エムスリーの筆頭株主はソニーグループで、34.5%（2026年3月）を保有する。過半には満たないため親会社ではない。同社はソネット・エムスリーとして生まれ、2003年7月に社内で並行運営していた2つの医療情報サイトを統合して「m3.com」へ一本化した。
資本政策における重要な意思決定 2003年 並行運営した2つの医療情報サイトを統合し「m3.com」へ一本化 詳細を読む大株主の推移（2006年-2026年）
| 順位 | 2005年（2006/3） | 2010年（2010/3） | 2015年（2015/3） | 2020年（2020/3） | 2025年（2025/3） |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 60.80% | 56.50% | ソニー39.40% | ソニー34.00% | ソニーグループ33.90% |
| 2 | 谷村 格5.30% | 6.10% | 7.50% | 11.40% | 13.90% |
| 3 | 3.20% | 6.00% | 4.90% | 11.00% | 8.40% |
| 4 | 2.50% | 谷村 格4.90% | 谷村 格3.00% | - | NTTドコモ3.00% |
| 5 | 2.00% | 2.30% | 1.90% | NTTドコモ3.00% | 谷村 格2.90% |
| 6 | 1.10% | 1.10% | - | 谷村 格2.90% | - |
| 7 | 1.00% | 1.00% | 1.40% | - | - |
| 8 | 日本証券金融1.00% | 1.00% | - | 1.80% | - |
| 9 | 1.00% | 1.00% | 1.20% | - | - |
| 10 | 0.60% | 0.60% | 0.90% | - | 1.20% |
| （当時: ソネット・エムスリー）有価証券報告書（2006年3月期） | （当時: エムスリー）有価証券報告書（2010年3月期） | （当時: エムスリー）有価証券報告書（2015年3月期） | （当時: エムスリー）有価証券報告書（2020年3月期） | （当時: エムスリー）有価証券報告書（2025年3月期） |
前半（1950〜2000年）は10年刻み、直近20年（2005〜2025年）は5年刻みのスナップショット。1980年以前は外部の歴史的史料（株式会社年鑑、会社年鑑等）、それ以降は有価証券報告書を出典とする。比率は各期の総発行株式数に対して算出。
直近10年の大株主（2016年-2026年）
筆頭（1位）2〜3位数値は持株比率(%)／保有株数。株主名をクリックで正式名称を表示
| 株主名 | FY152016/3 | FY162017/3 | FY172018/3 | FY182019/3 | FY192020/3 | FY202021/3 | FY212022/3 | FY222023/3 | FY232024/3 | FY242025/3 | FY252026/3 | FY26 | FY27 | FY28 | FY29 | FY30 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 39.40%127,382,000株 | 34.00%110,078,000株 | 34.00%110,078,000株 | 34.00%220,157,000株 | 34.00%230,457,000株 | 34.00%230,457,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 33.90%230,458,000株 | 33.90%230,458,000株 | 33.90%230,458,000株 | 33.90%230,458,000株 | 34.50%230,458,000株 | - | - | - | - | - | |
| 7.70%24,983,000株 | 7.80%25,410,000株 | 10.70%34,616,000株 | 10.30%66,989,000株 | 11.40%77,182,000株 | 10.80%73,382,000株 | 7.80%52,685,000株 | 8.20%55,636,000株 | 7.60%51,848,000株 | 8.40%56,744,000株 | 8.50%56,752,000株 | - | - | - | - | - | |
| 3.80%12,341,000株 | 4.00%12,877,000株 | 5.10%16,368,000株 | 5.40%35,002,000株 | 11.00%74,706,000株 | 10.90%73,998,000株 | 14.90%101,100,000株 | 15.40%104,841,000株 | 14.50%98,624,000株 | 13.90%94,365,000株 | 14.60%97,441,000株 | - | - | - | - | - | |
| 3.00%9,678,000株 | 3.00%9,679,000株 | 3.00%9,711,000株 | 3.00%19,423,000株 | 2.90%19,436,000株 | 2.90%19,457,000株 | 2.90%19,466,000株 | 2.90%19,474,000株 | 2.90%19,474,000株 | 2.90%19,474,000株 | 2.90%19,505,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 4.60%29,973,000株 | 4.80%32,642,000株 | 4.20%28,208,000株 | 4.10%28,088,000株 | 4.10%27,942,000株 | 4.20%28,236,000株 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 3.00%20,200,000株 | 3.00%20,200,000株 | 3.00%20,200,000株 | 3.00%20,200,000株 | 3.00%20,200,000株 | 3.00%20,200,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| 3.30%10,535,000株 | 3.80%12,243,000株 | 4.10%13,418,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 1.40%4,519,000株 | 2.50%8,189,000株 | 3.10%10,101,000株 | 2.40%15,319,000株 | - | - | - | - | - | - | 2.30%15,644,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.50%10,003,000株 | 2.60%17,313,000株 | - | - | - | - | - | |
| 1.80%5,740,000株 | 1.80%5,742,000株 | 1.60%5,027,000株 | 1.50%9,578,000株 | 1.30%8,950,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | 1.60%11,034,000株 | 2.00%13,545,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| - | 1.90%6,210,000株 | 1.80%5,893,000株 | 1.70%11,209,000株 | 1.30%8,574,000株 | 1.20%8,110,000株 | 1.10%7,259,000株 | 1.00%6,489,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 2.30%15,791,000株 | 2.70%18,209,000株 | 2.40%15,988,000株 | 1.10%7,372,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | 1.50%10,246,000株 | 1.40%9,842,000株 | 1.30%9,086,000株 | 1.50%9,970,000株 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 1.70%11,245,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.80%11,924,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00%13,400,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | 1.20%3,786,000株 | - | - | 1.00%6,945,000株 | 1.10%7,449,000株 | 1.20%8,114,000株 | 1.20%8,347,000株 | 1.30%8,585,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.20%8,463,000株 | 1.30%8,463,000株 | - | - | - | - | - | |
| 1.30%4,136,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.10%7,607,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | 0.90%6,434,000株 | - | 1.00%6,738,000株 | - | - | - | - | - | |
| 1.20%3,800,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | 1.00%3,233,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
有価証券報告書「大株主の状況」の上位 10 位をもとに作成。株主名は NFKC 正規化と「株式会社」「（信託口）」等の除去で名寄せしているが、 合併・社名変更・信託口番号変更などで別行になることがある。持株比率は発行済株式総数から自己株式等を控除して算出する場合があり、控除の基準は社によって違う。