1781年6月、初代武田長兵衛氏は大阪道修町で薬種商を創業し、和漢薬の仲買を始めた。当主が「武田長兵衛」を代々襲名する慣行により、個人ではなく屋号と信用を軸に事業を存続させる仕組みが形づくられた。この構造は130年以上にわたり維持され、武田は道修町の有力薬種商として地歩を固めた。1871年には西洋からの薬輸入にも踏み出し、和漢薬の仲買業に輸入商としての機能を重ねた。道修町では当時、薬種商が株仲間として強い結束を持ち、相互の信用で取引を回していたため、襲名と屋号を軸にした事業形態はこの商圏で生き残るための合理的な選択だった。仲買の信用は長期にわたる取引の積み重ねでしか育たず、襲名制はその時間資本を次代へ引き継ぐための装置でもあった。

最初の転換点は1914年の第一次世界大戦である。ドイツからの医薬品輸入が途絶え、輸入依存の事業構造は根底から揺らいだ。1915年、武田は大阪に武田製薬所を新設して自社製造を始めた。流通から製造への移行であり、武田は「薬を流す企業」から「薬を作る企業」へ転じた。輸入途絶という外部環境の変化が、100年以上続いた薬種商という業態を能動的に捨てさせる転換点となり、以後の研究開発志向への素地はここで敷かれた。戦後の新薬開発も、戦前の製造基盤があったからこそ滑らかに接続できた。原料調達から製剤化までを自社で抱える体制は、戦後の合成医薬品への移行にも耐えうる柔軟性を持っていた。

1954年3月、武田はビタミンB1誘導体を有効成分とする大衆薬「アリナミン」を発売した。戦後の栄養不足のなか三船敏郎氏を起用した広告を打ち、「タケダ会」による全国統一価格販売で流通秩序を築いた。1955年度にはビタミン剤が売上高の37%を占め、武田は「作る」だけでなく「売る」企業としての顔も併せ持った。第5代社長武田長兵衞は「生産においては良質廉価、販売面では実売上げ、実回収の促進」（読売新聞 1959/02/24）を経営方針として掲げ、需要取り込みと流通統制を並行して行った。大衆薬モデルは高収益と知名度を武田にもたらしたが、医療用医薬品への研究開発投資を遅らせる要因ともなった。1964年に医薬品ブームが消滅すると需要は伸び悩み、アリナミン一商品への依存が収益を直撃した（週刊東洋経済 1972/06/10）。成功体験は武田の経営に長く影響を与え続けた。

一方で武田は1959年にキノホルム製剤の販売を開始し、1970年代にはスモン薬害が社会問題として表面化した。1977年から1980年にかけて引当金累計約200億円を順次計上し、薬害問題を経営上の確定損失として処理した。短期の収益悪化を受け入れる代わりに、将来の補償負担の不確実性を縮め、研究開発投資を強化するための前提条件を固めた。大衆薬の成功で積み上げたキャッシュを薬害の清算に投じることで、次章の創薬投資に向けた足場を整える狙いでもあり、この処理なしには1980年代以降の研究開発への資源集中は難しかった。過去の負債を早期に確定させる判断は、後の物質特許制度への対応を可能にする財務的な地ならしでもあった。

1976年の物質特許制度実施により創薬特許の実効性が高まり、武田は研究開発費を競合の倍の水準まで引き上げた。米国現地法人にいた武田國男氏が前立腺がん治療薬リュープリンに経営資源を集中させる決断を下し、1989年に米国で発売した。投与回数の少なさが医療現場に受け入れられて売上は拡大し、グローバルで1000億円を超える主力医薬品に育った。もっとも当初から年商1000億円規模の薬を狙っていたわけではない。開発担当の森田桂常務も発売時「残念ながら市場はそう大きくない」（日経ビジネス 1985/12/09）と話したほどで社内の期待は限定的だった。米国市場で自力販売した経験が、後のミレニアム買収へつながる臨床基盤と営業基盤を武田の内部に残した。

1993年に武田國男氏が社長に就くと、多角化から専門化への改革を本格化させた。1995年3月には10年で3500人を削減して7500人体制とする計画を公表し、2001年以降はウレタン・ビタミン・農薬・食品・生活環境といった事業を順次切り離した。武田國男氏は1996年に「ローカルカンパニーとしてなんとか生き残るか、もしくは消滅するかです」（日経ビジネス 1996/04/22）と語り、医薬専業化の不可避性を社内外に示した。戦後長く続いた多角化経営の終わりであり、武田が「薬だけで食っていく」企業に戻るための身軽化でもあった。

2008年、長谷川閑史社長はミレニアムを約89億ドルで買収し、がん領域の創薬基盤と米国拠点を一括で取得した。「買収で時間を買う」発想の起点であり、2011年にはナイコメッドを約1兆1000億円で買収して欧州と新興国の販売網を手に入れた。全額現金での調達により株式の希薄化は避けたが、無借金経営からの転換であり、以後の財務レバレッジ依存路線への扉を開いた。長谷川社長は同族経営の「タケダ」を世界の「TAKEDA」へ変革させる構想を掲げ、海外M&Aによるグローバル化を経営の中核に据えた。背景には自前パイプラインの細りがある。2004年3月期から2012年9月中間期までの9年半で約2兆4000億円を研究開発に投じてもアクトスに匹敵するブロックバスターは生まれなかった。武田は国内中心の製薬会社から脱したが、自前研究開発と外部調達のバランスを崩す入り口でもあった。

買収した海外企業を統治できる人材が社内に十分育っておらず、2015年には英グラクソ・スミスクライン出身のクリストフ・ウェバー氏をCEOに据えた。日本の製薬最大手のトップに外国人が就くという判断は、グローバル経営の必然であると同時に、社内で後継者を育てられなかった帰結でもあった。医薬専業化と海外買収で事業の姿は変わったが、経営人材の育成はその速度に追いつかず、その溝を外部招聘で埋める構図がここから定着した。この構図は以降、ウェバー体制の長期化として経営の選択肢を狭める要因にもなった。社外から調達した経営資源に依存する構造は、買収戦略と二重写しの姿で武田を縛り続けた。

2016年4月にCEOへ就いたウェバー氏は、ARIADを2017年に5831億円で買収するなど希少疾患領域の補強を重ね、2018年には東京にグローバル本社を開設してグローバル経営の運営拠点を本店所在の大阪と並ぶ形で整えた。その総仕上げとして、2019年1月に武田はShireを約6.2兆円で買収し、世界トップ10入りを果たした。希少疾患と血漿分画製剤の事業基盤を一括で取得し、売上高は3兆円規模へ跳ね上がった。Shire株主への対価提供と日米両市場での株式流動性確保のため、2018年12月にはニューヨーク証券取引所へ米国預託証券を上場した。日本企業による海外M&Aとして過去最大級の案件であり、医薬専業化と海外展開の集大成であると同時に、財務体力の許容線まで踏み込んだ賭けでもあった。

買収プレミアムの回収には想定以上に時間を要し、有利子負債は膨張した。ウェバー氏自身は240年の歴史を持つタケダを長期視点の会社と位置付け、240年後にもタケダが強い会社として残る前提のもと、長期視点での投資正当化を繰り返した。のれん償却の影響が続くなか、6.2兆円投資の正当性は長期の臨床成果で確かめるほかなく、買収直後から格付けは引き下げ圧力にさらされた。武田の経営は、買収で積み上げた負債の返済と、次の主力品を生む研究開発という二つの支出を同時に背負うことになり、その両立が財務運営の軸となった。

財務立て直しのため、武田は2017年に和光純薬工業を富士フイルムホールディングスへ売却し、2020年8月にはアリナミンを含む大衆薬事業を約2500億円で米系ファンドへ手放した。創業以来の看板製品を切り離す判断は、Shire買収が残した財務負担の大きさを映した。アクトス級のブロックバスターを自前で生み出せないまま、武田は1989年のリュープリン以降、ミレニアム・ナイコメッド・ARIAD・Shireと外部買収で事業基盤を継ぎ足してきた。事業も人材も「買う」ことで短期的には問題を解けたが、「育てる」ことを省略した代償は、看板製品の手放しとなって返った。

アリナミン売却は、戦後の国民的ブランドと引き換えに創薬事業の財務余力を確保する取引であり、1954年の発売以来70年近く続いた大衆薬で現金を稼ぐビジネスモデルに終止符を打った。この売却で武田は名実ともに「医療用医薬品だけの会社」となった。1781年の薬種商創業から数えて240年あまり、屋号と信用を代々受け継いできた同族企業は、外国人CEOが率いる世界規模の医薬専業企業に変わった。2026年6月にはジュリー・キム氏がCEOに就任する予定で、ウェバー期に固まった外部招聘の経営体制が次代へ引き継がれる。