ベイカレントの源流は、1998年3月に神奈川県藤沢市で設立された有限会社ピーシーワークスである。創業者の江口新氏は「経営・業務とITに関するコンサルティング・システムインテグレーション・アウトソーシング」を事業目的として会社を立ち上げた。2004年時点の業務内容は「ビジネスソリューション（コンサルティング）」「ネットワークソリューション（提案・構築・保守運用）」「RDBソリューション（提案・構築・チューニング）」の3軸で、ITを中心としたコンサルおよび構築を担う独立系SIerであった。1990年代後半は日本企業のIT投資が本格化する直前で、メインフレーム系の大手SIerが市場を支配するなか、独立系小規模事業者にとっては大企業の業務改善案件への参入が現実的なビジネスモデルだった。

2000年6月、有限会社から株式会社ピーシーワークスへ組織変更し、法人形態を整えた。2002年、大手企業向けのITコンサルティング事業を本格化するため大手プロジェクト・ビジネスソリューション事業部を発足し、専任部署での採用活動を始めた。SIerからコンサルティング会社への第一歩となる組織改編であった。2002年3月、本社を東京都新宿区へ移転、コンサル業務の主要顧客が東京都心の大企業本社に集中する事業特性に合わせて首都圏での営業基盤を立ち上げた。

2004年、ベイカレントは社内独立制度（パートナー募集）の運用を始めた。コンサル事業の展開に必要な営業力ある人材を確保するための仕組みで、シニアパートナーで年収900万円、エグゼクティブパートナーで年収1,500万円のモデル条件を提示し、外資系コンサルティングファーム出身者を中心に取り込んだ。フルコミッション型の社内独立を支援する設計が、上流工程に踏み込むための人材調達の主軸となった。2006年2月期、中途採用と新卒採用の積極化により従業員数は400名を突破、売上は45.5億円となった。社員1人あたりの年間売上は推定約1,100万円で、人月単価90万〜100万円のレンジの案件を回転させる体制となった。

2006年12月、株式会社ピーシーワークスから株式会社ベイカレント・コンサルティングへ商号を変更した。Strategy、Business Process、ITの3軸で付加価値の高い上流工程に進出する方針が公表され、ITを基盤にしたコンサル会社へとブランドを切り替える意思決定であった。2011年2月期、リーマンショック後のコンサルティング需要の減少でベイカレントの売上成長は低迷した。創業者の江口新氏は2012年3月に社長を退任、マッキンゼー・アンド・カンパニーの日本共同代表を務めた萩平和巳氏（2011年5月入社）が新社長に就任した。ITコンサルティングの知見を持つ経営者を外部から招く形での承継であった。

2014年4月、ベイカレント・コンサルティングは経営体制の刷新を目的にMBOの実施を決断した。創業者・江口氏の資本影響を低下させる資本政策の変更であった。同月、バイロン・ホールディングスを設立し、Sunrise Capitalを中心に創業者の江口氏、当時社長の萩平氏も加わる第三者割当増資で88.4億円を調達した。同年6月、バイロンHDが旧ベイカレント・コンサルティングの全株式100%を取得しMBOを成立、買収価格は210億円で、のれん188億円を計上した。第三者割当増資88.4億円を超える分は、金融機関からの長期借入（推定110億円）でまかなった。2014年8月に本社を港区へ移転、10月にはバイロンHDが旧ベイカレント・コンサルティングを吸収合併し、同日付で商号を「ベイカレント・コンサルティング」に変更、2代目法人として運営する体制に切り替えた。MBOによってベイカレントは多額の負債を背負う形となり、2015年2月末の自己資本比率は37.7%、無形固定資産が多額に計上される財務体質となった。

阿部義之氏（1966年4月生まれ）はこの再編を経て、2015年5月にベイカレント取締役コンサルティング＆IT事業本部長に就任、2016年12月の代表取締役社長就任への布石を作った。萩平在任中のMBO実行と上場準備期の取締役登用が、阿部体制への承継経路となった。