歴代の筆頭株主 2006年から2025年・5時点
| 時点 | 筆頭株主 | 持株比率 |
|---|---|---|
| 2006年3月時点 | エムエルビーエフエス ノミニーィ／ダノン アジアホールディングス プライベート リミテッド | 20.02% |
| 2010年3月時点 | エムエルピーエフエス ノミニー・ダノン アジアホールディングス プライベート リミテッド | 20.02% |
| 2016年3月時点 | バークレイズバンクピーエルシー シンガポール ノミニーィ ダノン プロパィオティクス プライベート リミテッド | 20.02% |
| 2020年3月時点 | ダノン プロバイオティックス ピーティイー リミテッド | 6.61% |
| 2025年3月時点 | 日本マスタートラスト信託銀行 | 13.13% |
大株主の推移（2006年-2026年）
| 順位 | 1980年調査中 | 1990年調査中 | 2000年調査中 | 2005年（2006/3） | 2010年（2010/3） | 2015年（2016/3） | 2020年（2020/3） | 2025年（2025/3） |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | - | - | - | 20.02% | 20.02% | 20.02% | 6.61% | 13.13% |
| 2 | - | - | - | 松尚6.55% | 松尚6.55% | 3.69% | 5.72% | 4.35% |
| 3 | - | - | - | フジテレビジョン3.69% | 3.69% | みずほ信託銀行2.82% | 4.49% | 3.71% |
| 4 | - | - | - | 3.43% | 2.82% | 松尚2.80% | 4.04% | 3.32% |
| 5 | - | - | - | みずほ信託銀行2.82% | 共進会2.28% | 共進会2.54% | 3.09% | 共進会2.59% |
| 6 | - | - | - | 2.57% | 1.82% | 1.60% | 共進会2.36% | 松尚2.29% |
| 7 | - | - | - | 共進会2.22% | 1.73% | キリンビバレッジ1.40% | 松尚2.13% | - |
| 8 | - | - | - | 日本生命保険1.66% | 日本生命保険1.66% | 1.36% | 1.75% | - |
| 9 | - | - | - | キリンビバレッジ1.40% | キリンビバレッジ1.40% | みずほ銀行1.24% | キリンビバレッジ1.53% | - |
| 10 | - | - | - | 中村 輝夫1.15% | みずほ銀行1.24% | 中村輝夫1.15% | みずほ銀行1.36% | 日本生命保険1.14% |
| （当時: ヤクルト本社）有価証券報告書（2006年3月期） | （当時: ヤクルト本社）有価証券報告書（2010年3月期） | （当時: ヤクルト本社）有価証券報告書（2016年3月期） | （当時: ヤクルト本社）有価証券報告書（2020年3月期） | （当時: ヤクルト本社）有価証券報告書（2025年3月期） |
前半（1950〜2000年）は10年刻み、直近20年（2005〜2025年）は5年刻みのスナップショット。1980年以前は外部の歴史的史料（株式会社年鑑、会社年鑑等）、それ以降は有価証券報告書を出典とする。比率は各期の総発行株式数に対して算出。
直近10年の大株主（2016年-2026年）
筆頭（1位）2〜3位数値は持株比率(%)／保有株数。株主名をクリックで正式名称を表示
| 株主名 | FY152016/3 | FY162017/3 | FY172018/3 | FY182019/3 | FY192020/3 | FY202021/3 | FY212022/3 | FY222023/3 | FY232024/3 | FY242025/3 | FY252026/3 | FY26 | FY27 | FY28 | FY29 | FY30 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1.36%2,397,000株 | 1.51%2,648,000株 | 2.92%4,681,000株 | 5.02%8,063,000株 | 5.72%9,181,000株 | 7.54%12,104,000株 | 15.24%24,179,000株 | 14.30%22,318,000株 | 13.12%39,768,000株 | 13.13%39,147,000株 | 10.94%31,942,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | 20.02%35,212,000株 | 6.61%10,612,000株 | 6.61%10,612,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 20.02%35,212,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 6.61%10,612,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 3.69%6,492,000株 | 3.69%6,492,000株 | 4.05%6,492,000株 | 4.04%6,492,000株 | 4.04%6,492,000株 | 4.05%6,492,000株 | 4.09%6,492,000株 | 4.16%6,492,000株 | 4.28%12,984,000株 | 4.35%12,984,000株 | 4.44%12,984,000株 | - | - | - | - | - | |
| 1.60%2,806,000株 | 1.80%3,169,000株 | 3.56%5,713,000株 | 4.80%7,707,000株 | 4.49%7,209,000株 | 4.71%7,562,000株 | 5.92%9,393,000株 | 4.34%6,778,000株 | 3.57%10,826,000株 | 3.71%11,070,000株 | 1.87%5,467,000株 | - | - | - | - | - | |
| 2.82%4,957,000株 | 2.82%4,957,000株 | 3.09%4,957,000株 | 3.09%4,957,000株 | 3.09%4,957,000株 | 3.09%4,957,000株 | 3.12%4,957,000株 | 3.18%4,957,000株 | 3.27%9,914,000株 | 3.32%9,914,000株 | 3.39%9,914,000株 | - | - | - | - | - | |
| 2.80%4,917,000株 | 2.80%4,917,000株 | 2.13%3,417,000株 | 2.13%3,417,000株 | 2.13%3,417,000株 | 2.13%3,417,000株 | 2.15%3,417,000株 | 2.19%3,417,000株 | 2.25%6,835,000株 | 2.29%6,835,000株 | 2.34%6,835,000株 | - | - | - | - | - | |
| 2.54%4,462,000株 | 2.51%4,411,000株 | 2.49%3,994,000株 | 2.46%3,946,000株 | 2.36%3,793,000株 | 2.39%3,834,000株 | 2.44%3,872,000株 | 2.49%3,878,000株 | 2.54%7,708,000株 | 2.59%7,708,000株 | 2.74%8,003,000株 | - | - | - | - | - | |
| 1.24%2,186,000株 | 1.24%2,186,000株 | 1.36%2,186,000株 | 1.36%2,186,000株 | 1.36%2,186,000株 | 1.36%2,186,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 1.40%2,458,000株 | 1.40%2,458,000株 | 1.53%2,458,000株 | 1.53%2,458,000株 | 1.53%2,458,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | 1.27%2,043,000株 | 1.50%2,375,000株 | 1.66%2,589,000株 | 1.81%5,501,000株 | 1.84%5,473,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.75%5,100,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 1.10%1,741,000株 | 1.11%1,736,000株 | 1.25%3,787,000株 | 1.15%3,440,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 1.12%1,771,000株 | 1.14%1,783,000株 | 1.65%5,000,000株 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | 1.17%1,829,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.61%4,711,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.14%3,410,000株 | 1.33%3,889,000株 | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 1.07%1,696,000株 | - | 1.12%3,393,000株 | 1.14%3,393,000株 | - | - | - | - | - | - | |
| 1.15%2,031,000株 | - | - | - | - | 1.27%2,031,000株 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.20%3,498,000株 | - | - | - | - | - |
有価証券報告書「大株主の状況」の上位 10 位をもとに作成。株主名は NFKC 正規化と「株式会社」「（信託口）」等の除去で名寄せしているが、 合併・社名変更・信託口番号変更などで別行になることがある。持株比率は発行済株式総数から自己株式等を控除して算出する場合があり、控除の基準は社によって違う。