってJTは1970年から約50年以上をかけて統廃合を進める形となり、経営上のボトルネックとなった。

1980年代前半まで、海外のたばこ企業は「資本自由化の対象外」とされて日本に進出できない状況が続き、貿易摩擦の問題に発展。そこで、1982年に日本政府は「臨時行政調査会」を通じて専売公社の民営化を提言。自動車や半導体の日米貿易摩擦が深刻化する中で、規制緩和による懐柔の一手として「外国産たばこの進出容認」と「専売公社の民営化」が具現化した。

たばこ製造の近代化と効率化を進めるために福岡・鳥栖両工場を廃止し、新たに北九州工場を設置した。1970年代後半から続く国内工場集約再編の一環として位置づけられる。

医薬事業の研究開発体制を充実・強化するため医薬総合研究所を設けた。1980年代から育成してきた医薬事業を中核第二事業へ押し上げる意図がにじむ布石となった。

日本政府（大蔵大臣）による株式保有を希薄化させるために、株式上場及び政府保有株式の売却を実施

1994年の上場・第一次売出しに続き、政府保有比率を段階的に低下させる第二次売出しを実施した。すなわち民営化の設計思想に沿った株主構成の希薄化が進んだ。

塩専売制度の廃止に伴い、専売公社時代から継承していた塩専売事業が終了した。同時にたばこ共済年金を厚生年金に統合した。すなわち専売公社の遺制が法制度面でも整理された節目となった。

清涼飲料に参入するために、ユニマットコーポレーションと提携へ

縮小する国内たばこ需要に対応するため、生産性の低い国内工場の閉鎖を継続

国内たばこ需要の縮小に対応するため、広島・府中・松山・那覇の各工場を閉鎖した。前年度の仙台・名古屋・橋本工場閉鎖に続く工場集約再編の継続となった。

民営化スキームに沿って政府保有株式の第三次売出しを実施した。したがって政府保有比率はさらに低下し、株主構成の希薄化が進展した。

1972年から続いていたマールボロ製品の日本国内における製造・販売ライセンス契約を終了した。すなわちフィリップ・モリスの自販体制移行に伴いJTは国内における外資ブランド受託事業を失った。

国内たばこ需要縮小に対応する工場集約の一環として金沢工場を閉鎖した。

国内たばこ需要縮小に対応する工場集約の一環として盛岡・米子両工場を閉鎖した。

縮小する国内たばこ需要に対応するため、生産性の低い国内工場の閉鎖を継続

JTの飲料事業は2015年時点で売上高500億円規模・業界10位と低迷した。飲料業界は過当競争が進み、2013年時点で営業赤字13億円を計上するなど採算が取れない状況に陥った。よって1988年に参入した飲料事業は約30年で行き詰まった。2015年にJTは飲料事業からの撤退を決定。「桃の天然水」など強いブランドを保持していたこともあり、同業のサントリー食品インターナショナルに対し約1500億円で事業売却を決めた。

本社所在地を従来の港区赤坂から港区虎ノ門四丁目（神谷町トラストタワー）に移転した。