1992年12月、東京都千代田区に株式会社インターネットイニシアティブ企画が資本金1,800万円で設立された。日本ではこの時点までインターネット接続を商用提供する事業者は存在せず、研究機関相互の非営利接続（JUNET / WIDE）のみが運用されていた段階である。創業者の鈴木幸一氏は「2000年頃には数千万人の人が利用している」と書いた事業計画書を銀行に持ち込んだが、相手にされなかったと後年語っている。1993年5月に社名を株式会社インターネットイニシアティブに変更、同年7月に商用インターネット接続サービスの提供を開始した。IIJは日本で商用インターネット接続を手がけた先駆的な事業者の一社となった。1994年2月に郵政省（現総務省）から特別第二種電気通信事業者として登録認可を取得し、通信事業者の法的地位を得た。研究目的だったインターネットを商用に転換する試みは、規制官庁の運用を商用ISPに開かせる作業を伴った^{[1][2][3][4][5]}。

1996年3月に米国子会社IIJ America Inc.を設立し、日米間バックボーン構築の起点とした。1996年11月にはSI事業を担うアイアイジェイテクノロジーを設立、1997年9月にはNTTと合弁でインターネットマルチフィード株式会社を設立し、相互接続ポイント（IX）の運用基盤を整えた。1998年2月には地域関連会社5社を吸収合併して資本金を8.42億円に増資、4月に技術研究所を社内組織として設置した。1998年10月、株式会社クロスウェイブ コミュニケーションズを通信キャリア事業の合弁会社として設立、これが5年後の経営危機につながる。1999年8月、米国ナスダック市場にADRを登録、日本企業として早期のナスダック上場で米国機関投資家からの資金調達ルートを得た^{[6][7][8][9][10][11]}。

2003年8月、持分法適用関連会社クロスウェイブ コミュニケーションズが会社更生手続開始を申し立てた。1998年に通信キャリアとして合弁設立した同社は、ITバブル期の通信キャリア向け過剰投資の中で資金繰りが詰まり、IIJの連結業績にも持分法投資損失として波及した。同年9月、IIJは第三者割当増資により120億円を調達して資本金を137.65億円に増資、主要引受先がNTTとなり、IIJはNTTの持分法適用関連会社入りした。クロスウェイブ破綻の財務インパクトを資本注入で乗り切る判断であると同時に、創業以来の独立路線がNTT系列入りという資本構造へ移った転換点でもある。同年12月、クロスウェイブはNTTコミュニケーションズへ営業譲渡契約を締結し、通信キャリア事業からの撤退が確定した^{[12][13][14][15]}。

クロスウェイブ事件は、IIJに3つの教訓を残した。第一に、合弁子会社の通信キャリア事業のように資本集約度が高く回収期間が長い投資はIIJ本体の財務体力で支えきれないこと。第二に、ITバブル期の業界全体の楽観に乗った設備投資は需要のサイクルが下振れたときに回収困難に陥ること。第三に、米国市場で得たADRの資本調達ルートだけでは百億円規模の減損ショックを吸収しきれず、国内事業会社からの追加資本注入が必要となること、である。NTTからの増資受け入れは、独立系ISPとしての創業期コンセプトと矛盾する側面を抱えつつも、財務再建のための不可避な選択として実行された。鈴木社長は「振り返れば、思い半ばどころか後悔8割」（日経ビジネス 2019年10月）と当時の経営判断を後年に振り返っている^[16]。

2005年12月、IIJは東京証券取引所マザーズ市場に新規上場、資本金は168.34億円に増資された。1999年のナスダックADR単独上場から6年を経て国内機関投資家との接点を確保した。2006年8月には資本準備金および資本金の額の減少（無償減資）でクロスウェイブ破綻以来の繰越損失を解消、財務面の傷を会計上クリーン化した。同年12月にマザーズから東証市場第一部へ昇格し、わずか1年での一部入りで事業基盤の安定と機関投資家対応のステージアップを実現した。2007年6月には株式会社ハイホーを子会社化、パナソニック ネットワークサービシズが新設分割した同社を通じて個人向けISP事業の顧客基盤を取り込んだ。2007年7月には子会社経由でATM運営事業を開始、後年安定収益源となる小型ストック事業の起点となる^{[17][18][19][20][21]}。

2008年1月、IIJはMVNO形態でNTTドコモから卸電気通信役務の提供を受け、日本の法人向けモバイルデータ通信サービスを開始した。日本のMVNO事業のパイオニアで、後年の個人向けSIM事業（IIJmio）の起点となる。2009年12月、クラウドコンピューティングサービス「IIJ GIO」の提供を開始、日本のクラウド黎明期における商用パブリッククラウドの一号となった。2010年9月にはAT&TジャパンLLCの新設子会社を完全子会社化してIIJグローバルソリューションズとして事業開始、WANサービスを始めとする国内ネットワークアウトソーシング関連事業を承継し、外資キャリアの国内事業を取り込んで企業ネットワーク市場を獲得した。FY10決算説明会では「クラウドを起因とする業界パラダイムシフトを想定、5ヵ年で事業規模倍増を展望」との中期見立てが示された^{[22][23][24][25]}。

2011年4月、外気冷却コンテナ型データセンター「松江データセンターパーク」を島根県松江市に開設、コンテナ型DCの国内先駆例として電力効率と立地分散の革新となった。2012年2月、個人向け高速モバイルデータ通信サービス「IIJmio」を開始、LTE通信等を可能とするSIMカードを用いた廉価な個人向けデータ通信で、日本における格安SIM市場を創出してMVNO事業をBtoBからBtoCへ拡張した。2012年は中国・上海への子会社設立、東南アジアSI拠点の取り込み（エクスレイヤ・グローバル子会社化）、タイ法人設立など海外進出も加速した。FY12（2013年3月期）の連結売上高は1,062億円、営業利益77.5億円・親会社株主に帰属する当期純利益53.0億円で、米国会計基準（USGAAP）下での事業拡大を示した^[26][27][28]。

2013年6月、鈴木幸一社長が代表取締役会長兼CEOへ移り、後任の社長として勝栄二郎氏が就いた。勝栄二郎社長は元財務事務次官という異色の経歴で、IIJ初の外部招聘トップ人事であった。2013年7月の公募増資で資本金を218.35億円に、8月のオーバーアロットメントで229.58億円に増資、データセンター・クラウド投資の原資を確保した。2014年12月には人材内製化を目的に株式会社竜巧社ネットウエア（現IIJプロテック）を完全子会社化。2015年からはインドネシア・タイ・ベトナムで東南アジアのクラウド・運用拠点を順次整備した。2018年3月、国内初のフルMVNOとして「IIJモバイルサービス/タイプI」を開始、SIM発行・管理機能までを自社で持つ国内パイオニアとなり、eSIM等の差別化基盤を確保した^{[29][30][31][32][33]}。

2019年4月、米国ナスダック市場におけるADRの上場を廃止、1999年8月の上場から約20年で米国市場から撤退した。米国上場維持コストと国内一本化の判断である。同年5月、白井データセンターキャンパスを千葉県白井市に開設、システムモジュール型工法を取り入れた首都圏のデータセンターを自社保有する形を整えた。クラウド・運用基盤のコア資産として、後年のソブリンクラウド需要の取り込み土台となる。2019年7月には国内初のeSIM対応モバイルデータ通信サービスを開始、フルMVNO基盤の収益化を技術差別化として具体化した。FY19（2020年3月期）の連結売上高は2,044億円、コロナ前夜の段階で法人ストック売上の拡大と営業利益の段階増益が定着した^[34][35][36]。

FY20（2021年3月期）には連結売上2,130億円・営業利益142.5億円で営業利益が前期比+73.2%、法人ストック売上が+12.2%（IPサービス・アウトソーシング・クラウドが牽引）と構造増益フェーズへ突入した^[37]。テレワーク需要・DX加速・クラウド需要の同時拡大がIIJの主力サービス群を一斉に押し上げた。FY21（2022年3月期）から始まった3ヵ年中期計画（FY2021〜FY2023）は法人ストック売上の積み上げによる構造的増益を主軸に据え、FY21売上2,263億円・営業利益235億円、FY22売上2,527億円・営業利益272億円、FY23売上2,761億円・営業利益290億円と3期連続増収増益を維持した。「IIJ GIOインフラストラクチャーP2 Gen.2」を2021年10月に開始、12月にはP2がISMAP登録を取得し、政府調達への参入資格を確保した^[38]。

2023年5月、筆頭株主のNTTが株式を一部売却してIIJはNTTの持分法適用関連会社から外れ、同時にKDDIと資本業務提携を締結した。NTTグループと同率の筆頭株主となったKDDIとの資本業務提携で、2003年のクロスウェイブ破綻後の増資受け入れ以来20年続いたNTT系列入りから離脱し、通信2強と等距離を取る資本構造へ再編した。創業期の独立系ISPというコンセプトが資本構造の面で再生する転換点である。KDDIとの提携は、5G基地局向けのネットワーク・クラウド連携・MVNO卸先の多重化など実務面の協業余地を広げ、NTTドコモ・KDDIの双方からMVNO卸を確保するフルMVNO事業の交渉力強化にも繋がった。FY22（2023年3月期）の連結売上は2,527億円・営業利益272億円で、SI受注残高の積み上がりが翌期以降の増収を約束する構造へ移った^[39][40]。

2024年12月、鈴木幸一会長は日本経済新聞のインタビューで「売上高1兆円がみえる会社に」と語り、IIJの成長フェーズを次のステージに向ける構想を示した^[41]。2025年4月、勝栄二郎社長が退任し、後任として谷脇康彦氏が代表取締役社長執行役員Co-CEO＆COOに就任した。元総務省総合通信基盤局長で2022年6月にIIJ副社長として入社した同氏は、就任直後の東洋経済オンラインで会社を第2の創業期と位置付け、データ流通ビジネスの追求を打ち出し、政府のソブリンクラウド調達やデータ主権関連需要を成長軸に据える方向性を示した^[43]。FY24（2025年3月期）の連結売上高は3,168億円・営業利益301億円・親会社株主に帰属する当期純利益199億円、連結従業員数5,221名・自己資本1,392億円で、クロスウェイブ破綻時（2003年）に比べ売上は約8倍、自己資本は10倍以上の規模に達した^[42]。

谷脇社長はIIJ.news Vol.188（2025年6月）で「コロナ禍を機にBCP面からインターネットは業務上、不可欠であるとの認識が広がりました」と語った上で、少子化・人口減少への対応策として「個別化」「最適化」「自動化」の3キーワードを提示した^[44]。ソニーセミコンダクタソリューションズとのJV株式会社センシフィアを2026年2月に設立、IoT領域での事業立ち上げに着手した^[45]。FY26計画ではSI受注残高（FY26計上分約220億円）の積み上がりで増収を見込む構造である^[46]。1992年に「商用ISPという業態が存在しない国」で創業し、クロスウェイブ破綻で資本構造の独立を一度失い、20年かけて法人ストック型事業の安定化と資本構造の独立再生を同時に達成した同社は、データ流通・ソブリンクラウド・MVNOの3軸でデジタル基盤事業者の地位を更新する経営フェーズに入った^[47]。