ジーエヌアイグループ：ジーエヌアイの設立と東証マザーズ上場

佐保井久理須氏は2001年6月、米国でGene Networks, Inc.を設立し、会長兼CEOに就任した。同年11月、佐保井久理須氏はその日本法人として株式会社ジーエヌアイを東京都渋谷区に設立し、代表取締役社長を兼ねた。設立の目的として掲げたのは、システム創薬の実現。遺伝子ネットワーク技術は遺伝子間の因果関係を発現量から解き明かす。標的を絞り込み、効き目が高く副作用の少ない薬を設計する手法をシステム創薬と呼んだ。翌12月には福岡県久留米市の久留米リサーチパークに久留米研究ラボを開設し、2002年7月に複数の創薬標的の特許を出願した。のちの発表でも、ジーエヌアイは遺伝子ネットワーク技術の医薬品開発への応用を自社の事業の核に据えた。米国の親会社が構想を持ち、日本法人が研究の現場を担う分担だったのだろう。

2003年9月、ジーエヌアイは米国に全額出資のGNI USA, Inc.を設立した。同年12月にはGene Networks, Inc.の財産をGNI USAへ移し、米国の親会社を解散させた。2004年3月期は解散に伴う管理費用が増え、経常損失119,307千円を計上した。研究では2003年1月、富山化学工業と真菌の遺伝子ネットワークの共同研究契約を結んだ。2004年9月には、創薬に用途を広げた共同研究契約も締結。同年10月にヒト遺伝子ネットワークを構築し、2007年の発表でもこの解析の成功を自社の紹介の冒頭に置いた。親会社を失った後は、製薬会社との共同研究で技術の用途を示すことが研究を続ける拠り所になったと推察される。

2005年5月、ジーエヌアイは上海ジェノミクス（Shanghai Genomics, Inc.）の持分76.74%を取得した。同じ月に肺線維症治療薬F647の第1相臨床試験を中国で始めた。上海ジェノミクスの創業者であるイン・ルオ氏は、2005年6月にジーエヌアイの代表取締役常務COOに就任した。目論見書によれば、探索だけを自社で担う創薬ベンチャーでは、臨床以降の大きな収益が提携先へ移る。そのため遺伝子ネットワークによる探索から中国での臨床試験の管理までを、グループ内に揃えた。のちにジーエヌアイは、まず中国で臨床試験と上市を進め、有効性を確かめてから日本と米国へ広げる事業モデルを示した。2006年2月には特発性肺線維症を対象とするF647の第2相臨床試験を中国で始めた。

2006年2月、ジーエヌアイは久留米研究ラボを閉鎖し、福岡市早良区にGNI創薬解析センターを開設した。同年7月には北京コンチネント薬業（Beijing Continent Pharmaceutical Co., Ltd.）の持分12%を取得。この出資の目的は、中国で医薬品を製造する設備を確保することにあった。目論見書の整理では、臨床試験と製造販売を自社で担えば費用は重くなるものの、利益率は高まる。収益の拡大と費用の抑制を両立させるための資本参加で、製造販売までを自社の価値連鎖に取り込めるようになったとの説明である。同年12月には肝線維症治療薬F351の新薬治験申請を中国で出した。創薬の上流を日本に、臨床と製造を中国に置く分業がこの年に整ったとみられる。

ジーエヌアイは2007年8月31日、東京証券取引所マザーズに株式を上場した。上場前の2007年3月期の業績は、連結売上高247,819千円に対して経常損失922,690千円である。公募の差引手取概算額は想定発行価格130円を基礎に1,172,000千円と見積もった。このうち1,028,000千円を2009年3月期までの2期の研究開発費に、100,000千円を借入金の返済に充当する計画とした。上場直前の2007年6月には、上海ジェノミクスを全額出資の子会社とする持分の追加取得契約を結んだ。同年12月、佐保井久理須氏は代表取締役会長兼社長を辞任し、CFOの鈴木勘一郎氏が代表取締役社長兼CFOに就任した。佐保井久理須氏は退任にあたり、上場までの6年間の実績を誇りに思うと述べた。

2008年7月、ジーエヌアイはEvo Fundと第三者割当による包括株式買取契約を結んだ。2008年8月から毎月1回、最大12回の新株発行で総額最大1,500,000,000円を調達する枠組みである。発行価額は直前10営業日の終値平均の90%とし、ストップ安の日がある場合などは割当を止める条項を設けた。経営陣は2008年6月末の現預金約11億円とこの枠を合わせ、医薬品の上市までを賄う構想を示した。8月分は発行を決議したものの、9月分はEvo Fundが中止の権利を行使して発行されなかった。株価に連動する調達は、相場が下がる局面では見込んだ額を得にくい仕組みだったと思われる。

2008年8月1日、鈴木勘一郎氏は社長とCFOを辞任し、代表取締役CEOのイン・ルオ氏が社長を兼ねた。鈴木勘一郎氏の説明では、厳しい資本市場のもとで最初の医薬品の開発を上海で完了させるため、イン・ルオ氏に社長就任を求めた。同じ取締役会で福岡市の創薬解析センターの閉鎖を決め、研究を上海に統合した。2008年3月期の損失の多くを東京と福岡の活動が占めたためで、東京本社の縮小とGNI USA Inc.の閉鎖も決めた。2009年1月には上海ジェノミクスの整形外科関連商品の製造販売部門を閉鎖した。同部門の売上は2009年3月期上半期の連結営業収益の33.5%にあたる。設備基準への適合に約1,000万円の改築が要るため、追加投資を避けてF647へ経営資源を集中した。

2009年12月、上海ジェノミクスはF647の新薬許可申請について、上海食品薬品監督管理局から正式受理通知書を受けた。製造販売の許可には原薬と製剤の両方をGMPの基準で作れることを示さねばならず、ジーエヌアイは設備の準備に入った。2010年11月、ジーエヌアイは北京コンチネント薬業の持分12%を売却した。GMPの基準が厳しくなり、追加投資をしてまで設備を持つ経済性に乏しいと判断したためで、売却に伴う特別利益は6百万円である。同月にはイーピーエスと折半出資で天津に合弁会社GNI-EPS Pharmaceuticalsを設立した。合弁会社がF351の開発を担い、上海ジェノミクスは実務を一括で受託して一般管理費と開発経費を抑えた。