国内のフェリー輸送事業の拡大を目的として、日本沿海フェリー株式会社が発足した。のちに商船三井グループのフェリー事業の中核を担う流れにつながった。

船客部門の業務を分離し、商船三井客船株式会社を新設した。客船事業を専業会社に切り出すことで、貨物海運との経営資源を分け、運営体制を整えた。

三井航空サービス株式会社と商船航空サービス株式会社が合併し、エムオーエアシステム株式会社（現・商船三井ロジスティクス株式会社）が発足した。航空貨物・物流事業の体制強化を狙った再編であった。

株式会社ダイヤモンドフェリーに資本参加した。瀬戸内・九州航路を担うフェリー会社との関係を強化し、のちのフェリー事業統合の布石となった。

日本海汽船株式会社を合併した。バブル崩壊後の海運再編の流れの中で、商船三井は内航・近海部門の統合を進めた。

新栄船舶株式会社を合併した。グループ会社の整理統合により、運営の効率化を進める動きの一環であった。

東京マリン株式会社（現MOL Chemical Tankers Pte. Ltd.）を子会社化した。すなわちケミカル船事業の中核を担う子会社をグループ内に取り込み、のちにシンガポール拠点に再編していく流れの起点となった。

商船三井興業株式会社、日本工機株式会社、ナビックステクノトレード株式会社が合併し、商船三井テクノトレード株式会社が発足した。グループ内の商社機能を一本化した。

商船三井フェリー株式会社（現・株式会社商船三井さんふらわあ）が発足した。これによりフェリー事業の専業会社が再編成され、のちのさんふらわあブランド統合への基盤となった。

不動産事業への進出

関西汽船株式会社を子会社化した。瀬戸内航路のフェリー大手をグループに取り込み、国内フェリー事業の集約を進めた。

日産専用船株式会社を子会社化した。自動車専用船事業との結びつきを強化し、完成車輸送のサプライチェーンを内製化する流れにつながった。

株式会社エム・オー・エル・マリンコンサルティングと株式会社MOLケーブルシップが合併し、株式会社MOLマリンが発足した。海底ケーブル敷設や海洋調査関連の技術機能を一本化した。

商船三井ロジスティクス株式会社を完全子会社化した。物流子会社の上場を維持しないかたちでグループ内に取り込み、海運と物流の一体運営を進めた。

商船三井フェリー株式会社と株式会社フェリーさんふらわあが合併し、商号を株式会社商船三井さんふらわあに変更した。「さんふらわあ」ブランドの下にフェリー事業を一本化し、瀬戸内・九州航路の運営体制を整えた。

株式会社北拓を子会社化した。すなわち再生可能エネルギー領域への布石として、風力発電のメンテナンスを担う事業会社を取り込んだ動きであった。