クスリのアオキの母体は、加賀前田家の本陣を務めた旧家・青木家が営む薬局にさかのぼる^[1]。青木家は上杉家の家臣だった二階堂氏が石川県白山市（旧松任市）に移って青木姓に改め、室町時代から四百年にわたり年寄役と本陣を兼ねてきた家柄で、青木桂生氏はその十六代目にあたる^[2]。家業の薬局「青木二階堂薬局」は明治2年（1869年）の創業で、1976年に有限会社青木二階堂薬局として法人化された^[3][4]。青木桂生氏はこの老舗薬局の跡継ぎとして育ち、後にドラッグストア業態への転換を主導した。

1985年1月、青木桂生氏は資本金1,500万円で株式会社クスリのアオキを石川県金沢市泉野出町に設立した^[5]。同じ昭和60年（1985年）に父の薬局から独立し、調剤中心の薬局から物販を併せ持つドラッグストア業態を始めた^[6]。翌1986年3月には金沢市にチェーン店舗第1号を開き、個人薬局の延長から店舗チェーンへ事業形態を切り替えた^[7]。青木桂生氏は「業種から脱皮して全く新しい業態を自分たちが開拓していくのが一番の仕事」（近代中小企業 1993/01）と語り、「健康・美・衛生」を掲げて従来の薬局にない品揃えで売場をつくった^[8]。経営面では勘や度胸に頼らない「科学的な経営」を掲げ、仕組みの構築と社会との調和を重視する方針を早くから打ち出した^[9]。

設立後のクスリのアオキは、本拠の金沢市に加えて松任市や小松市へ店舗網を広げ、石川県内で多店舗化を図った^[10]。単体売上高は1992年5月期の15億円から1993年5月期23億円、1994年5月期31億円へと年々積み上がり、1995年5月期には42億円を見込むまでに伸びた^[11]。1993年の時点では資本金2,500万円・従業員約70名・年商25億円規模に達し、ドラッグストアの適正規模として売場400坪程度と150坪程度の二つの店舗形態を商圏に応じて使い分けた^[12]。青木桂生氏は3年以内に売上50億円、将来は100億円を目標に掲げ、物流センターの建設と本部機能の強化を進めた^[13]。

多店舗化を支える基盤として、1995年9月に石川県松任市松本町へ本部兼集配センターを新設し、本部機能と物流拠点を1カ所に集約した^[14]。1996年11月には家業の青木二階堂薬局と草山商事を合併して5店舗を取り込み、本社を松任市松本町へ移した^[15]。中小薬局を吸収しながら店舗網を広げる手法を北陸で早くから運用し、1990年代半ばまでに県外へ店舗網を広げる前提条件を整えた。

1997年4月、クスリのアオキは富山県砺波市に富山県1号店を出した^[16]。同年9月には福井県福井市にも1号店を構え、石川を本拠とする店舗網を1年で北陸3県へ広げた^[17]。1999年5月期には売上高が約130億円に達し、店舗数は37店（石川県28・富山県8・福井県1）を数えて、北陸で最大規模のドラッグストアとなった^[18]。クスリのアオキは石川県内のドミナント形成を進めつつ、富山・福井での市場拡大と定着に照準を定め、数年後の売上200億円を次の目標に置いた^[19]。

仕入と運営の面では、1997年11月にまず地元の食品スーパー大手アルビスと共同出店を目的に資本・業務提携を結び、翌12月には北海道を地盤とするドラッグストア大手ツルハとも商品仕入の相互協力を目的に資本・業務提携を締結した^[20][21]。さらに1998年3月にはアルビスからドラッグ部門の営業を譲り受け、店舗4店舗を加えるとともに、アルビスのスーパー部門との相乗効果を見込んだ^[22]。1999年7月には石川県白山市に有限会社二階堂を設立し、後の持株会社の原型を整えた^[23]。2001年9月にはイオンウエルシアとの業務提携を通じてドラッグストア共同仕入連合「ハピコム」へ加わり、2003年1月にはイオン本体とも業務・資本提携を結んでPB商品の共同開発や経営支援の枠組みを得た^[24][25]。北陸の中堅チェーンが大手の調達網と全国スケールの仕入条件に連なる流れを、この時期につくった。

医薬分業への対応も早かった。北陸は処方箋の発行率が低い水準にあったが、クスリのアオキは「逆にそれだけ顧客本位の医薬分業体制が組める余地が残っている」（北陸経済研究 1999/06）とみて、採算ラインを超える発行率になっても応じられるよう全店舗に調剤スペースを設け、薬剤師を配置した^[26]。薬剤師は社長をはじめ役員にも有資格者が多く、1999年の時点で合計70人近くを擁し、「健康・美・衛生のトータルアドバイザー」を掲げて調剤を組み込んだ業態を整えた^[27]。2003年3月にはアルビスとの提携を解消した^[28]。2003年8月、創業者の青木桂生氏は代表取締役会長へ退き、実弟の青木保外志氏が2代目の代表取締役社長に就いた^[29]。北陸3県のドミナント形成と仕入連合への参画で独立資本のまま規模を伸ばしたクスリのアオキは、業界の寡占化が進む2000年代後半へ向け、店舗の大型化と上場という次の一手の準備に入った。

2004年10月、クスリのアオキは石川県白山市に売場面積400坪超の大型店「北安田店」を新規出店した^[30]。新規出店としては初の400坪型で、調剤併設と食品取扱を同時に置ける売場として、後の生鮮食品導入につながる店舗フォーマットの先行例となった。翌2005年11月には新潟県上越市に新潟県1号店を構え、北陸4県目への進出で隣県へのドミナント拡張に乗り出した^[31]。2006年2月には東京証券取引所市場第二部へ株式を上場し、創業21年で株式市場からの資金調達ルートを得た^[32]。

上場後は出店の速度が上がり、2007年3月の金沢市玉鉾店で100店舗、2008年8月には長野県長野市に長野県1号店を開いて信越方面へ進んだ^[33]。2011年3月には東証一部へ指定替えとなり、2012年4月の群馬県伊勢崎市を皮切りに北関東へも入った^[34]。2016年11月には株式交換でクスリのアオキホールディングスを設立し、東証一部へ持株会社として再上場して本体を完全子会社とした^[35]。この持株会社体制は、当時は大型M&A実績を伴わなかったものの、後の食品スーパー連続M&Aの受け皿として後年に効いた。店舗数は2016年2月に300店舗、近畿・関東の主要県へ1号店を相次いで構え、2018年11月には500店舗へと、3年で300から500店へ伸びた^[36]。2019年5月には石川県白山市横江町へ新本社を移し、地場に本社を残したまま業容を広げた^[37]。

店舗網の拡大と並行して、クスリのアオキは調剤併設を競争軸に据えた。2013年6月に200店舗、翌7月には調剤併設100店舗（100薬局）を達成し、店舗数と調剤併設の両輪を同時に伸ばした^[38]。2014年5月には青木桂生氏の長男・青木宏憲氏が代表取締役社長に就任した^[39]。東京理科大学薬学部を出て大塚製薬を経た薬剤師資格者で、2003年の入社後に調剤事業や営業の責任者を歴任しており、創業者一族の3代目への継承は調剤併設率引き上げを軸とする戦略と重なった^[40]。

青木宏憲社長のもとで調剤併設率は経営の主要指標に位置づけられ、2010年代後半を通じて引き上げが続いた。2010年代の日本では薬価改定と門前薬局批判を背景に、ドラッグストア併設の調剤薬局が患者利便と医療費抑制の両面で政策的に後押しされ、クスリのアオキの調剤強化は政策の追い風と経営戦略がかみ合った。FY18（2019年5月期）の連結売上高は2,508億円、営業利益141億円、調剤併設率は約47%に達し、北陸地場の中堅チェーンから全国チェーン候補へと立ち位置を変えた^[41]。2020年代に入って加速する食品スーパー連続M&Aは、この10年で整えた持株会社体制と財務基盤の上に組み立てられた。

2021年6月、クスリのアオキは完全子会社のナルックスを通じて、石川県金沢市を地盤とする食品スーパー・スーパーマルモのスーパーマーケット事業を会社分割で承継した^[42]。食品スーパー事業への本格参入の出発点で、青果・精肉・惣菜といった生鮮の調達網と店舗運営ノウハウを、自社単独では築きにくい領域として地場スーパーの取り込みで補う狙いだった。青木宏憲社長は、金沢市の森本エリアのようにドラッグストアの出店空白地で地元スーパーが生活基盤を担ってきた構造を挙げ、その役割を取り込む意図があったと説明した^[43]。

スーパーマルモを皮切りに、食品スーパーの取り込みは連続して進んだ。2022年3月には一二三屋・ホーマス・キリンヤを同時に吸収合併してフードパワーセンター・バリューもグループに収め、北陸の食品スーパー再編が本格化した^[44]。その後も三崎ストアー（2022年12月）、サンエー（2023年3月）、にしがき（2023年10月）、中尾（2023年11月）と断続的に十数社規模を取り込み、2024年3月にはウッドペッカーのホームセンター事業も譲り受けて、ドラッグストア・食品スーパー・ホームセンターへと業態を広げた^[45][46]。2025年1月の設立40周年前後には計6社を一括で取り込み、生鮮を備えた店舗網の拡大を加速させた^[47]。M&Aは店舗数の積み増しにとどまらず、生鮮MDの強化と好立地物件の確保を同時に進める手段として使われた。

M&Aと並行して、青木宏憲社長は2022年2月に第三次中期経営計画（5ヵ年）を示し、食品強化・調剤併設率70%・ドミナント化の3戦略を重点に据えた^[48]。数値を直接狙うのではなく顧客の支持を積み上げた結果として、2026年に売上5,000億円へ到達する順序を経営の前提に置いた^[49]。価格政策では日替わり特売ではなく、日配品のような日常品を毎日安く出すEDLP（Everyday Low Price）へ切り替え、特売主導から日常買いの価格設定へと軸を移した^[50]。フード売上構成比は2010年代の数%から2020年代に二桁台へ伸び、ドラッグストアでありながら食品スーパーに近い客層を取り込む業態へ変わった^[51]。

店舗数は2022年2月に800店舗、2023年5月に900店舗、2025年3月の千葉県市原市馬立店で1,000店舗に達した^[52]。FY23（2024年5月期）の連結売上高は4,369億円、営業利益186億円、調剤併設率は約58%、FY24（2025年5月期）には連結売上高5,014億円、営業利益266億円、純利益は前期比45%増の177億円となった^[53][54][55]。第三次中期経営計画が掲げた1,000店舗と売上5,000億円は、いずれも1年前倒しで実現した^[56]。一方で調剤併設率70%は2026年5月期時点でも未達の見通しで、ドラッグストア・食品スーパー・調剤を束ねる構造のなかで、処方箋応需と保険薬局指定という調剤併設の物理的な制約が残った。2024年5月11日には創業者の青木桂生氏が逝去し、3代目・青木宏憲社長による経営の継続体制が定着した^[57]。