日本M&Aセンター創業者の分林保弘は立命館大学卒業後、会計系コンピュータを扱う外資の日本オリベッティに入社。会計士向けシステム販売に従事し、中小企業の経営問題を解決してきた。なお1970年代に日本オリベッティはTKC（栃木県計算センター）と提携した関係から、分林も会計事務所との接点を得た。その後、分林はM&A実務未経験ながら日本M&Aセンターを設立し、全国の会計事務所が出資する形で同社を中心とするM&Aネットワークの構築に着手した。

創業直後から全国の約50の会計事務所とのネットワーク構築に着手し、地域M&Aセンターを順次設立した。会計事務所が中小企業の財務情報や後継者問題を把握している点に着目し、案件発掘と紹介経路の確保を狙った仕組みであった。すなわち、地域M&Aセンター網が後の地銀ネットワークと並ぶ情報源として機能した。

創業から間もない1991年9月に大阪支社を設置し、関西圏の中小企業案件を取り込む体制を整えた。地域拠点の早期立ち上げにより、東京・大阪の二大都市圏でM&A仲介事業を展開する基盤が形成された。

顧客獲得のため、日本経済新聞の一面記事に「あなたの会社の後継社を探します」という広告を出稿。あえて「後継者」ではなく「後継社」と記載することで、日本の中小企業では馴染みのなかったM&Aの存在を啓蒙した。なお、この広告により全国から400社の問い合わせを獲得する。

中小企業にM&Aを認知させるために、分林保弘は著書を出版。出版により、地方銀行から行員研修の依頼が舞い込むようになり、後述する「全国金融M&A研究会」に発展する契機となった。

地方銀行や信用金庫で「全国金融M&A研究会」という銀行員向けの研修を定期的に開催することで、地方の金融機関との接点を構築。以後、日本M&Aセンターは地銀との協力関係を構築し、その情報ネットワークが大きな強みなる。

2000年5月に信金中央金庫および全国の信用金庫との業務提携契約を開始した。同月発足した全国金融M&A研究会と並行し、地銀よりさらに地域密着度の高い信用金庫との情報網も構築した。すなわち、地方金融機関の二層（地銀＋信金）からの案件流入経路が同時期に整えられた。

日本国内でもM&Aという表記が一般的になったことから、商号を変更

本社を都内随一の一等地である丸の内に移転。採用力の強化のための投資と推察される

創業者の分林保弘は、M&A仲介業は守秘義務の観点から上場できないと考えていたが、HISの創業者・澤田氏からのアドバイスを受けて株式上場を決意。2006年に東証マザーズへの上場を果たす

市場調査機能を強化するために、矢野経を取り込んだ

2010年4月に札幌営業所を設置し、北海道エリアでの案件発掘体制を強化した。地方拠点の段階的な拡大を進めた一環であった。

2016年4月に福岡営業所を設置し、九州エリアの案件発掘を強化した。同時期にシンガポールオフィスも設置し、国内地方拠点と海外拠点の整備を並行して進めた。

2016年8月に事業承継ナビゲーター(現ネクストナビ)を設立した。資本金4千万円で、後に持分法適用関連会社となった。中小企業の事業承継を専門に扱う関連会社を設けることで、本体のM&A仲介業務と切り分けた支援メニューを提供する体制を整えた。

2018年1月に日本投資ファンドを設立した(資本金8百万円、現持分法適用関連会社)。仲介業務にとどまらず、自ら投資する形で関与する選択肢を持たせる狙いと推察される。すなわち、純粋仲介から投資関連事業への業域拡張の布石となった。

2019年7月にJ-Adviser資格を取得し、TOKYO PRO Marketへの上場支援サービスを開始した。M&A仲介に加えて、上場準備・公開支援という隣接領域への業域拡大に踏み出した。

2020年2月にベトナムにNihon M&A Center Vietnam co.,Ltd.を設立し、現地連結子会社とした。すでにシンガポール・インドネシア・マレーシア・タイで拠点整備を進めていた東南アジアM&A体制をベトナムに拡張した。

2021年8月にNihon M&A Center Singapore Pte. Ltd.およびNihon M&A Center Malaysia Sdn. Bhd.を設立した。両社とも現地連結子会社となり、駐在員事務所から法人形態への移行により実営業を本格化する体制を整えた。

2022年4月の市場区分見直しに伴い、東京証券取引所市場第一部からプライム市場へ移行した。2007年の一部上場、2021年の持株会社制移行を経た上での新市場区分への対応であった。

2023年12月に100％子会社AtoG Capitalを設立した(資本金5千万円、現連結子会社)。仲介業務の周辺領域である投資・キャピタル機能を関連会社群に並べ、M&Aと資本提供をまとめて担う体制を補強した。