- 創業家による継承が長期にわたって続いた経営構造で、創業家4代目の小林一雅氏が代表取締役会長として長期にわたり経営の中核を担い、六代目の小林章浩氏が2013年から2024年まで代表取締役社長を務めた。2024年3月の紅麹コレステヘルプ問題を契機に、同年8月には創業家以外で初となる山根聡氏が代表取締役社長へ就任し、2025年3月には豊田賀一氏（執行役員国際事業部事業部長）が創業家以外二人目の社長として就任した。
- 豊田社長は1964年生まれの生え抜きで、国際事業部事業部長として海外売上拡大を主導した経歴を持ち、品質管理体制の構造改革という難局の収拾役として登用された。前任の小林章浩氏は代表取締役を退任後も取締役補償担当執行役員補償対応本部本部長として残留し、紅麹補償の完遂責任を負う構図に置かれている。
- 創業家経営の象徴である小林一雅会長（1939年生）は2025年以降も代表取締役会長として残り、創業家ガバナンスの是非が物言う株主から指摘されている。「あったらいいなをカタチにする」型のニッチ事業手法は創業家3代以上にわたって継承されており、創業家を完全に切り離さない緩やかな脱・創業家化の路線が選ばれた格好である。