1935年に医学博士の代田稔氏が乳酸菌「シロタ株」を強化培養し、福岡で「ヤクルト」を発売したのが事業の起点である。だが商標権は無秩序のまま全国各地の販売店が獲得し、戦後復興期に一時は販売権を持つ業者が600社を超え、製造・販売業者たちは会社やグループの様をなさない状態にあった^[1]。販売体制の混乱を収拾するために、1955年4月、東京都中央区西八丁堀に資本金200万円で株式会社ヤクルト本社が設立された^[2]。本社は商標権と工業所有権を一元管理し、各地の業者に原液製造権と販売権を与え、売上高に応じてロイヤリティを徴収するフランチャイズ方式を採用した^[3]。

ところが本社設立後も内部対立は止まなかった。利害がからむと本社内部でも激しい対立が生まれ、バラバラという有様で、本社の発言力は皆無に等しかった。誰が本社を運営すべきかという論点に対し、最終的に長崎地区の販売権を持つ松園尚巳氏が中心人物となる^[4]。松園氏は戦後にヤクルトを知り、1953年に200万円という大金を投じて長崎地区販売権を取得し、長崎で基盤を固めた後に首都圏進出を狙って藤沢に関東ヤクルトを設立していた^[5][6]。関東ヤクルトの営業苦戦に対し松園氏は婦人配達員という業界初の販売方式を打ち出し、設立わずか5年で全国150業者のトップの売上を達成して本社での発言権を獲得した^[7]。これが後にヤクルトレディと呼ばれる訪問販売部隊の出発点である。

販売現場の労働は過酷を極めた。何も知らない家庭の主婦に商品を売ろうとしても80%までは外交員というだけで門前払い、話は聞いてもどうせインチキだと思うのが残りの大半、100軒歩いても1軒とれるかどうかという勝負の世界だった。それでも松園氏は全国の販売業者に対し、ヤクルトが全体として飛躍するためには今のような乱立状態ではダメだ、小さい田舎会社では社員も誇りを持てないし人材も集まらない、目先の利益にこだわらず将来に目を開いて協力していこうではないかと説き続けた。1963年、松園氏は本社専務に就任して経営権を握り、ヤクルトレディの全国導入を指揮する立場に立った^[8]。

1968年、松園氏は「配達労働の革命」を提唱した^[9]。瓶容器からプラスチック容器への切り替えで生産・配達コストを下げ、ヤクルトレディの報酬を2倍にする破格の提案だったが、地方瓶工場を傘下に持つ既得権層が真っ向から反対した。日ごろから迫力あふれる松園氏の言動を心よからず思っていた役員の一人が緊急動議を出し、その場の投票で松園氏はヤクルト本社から一時追放される事態にまで発展した^[10]。反対派の論拠はプラスチックになれば全国160のびん工場は60まで集約可能となる、100工場のスクラップ費用が300億円、プラスチック容器のための新たな機械投資が180億円、計480億円、今の状態でも十分に儲かっているのに、なぜ好んで各地の業者が損をかぶらなければいけないのかというものだった^[11]。

最終的にプラ容器移行案は通過したが、この騒動で全事業者の4分の1がヤクルトから脱退した^[12]。松園氏はヤクルトをひっかき回す男、気違い専務と揶揄されながらもプラ容器化を完遂し、1970年にヤクルト本社の社長に就任した^[13]。1969年には株式会社サンケイアトムズ（現ヤクルト球団）の株式を取得してプロ野球興行事業に参入し、ヤクルトスワローズはのちに全国的なブランド認知の柱となった^[14]。1970年2月には各地のヤクルト製造会社の合理化・統廃合に伴い自社初の製造部門として藤沢工場を設置し、創業期の地方乱立状態を本社主導の体制へ刷新する作業を進めた^[15]。

松園社長は1973年に全国8社のヤクルト原液工場の買収を完了し、ヤクルト本社の「大政奉還」を果たした^[16]。フランチャイズ各社が握っていた製造機能を本社が一括統合する体制が、創業から18年を経てようやく整った形である^[17]。1971年に化粧品の本格販売を開始、1975年に医薬品の本格販売を開始し、乳製品単品依存からの脱却を試みた^[18][19]。だが1973年の段階で日経ビジネスはすでに、ヤクルトの販売本数の伸びがやや頭打ちの現状では多角化は至上命題と指摘していた。乳酸菌飲料という創業商品の市場が日本国内では飽和に向かう兆候は、上場前から見えていた。

1964年3月、ヤクルトグループ初の海外事業所として台湾ヤクルトが営業を開始した^[20]。1978年8月にはシンガポールヤクルト、1990年2月にインドネシアヤクルト、1992年6月にオーストラリアヤクルト、1996年3月にヨーロッパヤクルトと、海外事業所の設立は計画的に積み上がっていった^{[21][22][23][24]}。創業期の地方乱立を本社主導で再統合した松園体制は、その同じフランチャイズ統合の論理を海外展開へ転用し始めていた。国内が飽和に向かうほど、海外で同じ訪問販売モデルを移植する以外に成長の余地は残されていない構造が、この時点で既に組み込まれていた。

1980年1月、ヤクルト本社は東京証券取引所市場第二部に上場し、翌1981年7月に第一部へ昇格した^[25][26]。創業から25年でフランチャイズの乱立を本社主導に統合し、製造機能を直営化したうえでの上場である^[27]。上場直後の1984年12月、ヤクルト薬品工業を吸収合併して医薬品の開発・製造に本格進出し、1986年2月に富士裾野工場、1987年7月に富士裾野医薬品工場と東日本の生産・物流拠点を相次いで設置した^[28][29][30]。乳製品・医薬品・化粧品の三本柱体制を制度的に整える時期である。

1984年、ヤクルトは三菱商事と提携し、無店舗販売の共同子会社「リプソン」（ヤクルト51%・三菱商事49%）を設立した。発案者は松園社長と言われ、両社の肝いりの事業としてスタートした。事業運営に携わった熊谷直樹常務は、ありきたりの新規事業には終わらせず、両社の力を結集して通信販売業界に革命をおこしてやろうと意気込んだ^[31]。事業構想は、全国に約6万人いるヤクルトの女性販売員にカタログ誌「こっとんぽけっと」を配らせ、注文をとる、商品の品揃えは三菱商事に、商品の宅配は日本通運にお願いする、カタログを見ながら対話方式で売り込めば一般の通販よりはるかに効率が上がるだろうというものだった^[32]。1985年の読売新聞は、雪崩を打ってカタログ販売への新規参入が相次いでいる、その多くは伸び悩む売上を一気に拡大するのが狙いと、業界の熱気を伝えた。

1988年、ヤクルトは累計損失50億6500万円を計上してリプソンを清算した^[33]。熊谷常務は敗因分析で、ありきたりの商品では市販品と競合してしまうので高級輸入品も取り入れたが、これが庶民性をうりものにしているヤクルトおばさんのイメージと合わなかったと品揃えの誤りを認め、さらに大部分の販売員にとってお客さんと顔を合わせる機会は月1回の集金時くらいで、最初に狙ったお客さんとの密なコミュニケーションは期待できないと販売基盤の前提が崩れていたことを指摘した。最も率直な総括は次の一節である。これはもう、事業コンセプトそのものが間違っていたということですね、結局通信販売という事業に近道はない、地道に取り組むしかないんだという教訓を得たということに尽きるでしょう。1987年度までに全国展開を終えて売上高450億円、1989年度に1000億円という壮大な計画を、最初から汎用機を備えた受注センターや大勢の社員雇用という固定費先行で組み立てたことが、撤退判断を遅らせた^[34]。

リプソン清算後も本業の販売本数は伸び悩んだ。1997年に日経ビジネスは、20年以上にわたって安定成長を続けたヤクルト本社の経営手法が曲がり角を迎えた、収益の柱である乳飲料の販売本数はここ10年あまり1日1100万本の水準で横ばいである、収益構造を改善するためには乳飲料の販売立て直しだけでなく化粧品など新分野の事業化は不可欠だ、30年来の伝統ある販売方法に限定せず新しい販路の開拓を含めた抜本的な発想転換が必要な時期にきているのかもしれないと問題提起した^[35]。創業以来の訪問販売モデルが、日本国内では成熟期に入っていた。

1998年、ヤクルトは財テク損失として1075億円の特別損失を計上した^[36]。バブル崩壊後の含み損が一気に表面化したかたちで、財テクの神様と呼ばれた熊谷直樹副社長は同年退任し、後に脱税容疑で逮捕された。リプソン清算の敗軍の将と評された経営陣が、本業の販売停滞期に本業以外の運用益で穴埋めしようとして致命的な損失を計上した経緯は、上場後20年弱の経営の歪みを象徴する事件として残った。1996年に堀澄也氏が第5代社長に就任し、財テク問題を引き継ぐ形で立て直しを迫られる体制が始まる^[37]。

これら国内多角化の挫折の裏で、海外の訪問販売モデル移植は同時並行で進んだ。1990年2月のインドネシアヤクルト、1992年6月のオーストラリアヤクルト、1996年3月の欧州統括会社設立で、海外拠点は1990年代を通じて10カ国超に広がった^[38]。国内で訪問販売モデルの拡張余地が乏しくなるほど、海外で同じモデルを展開する誘因が強まる構造が定着し、2000年代以降のアジア・新興国シフトの基盤がこの時期に積み上がった。

2004年3月、ヤクルト本社はフランスのグループダノンと戦略提携契約を締結した^[39]。世界最大級の乳製品メーカーであるダノンを株主に迎え、欧州市場での販売チャネルとプロバイオティクス研究の両面でグローバル化を加速させる狙いだった。2005年4月にはベルギーに研究拠点を設置し、中国でのヤクルト事業を統括する中国ヤクルト株式会社を設立、10月にはダノンとの初の合弁会社（出資比率50：50）としてインドヤクルト・ダノン株式会社を設立した^[40][41][42]。1990年代の海外展開が単発の現地法人設立だったのに対し、2000年代以降は地域統括会社と提携合弁を組み合わせたグローバル経営の形へと再編されている。

2013年に日経新聞は、ヤクルト本社のアジア事業の収益が拡大している、インドネシアと中国がけん引する、現地の女性を活用した訪問販売員ヤクルトレディによる営業で乳酸菌飲料ヤクルトの整腸作用など同社が訴える機能が浸透していると評価した。一方、国内については、ほとんどが直営の海外事業に比べて利益率が低く、直近で頭打ちの傾向が続くと指摘している。1955年の地方フランチャイズ統合の苦闘から60年、訪問販売モデルを直営で運用できる海外こそが利益源となる構造が定着していた。創業期の日本国内で実現できなかった本社主導の直営網が、海外では制度設計の段階から組み込めた点が、ここでの利益率格差の本質である。2013年4月、ダノンとの戦略提携契約は終了し、協業関係に関する覚書に切り替わった^[43]。提携の段階を経て自立した海外オペレーションへの転換である。

2016年4月、5つの研究棟（食品研究棟、研究管理棟、基礎研究棟、医薬品・化粧品研究棟、品質・技術開発棟）を新設し、共用研究棟・エネルギー棟を含む7つの研究棟からなる新しい中央研究所が完成した^[44]。創業当初から代田稔氏のシロタ株研究を出発点とする同社にとって、研究開発機能の集中投資は事業基盤の根幹に当たる。2015年4月開始の機能性表示食品制度にいち早く対応し、Yakult1000・Y1000などの高付加価値プロバイオティクス商品を国内市場に投入した。

国内では2018年から2022年にかけてYakult1000ブームが起き、ストレス緩和・睡眠改善を訴求した同商品の品薄が続いた。FY18年度の売上4070億円から、FY22年度に4831億円・FY23年度に5031億円と急拡大し、FY22期は経常利益780億円（FY21期685億円から+14%）と過去最高を更新した。1990年代に頭打ちだった国内乳飲料が、機能性表示というカテゴリー転換で再成長を見せたという意味で、創業以来の収益構造の更新点となった。一方、海外事業はFY19期のコロナ禍で一時減速したが、その後アジア市場の戻りとともに回復軌道に乗っている。

2021年6月、根岸孝成氏は10年に及ぶ社長在任を終え、成田裕氏が第7代社長に就任した^[45]。成田氏は1974年入社で2003年に国際部長、2015年から専務執行役員として国際事業を担ってきた人物で、海外事業を統括していた経営層から昇格した^[46]。2023年10月には普通株式1株につき2株の割合で株式分割を実施し、個人投資家の取引単位を引き下げて株主基盤の拡大を狙った^[47]。2023年5月発表の経営展望ではヘルスケアカンパニーへの進化を掲げ、創業100周年の2035年を見据えた長期ビジョンの輪郭が整えられている。

FY24年度（2025年3月期）の連結売上高は4997億円、営業利益554億円、当期純利益455億円で、Yakult1000ブーム終焉後の調整局面にある。FY22期からFY24期にかけて売上は4831→5031→4997億円と微減、営業利益は661→634→554億円と減衰しており、機能性商品ブームの反動と国内の販売チャネル成熟化が表面化している。直近の経営課題は、国内訪問販売チャネルの収益再建と、アジア・新興国の現地ヤクルトレディ網の二段階拡張をいかに同時並行で進めるかという二正面の論点に集約される。

2025年6月、成田社長は2年目の任期を迎えた^[48]。日本では底打ちから再成長へ、海外ではさらなる伸長を目指し、全社一丸となって取り組んでまいりますという社長メッセージが、現体制の戦略の輪郭を端的に示している。2030年のヘルスケアカンパニーへの進化、その5年後に迎える100周年に向けてさらなる躍進を図ってまいりますという長期メッセージは、創業100年への準備を任期内で完成させる宣言として読める。1955年の地方フランチャイズ統合の混沌から70年、本社が地方の独立業者をまとめ上げた当時の発想は、いまアジア・欧州の現地法人を本社主導で一体運営する形に進化している。創業期の松園尚巳氏が地方乱立を本社主導に統合した経営の型が、海外で再演されている構図である。