- FY12〜FY16の社長は窪田規一氏で、日産自動車から株式会社JGSを経て2006年にペプチドリームを共同創業し、初代代表取締役として上場まで導いた創業経営者である。FY16以降は会長として残った。
- FY17以降はリード・パトリック氏が代表取締役社長を務め、米Dartmouth Medical Schoolポスドク出身でCSO（チーフ・サイエンス・オフィサー）から昇格した。FY21からはCEOを兼ね、技術開発側からの社長登用という同社の特徴を体現する。
- 創業者の菅裕明氏（東京大学先端科学技術研究センター教授）はフレキシザイム技術の開発者として研究顧問に位置づけられ、経営から距離を置いた創業者構成である。