1995年3月、東京都渋谷区に資本金6,000万円でカード・コール・サービス株式会社が設立された^[1][2]。事業目的はクレジットカード決済処理業務、すなわち加盟店とイシュア（カード発行会社）の間に立ってオーソリゼーション処理・売上集計・取引データの伝送を代行する決済代行業である^[3]。日本では1990年代後半までクレジットカード決済の主戦場はリアル店舗にあり、加盟店ごとに専用端末を置き、CAFIS（NTTデータが運営するカード決済情報処理システム）に直結する形態が主流だった。インターネット通販の市場規模は1996年時点で年間200億円程度にとどまり、Web経由の決済代行という業態を専業で営む会社はごく少数しか存在しなかった。カード・コール・サービスはその少数派の一社として、加盟店契約・カードブランド接続・取引データ管理を一括で請け負うサービスを提供する小資本企業として動き出した。

設立から5年間はオンライン決済市場の立ち上がりを待つ助走期間であった。1999年に楽天市場が黒字化し、2000年にはAmazon.co.jpがサービスを開始するなど、BtoC型ECモールの普及が加速したものの、加盟店側のWebサイトでクレジットカード決済を実装する技術と運用のハードルは依然として高く、決済代行への外注ニーズが顕在化したのは2000年以降になってからだった。この間、カード・コール・サービスは加盟店向けの決済システム開発と接続実績を地道に積み重ねた。同社が後年「決済代行事業」というセグメントを主力に位置づける構造の素地は、創業期5年間の地味なシステム接続実績に求められる。

2000年3月、インテグラン株式会社が同社株式を取得して親会社となった^[4]。同年9月には株式会社エムティーアイがインテグランから同社株式を引き取り、親会社の座が早くも交代した^[5]。11月には商号を株式会社カードコマースサービスに変更した^[6]。2004年7月、エムティーアイは同社株式を保有する持株会社CCSホールディング株式会社を設立し、決済子会社の上場準備をにらんだ資本構造の整理に動いた^[7]。2004年9月、グローバルメディアオンライン株式会社（現 GMOインターネットグループ株式会社）がエムティーアイからCCSホールディングを株式交換で取得し、同社は4社目の親会社をGMOグループに迎えた^[8]。4年間で親会社が4回入れ替わる転変は、IT・通信ベンチャー業界の合従連衡の渦中にあった一決済子会社の漂流を示す^[9]。

GMO傘下入りと同時に、同社は競合決済代行会社の事業を相次いで取り込む統合の旗振り役へと位置づけが変わった。2004年9月に株式会社アスナルからクレジットカード決済事業を、同年11月には株式会社ペイメント・ワンから同事業を譲り受け、加盟店基盤と接続インフラを2か月以内に連続して拡張した^[10][11]。2005年1月にはグローバルメディアオンラインがCCSホールディングを吸収合併し、同社はGMOインターネットの直接子会社へ移行した^[12]。2005年2月、商号を「GMOペイメントゲートウェイ株式会社」に変更し、GMOブランドを冠した決済代行専業会社として再出発した^[13]。創業以来同社の代表を務める相浦一成氏は、親会社4社の交代を一貫して指揮した経営者で、2005年のGMOブランド化以降も25年にわたり代表を務める現在へと役職が続く^[14]。

2005年4月、GMOペイメントゲートウェイは東京証券取引所マザーズに株式を上場した^[15]。社名変更からわずか2か月後の上場である。同年5月にはイプシロン株式会社（現 GMOイプシロン株式会社）を子会社化し、加盟店規模別に複数ブランドを並走させる事業構造を整えた^[16]。GMOペイメントゲートウェイは大手・中堅加盟店向け、GMOイプシロンは中小加盟店向けという棲み分けで、加盟店の事業規模に応じた料率と接続仕様を出し分ける運営体制が固まった。上場直後の2005〜2008年は楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング等のECモールが急成長し、加盟店数の純増がそのまま決済処理金額・処理件数の増加に直結する構造で、決済代行業者にとって追い風となった。2008年9月、同社は東京証券取引所市場第一部に上場市場を変更し、決済代行専業の上場会社として国内市場での地位を固めた^[17]。

2010年代前半は事業領域を国内ECから周辺領域・海外へと拡張する局面に入った。2010年1月に株式会社シー・オー・シー（現 GMOフィナンシャルゲート株式会社）を持分法適用関連会社化、同年3月にはソーシャルアプリ決済サービス株式会社を子会社として設立し、当時急成長していたソーシャルゲームの課金決済領域に進出した^[18][19]。2011年7月のソーシャルコマーステクノロジー子会社化に続き、2012年7月には普通株式1株につき200株の株式分割を実施して株式流動性を高めた^[20]。FY13の連結売上高は57.6億円、経常利益20.5億円・親会社株主に帰属する当期純利益12.2億円で、IFRS適用前のJGAAP決算の数字が後年の急成長前夜の規模感を示す。

2012年10月、GMO PAYMENT GATEWAY PTE. LTD.をシンガポールに子会社として設立した^[21]。アジア決済代行事業の最初の拠点で、域内中継地としてシンガポールを選んだのはMASとの対話のしやすさと多国籍企業の地域統括機能の集積が理由となる。2013年1月にはGMOペイメントサービス株式会社を設立し、後払い決済（BNPL）領域への参入の足場を作った^[22]。同年9月に香港にGMO PAYMENT GATEWAY HONG KONG LIMITEDを、10月にはGMO VenturePartners株式会社と共同でGMO Global Payment Fund 投資事業組合を設立し、決済関連ベンチャーへのマイノリティ出資を組織的に進める枠組みを整えた^[23][24]。12月にはマレーシアにGMO PAYMENT GATEWAY MALAYSIA SDN. BHD.を設立した^[25]。

2014年に入ると、2月に台湾（香港子会社の支社として）、5月にはタイにGMO PAYMENT GATEWAY （THAILAND） CO.,LTD.を設立し、東アジア・東南アジアの主要都市に拠点を分散配置する形が整った^[26][27]。FY14の連結売上高は72.0億円・親会社株主に帰属する当期純利益15.2億円で、IFRS適用初年度として再スタートした決算は、その後の高成長のベースラインとなる規模を示した。2014年9月にはソーシャルアプリ決済サービス株式会社の全株式を譲渡し、当時のソーシャルゲーム市場の収益化困難を踏まえた事業の整理も実施した^[28]。GMOグループのVC機能と連携した戦略マイノリティ出資→事業提携→必要に応じて連結子会社化、というM&Aの定石は、2013〜2014年の海外拠点設立と並行して同社内で型として定着し、後年の連続出資の基本パターンとなった。

2015年6月、株式会社三井住友フィナンシャルグループ・株式会社三井住友銀行・親会社のGMOインターネット株式会社と資本業務提携契約を締結し、SMBCとGMOインターネットを割当先とする第三者割当増資を実施した^[29]。資本金は47億1,024万円となり、メガバンク系列の決済インフラと自社の決済代行基盤を組み合わせる体制が整った^[30]。同年11月にはSMBC GMO PAYMENT株式会社をSMBCとの合弁会社として設立し、SMBC加盟店の決済処理を共同で取り扱う仕組みを実装した^[31]。2016年9月には持分法適用関連会社のGMOフィナンシャルゲート株式会社を子会社化し、対面決済の処理機能を連結に取り込み、オンライン決済偏重だった事業構造に対面決済を加えた^[32]。FY16の連結売上高は121.1億円・営業利益38.2億円で、SMBC提携と対面決済子会社化の効果が早期に数字に現れた。

メガバンクとの資本業務提携と並行して、海外ベンチャーへのマイノリティ出資も加速した。2016年8月にはマレーシアの携帯決済プロバイダーMacro Kiosk Berhadを子会社化し、東南アジアでの決済処理基盤の取り込みを狙った^[33]。2018年6月には2023年満期ユーロ円建転換社債型新株予約権付社債（額面170億円）を発行し、出資・買収の財源を一段と拡大した^[34]。同年8月にはGMOイプシロンを通じてGMO医療予約技術研究所株式会社（現 GMOリザーブプラス株式会社）を子会社化し、医療領域の予約・決済サービスへ進出した^[35]。10月には米国にGMO-Z.com PAYMENT GATEWAY USA, Inc.、2019年11月にはインドにGMO-Z.com PAYMENT GATEWAY INDIA PRIVATE LIMITEDを設立し、地域別の拠点ネットワークをアジア・北米・南アジアへと広げた^[36][37]。

2018〜2019年、MACROKIOSKの事業計画は当初想定を下回り、買収時に計上したのれんの一部を減損する事態となった。FY19の決算説明会で同社はのれん減損損失約9億円（M&A当初中計との乖離）を計上したと公表し、2020年5月にはMACROKIOSKの全株式を譲渡して連結から外した^[38]。マレーシアを起点としたメッセージング系決済の取り込みは4年で撤退となり、海外現地企業の経営合議と業績管理にGMO本体の意思決定が及びにくい構造的な限界が、この案件を通じて浮かんだ。海外M&Aの方針は、連結子会社化を急がず、まずGMO Global Payment Fund 経由でマイノリティ出資から始めて事業提携の実績を積む方式へシフトし、2C2P（タイ・シンガポール）への累積出資やインドHR Techへの出資など、2020年代前半は出資先の自主経営を尊重するフローへ組み替えた。

2020年7月、連結子会社のGMOフィナンシャルゲートが東京証券取引所マザーズに上場（証券コード4051）し、対面決済セグメントを切り離して上場させる親子上場体制が整った^[39]。2021年6月に2026年満期ユーロ円建転換社債型新株予約権付社債（額面200億円）を発行し、出資・買収の財源を維持した^[40]。FY22の連結売上高は502.9億円・営業利益162.4億円で営業利益率は32.3%、SMFG提携後7年で売上は4倍以上に拡大した。2022年4月には東証プライム市場へ移行し、同年同月に相浦社長はGMOインターネットグループ取締役副社長を兼務した^[41]。創業以来一貫して代表を務める同氏が、親会社の取締役副社長としてグループ全体の意思決定に関与する構造である。

FY25の連結売上高は824.9億円・営業利益313.4億円・営業利益率38.0%で、IFRS適用初年度（FY14）の売上72億円から11年で約11倍に拡大した。セグメント別では決済代行事業の売上が615.5億円（全体の74.6%）・セグメント利益297.8億円、決済活性化事業が17.6億円・利益4.2億円、金融関連事業（後払い・分割払い等）が191.9億円・利益54.1億円で、決済代行事業が売上の3/4と利益の8割超を占める。決済代行事業セグメントの売上はFY15の73.3億円から10年で約8倍に伸び、加盟店数・処理金額・処理件数の3指標が連動して拡大した結果である。後払い・分割払い等を担うGMOペイメントサービスを擁する金融関連事業も、FY15の8.5億円から10年で22倍以上に伸び、決済代行で得た加盟店基盤を金融付帯サービスへ転用する戦略の成果を示した。

2025年1月、株式会社エンペイ（現 GMOエンペイ株式会社）を子会社化し、学校・保育所など教育施設向け集金代行という生活密着領域への進出を加速した^[42]。同年6月にはGMOフィナンシャルゲートが東証プライム市場へ上場市場を変更、7月には同社初の無担保社債（額面200億円）を発行し、調達手段を転換社債から無担保社債へ多様化した^[43][44]。2022年からGMOインターネットグループ取締役副社長を兼務する相浦社長は、ペイメントナビ（2024年11月20日）で「この市場だけでは25％成長は達成できない」と語り、非EC領域・生活密着領域への進出を成長戦略の中心に据えた^[45]。1995年に渋谷の小資本ベンチャーとして出発した同社は、創業30年で連結売上825億円・自己資本1,098億円の規模に達し、メガバンク資本業務提携・対面決済子会社の親子上場・海外マイノリティ出資網の3基盤の上で次の10年の事業展開を構想している。