ペプチドリーム：菅裕明・窪田規一の創業と創薬基盤PDPSの確立

2006年7月、人工RNA触媒フレキシザイムを開発した東京大学教授の菅裕明氏と、窪田規一氏の2人が東京都千代田区でペプチドリームを設立した。研究室の置き場所は、東京大学先端科学技術研究センターの中。設立当初の資金は創業メンバーとエンジェル投資家が出し、他人資本に依存しなかった。同年12月には東京大学から、フレキシザイムを中心とする技術の独占的通常実施権を、第三者へのサブライセンス権付きで取得した。2007年5月にはニューヨーク州立大学からも基本特許について同じ条件の実施権を得た。サブライセンス権まで押さえたのは、技術を製薬企業へ供与して対価を得る事業を初めから想定していたためとみられる。

2007年にCATおよびアストラゼネカと最初の共同開発を始め、2010年4月には本社とラボを東京大学駒場リサーチキャンパスKOLへ移した。同年10月、独自の創薬基盤PDPSを確立。2010年にはアムジェン、ノバルティス、ブリストル・マイヤーズ スクイブ、ファイザーの4社と共同開発を始めた。ブリストル・マイヤーズ スクイブとの提携は2010年10月15日に始まり、2012年2月に延長が決まった。延長後も研究資金を受け取り、成果に応じたマイルストーンと製品販売時のロイヤルティを得る条件である。2011年以降は毎期黒字を確保し、2012年にはGSKとイプセンが提携先に加わった。