1999年8月に有限会社から株式会社ディー・エヌ・エーへ組織変更した。同月に本社を東京都渋谷区へ移転し、初期の事業基盤を都心側に整えた。

1999年11月にオークションサイト「ビッダーズ」のサービスを開始した。よってPC向けオークションでヤフー等との競合に直面し、後年のモバイル転換を促す原型となった。

2007年12月に東京証券取引所マザーズから市場第一部へ市場変更した。マザーズ上場から2年弱で一部に到達し、モバゲータウンの収益拡大が市場評価を押し上げた。

2008年1月にDeNA Global, Inc.を米国に設立した。すなわち国内モバイルプラットフォームの海外展開を視野に入れた前哨拠点で、後年のngmoco買収に至る布石となった。

2011年にDeNAの社長に創業期からの社員であった守安功が就任し、創業者の南場智子氏は取締役会長となった。以後、守安社長と南場会長の２頭体制で、DeNAが経営された。

DeNAは球団ビジネス参入のため、2011年に横浜ベイスターズの議決権66.92%を65億円で取得した。アドバイザリー費用は約600万円で、買収に伴い59億円ののれんを計上した。狙いは全国的な知名度向上にあった。買収5年後の2015年に南場智子会長は「日本全国に社名が知られるようになった。人材が命の当社にとって本業に資する」と述べている。

2011年3月に「モバゲータウン」のサービス名称を「Mobage」へ変更した。海外展開を視野に入れたグローバル名称への統一であり、同年7月には海外向けMobageを開始した。

2012年に携帯ゲーム業界では18歳未満の重課金が「コンプガチャ問題」として顕在化した。そこでGREE、DeNA、mixi、サイバーエージェント、ドワンゴ、NHNの6社はコンプガチャ全廃を取り決めた。DeNAは対応として18歳未満は月1万円、15歳未満は月5,000円までと有料課金額に上限を設けた。

2012年12月にゲーム開発会社Cygamesの株式を取得し関連会社化した。Mobage向けタイトル供給と協業を強化する狙いで、後の主力ゲーム供給源の一翼を担うこととなった。

新規事業としてキュレーションメディアに参入するために、iemoおよびペロリの2社の買収を決定。個別の買収価格は非開示だが、2社合算の取得価格は37億円。なお、これらのキュレーションメディアの買収および運営上の問題によって、DeNAは社会的な信頼を喪失した。

DeNAは株式会社横浜DeNAベイスターズを通じて、株式会社横浜スタジアムの株式76.87%を取得。取得対価は80.7億円であったが、同社の純資産130億円から非支配持分20億円を差し引いた20億円を「負ののれん発生益」として計上した。DeNAとしては横浜ベイスターズとともに、球場経営を一体的に行うことで事業収益を改善する狙いがあった。

2006年から展開していた業者向けEC「DeNA BtoB Market」について、事業売却を決定。新設する株式会社NESTAに事業を継承し、同社の全株式をオークファンに譲渡して撤退した。譲渡価格は12.5億円であった。

FY2015に投資有価証券を231億円で取得。DeNAが保有する現預金の比率が高まり、資産運用による収益の確保を目論んだと推定。取得内容の内訳は非開示

2019年5月にDeNAは500億円（発行済み株式の約26%）を上限とする自社株買いを実施する方針を発表。2019年度において、321億円で自己株式を取得した。

ゲーム事業で減損損失511億円を計上。ngmoco社の買収は失敗へ

ライブストリーミング事業を強化するためにIRIAM社の買収を決定。株式100%を89億円で取得した。

2022年4月の東京証券取引所市場区分の見直しに伴い、第一部からプライム市場へ移行した。

医療・ヘルスケア分野を強化するために、アルム社の買収を決定。株式52.3%を247億円で取得した。

FY2023/3Qにおいて、買収企業であるアルム社およびIRIAM社について、業績不振を理由に減損損失の計上を決定。加えてゲーム事業でも減損計上した結果、FY2023/1Q-3Qにおいて、DeNAは189億円の最終赤字に転落した。