創業者の分林保弘は能楽師の家に生まれ、立命館大学卒業後に会計系コンピューターを扱う日本オリベッティに入社した。会計士向けシステム販売を通じて全国の会計事務所と人脈を築き、1970年代に同社がTKCと業務提携した縁から、各地の会計事務所が抱える経営課題に触れる機会を得た。1991年、分林はこの人脈を基盤に大阪市で日本エム・アンド・エー・センターを設立した。全国の会計事務所が出資する形態で中小企業向けM&Aの情報ネットワークを組織化する設計は他社にない特色で、設立当初から情報の集散ハブという役割が組み込まれた。中小企業の事業承継仲介は、案件情報が個別の会計事務所と地方銀行に分散して滞留しやすく、守秘義務の壁から横断集約が成立しにくい産業だ。最初から横断ネットワークを設計した点が他社との違いとなった。

当時の日本では中小企業のM&Aという概念そのものが社会的に認知されていなかった。分林は1992年に日本経済新聞の一面に「あなたの会社の後継社を探します」という広告を出稿し、「後継者」ではなく「後継社」と記載して事業そのものの譲渡を読者に示した。広告には全国からおよそ400社の問い合わせが寄せられ、事業承継の潜伏需要が積み上がっていた事実を業界に突きつけた。守秘義務の壁から案件情報を持ち寄る仕組みは当時の業界に存在しなかった。分林は「M&Aとは、必ず成功しなければならないもの」（リーダーズオンライン）という前提を掲げ、市場そのものを自社の手で作り出す起業スタイルを選んだ。

1999年、分林は著書『「中小企業」M&Aの時代が来た！』を出版し、これをきっかけに地方銀行各行から行員向け研修の依頼を獲得した。2000年には全国金融M&A研究会を発足させ、地方銀行や信用金庫の行員にM&A教育を定期的に実施した。単なる業務提携契約ではなく教育機会の提供と人的関係の長期蓄積による結びつきで、後発の競合による模倣が困難な情報基盤に育った。会計事務所と地方銀行の二層ネットワークは、案件情報の集まる場所と顧客接点を同時に押さえる構造を持ち、教育投資が結果として競争優位の源泉になった。当時の銀行は事業承継仲介を本業として手掛ける体制を持たず、行員育成の負担を外部に委ねたい誘因が強かった点も、研修の定着を後押しした。

2002年に商号を日本M&Aセンターへ変更し、2003年には本社を東京丸の内に移転して採用力を強化した。2006年に東証マザーズへ上場し、翌2007年には東証一部へ市場変更した。M&A仲介業は顧客情報の守秘義務の観点から株式上場に不向きとされていたが、エイチ・アイ・エス創業者の澤田秀雄から直接助言を受けて上場に踏み切った経緯が知られる。上場で全国規模の知名度と信用力を獲得し、その後の全国展開と人材採用を後押しした。資本市場の力を活用する選択は当時の同業他社になく、未公開のままだったブティック型仲介と一線を画した。同社が業界の規模拡大と公開化の口火を切った。

2008年に矢野経済研究所を持分法適用関連会社化し、市場調査機能をグループに取り込んだ。同年に分林から社長を引き継いだ三宅卓は、「そこまでやる!? 最強営業マンの営業術」（DIMENSION NOTE）と評される現場主導のスタイルだった。提携先金融機関への食い込みを徹底した。2012年にM&Aシニアエキスパート認定制度を開始し、金融機関側の人材育成を体系化した。2013年にはバンクオブザイヤー表彰制度を導入し、地方銀行の間でM&A紹介実績を競わせる仕組みを制度化した。同年には名古屋支社を設置して地方拠点の整備にも着手した。表彰や認定は紹介の動機付けと現場の格付けを兼ねており、金融機関の営業現場における日本M&Aセンターの優先順位を引き上げる効果を持った。

教育、表彰、拠点の三点セットを揃えた結果、会計事務所と地方銀行の二層ネットワークは制度面でいっそう強固になった。提携先金融機関から案件情報が流入し、日本M&Aセンターが仲介役として成約課金で収益を得る仕組みが定着した。中小企業の後継者不在率が年々上昇するなかで需要を取り込み、安定した成長を続けた。後継者問題という社会課題が同社の事業機会と直接重なり、市場の拡大が売上拡大として数字に現れた。社会的使命と営利事業が重なり合う稀有な立ち位置を手にした。中小企業庁が事業承継支援の政策を厚くしたことで、案件単価の積み上げにより売上は伸びた。

2016年にシンガポールへオフィスを設置し、日本の中小企業と東南アジア企業のクロスボーダーM&Aへの対応に着手した。同年には企業総合評価研究所を設立して企業価値評価の内製化を進めた。2019年にインドネシア、2020年にマレーシアへ駐在員事務所を開設し、東南アジア全域でM&A仲介の足場を築いた。国内では2020年にスピア社を完全子会社化し、グループの事業領域を広げた。2021年10月、日本M&Aセンターは持株会社制へ移行し、拡大した事業領域を束ねる組織構造を整え直した。海外と国内の双方を同時に運営する規模に達し、本体の管理機能と事業執行を切り離した狙いがあった。組織の膨張に管理体制を追いつかせる作業でもあった。

しかし持株会社制移行から2か月後の2021年12月、不正会計が発覚した。組織が拡大する過程で内部統制の不備が表面化し、社外調査委員会の報告は過大なノルマと営業現場の評価制度を主因として指摘した。会計事務所や地方銀行が同社に案件を紹介する大前提は紹介先企業の品質と信頼性にあり、不正会計はその前提に疑問を突きつけた。創業以来30年かけて築いたネットワークの信頼基盤が一挙に毀損した。社内管理体制の遅れと、市場を率いてきた会社への社会的期待との間に乖離が生じた。中小企業の事業承継というデリケートな取引を扱う以上、信頼の毀損は受託件数の減少と紹介経路の縮小という二次被害を呼ぶ性質を持っていた。

不正会計発覚後、日本M&Aセンターは品質管理と審査体制を強化した。営業現場の運用ルールを見直し、個別案件の進行管理を再構築した。2024年3月には竹内直樹が代表取締役社長に就任した。竹内は「M&Aが当たり前の戦略となる時代に『第二創業』を推し進める」（AFFLUENT 2026/04/08）と述べた。不祥事からの立て直しと新規領域の開拓を同時に進める方針を示した。同年10月には日本サーチファンドを設立し、サーチファンド型の事業承継という手法をグループ内に導入した。経営者の引き継ぎ手を社内や親族から探すのではなく、外部の経営人材を送り込む承継モデルだ。株式譲渡型仲介を中核とする同社にとって新領域への一歩となる。

品質管理の厳格化は個別案件の成約までの期間を延ばした。顧客への説明負荷の増加と、顧客側の意思決定における慎重化が重なり、受託から成約に至るプロセスが構造的に長期化した。M&A仲介業は成約課金型の収益モデルを基本とするため、個別案件の成約遅延はそのまま売上計上の後ろ倒しとして会計数字に直結する。業務の質を高めることと短期売上を確保することの間の緊張関係が、就任直後から竹内体制の重い課題となった。品質と速度の同時追求は仲介ビジネスの構造的な難題で、現場運用の改訂と業績の整合をどう取るかが焦点となった。営業現場の評価制度を成約件数偏重から品質重視へ組み替える作業も並行して進んだ。

信頼回復と並行して、同社は海外拠点の深化と新しい事業承継手法の開拓を二本立てで進めた。東南アジアではシンガポール、インドネシア、マレーシア、ベトナムの主要4か国に展開した現地拠点を通じて、日系中小企業と現地企業の橋渡しを担う役割を強めた。現地の会計事務所や金融機関との関係構築は国内ネットワーク戦略の海外版で、30年かけて国内で培ったノウハウをアジア市場に応用する試みでもあった。日本の中小企業が成長機会を求めてアジアへ進出する動きが広がるなか、同社はその受け皿として地歩を固めた。クロスボーダー案件は国内案件と比べて手続きが複雑で、現地法制と税制への対応力が問われた。

国内ではサーチファンド型の事業承継というアプローチに着手した。後継者のいない中小企業に対して、経営を引き継ぐ意思を持つ個人サーチャーを外部から送り込むモデルだ。伝統的な株式譲渡型のM&Aとは異なる選択肢として業界内外から注目を集める。日本サーチファンドの設立はその制度基盤の整備で、中小企業側が親族や社内に後継者を見つけられない場合の実務的な解決策を、従来の仲介の枠組みの外側から提供する試みだ。サーチャーの選定と育成、譲渡側オーナーとのマッチング、譲渡後の経営支援の三工程を一貫して担う設計だ。創業以来の中核事業を守りながら新しい収益源を育てる作業に入った。