1885年10月、郵便汽船三菱会社と共同運輸会社が合併して日本郵船会社が発足した。三菱の岩崎弥太郎が起こした海運事業と、三井系資本が政府の後押しで設立した共同運輸の2社は、航路ごとの値下げ競争で互いの経営体力を消耗していた。明治政府の仲裁による統合で、新会社は資本金1100万円、保有汽船58隻（総トン数6万4610トン）、沿岸航路11線と近海航路3線で営業を開始した。白地に2本の赤いラインを引いた「二引の旗章」は、2社の合同と航路が地球を横断する志を表し、創業時から同社の事業拡大の方向を象徴する旗印となった。当時の郵便汽船三菱会社は年間貨客の大半を占める内航の雄であり、共同運輸は政府主導で新造船を揃えた新興勢力として激しい値下げ合戦を繰り広げていた。

1893年にボンベイ航路を開設し、日本初の遠洋定期航路を開いた。1896年には欧州航路・北米シアトル航路・豪州航路を相次いで開設し、欧州勢が独占していたアジアの幹線航路に日本の海運会社として参入する道を切り開いた。日清・日露の両戦役では軍事輸送を担い、政府の補助金と結びつきながら船隊を拡大した。第一次世界大戦期の海運ブームでは欧州船の不足を埋める形で業容を広げ、世界有数の海運会社としての地位を固めた。戦間期には近代海運を担う外航船社として航路網と船隊規模の両面で日本の海運業界を牽引する存在となった。定期航路の拡充と並行して船員教育・船舶技術の蓄積も進み、民間海運会社としての総合力が戦前期のうちに整った。

第二次世界大戦で日本郵船は保有船舶の大半を失った。戦禍による喪船は185隻・113万総トンに及び、終戦時の所有船舶は僅か37隻・15万5000総トンまで激減した。GHQの統制下で外航航路は厳しく制限され、日本の海運は壊滅状態に陥った。1950年代に入りGHQの統制が緩和されると、日本の輸出回復に合わせて航路を順次再建した。1949年には東京証券取引所への上場を果たし、戦後復興期の資本市場から新たな船隊整備の資金を調達する道筋をつけた。以後、荷主産業の輸出拡大と歩調を合わせて船隊規模を取り戻した。民間海運の自主運航が再開されたのは1950年であり、日本郵船はまず米国・東南アジア航路の再開を優先し、戦標船改造と新造船発注で船隊を再建した。

高度経済成長期に入ると、特定の貨物に特化した不定期専用船事業が新たな収益の柱に育った。1964年に世界初のチップ専用船「呉丸」を竣工させ、鉱石専用船やパルプ専用船も次々と投入した。鉄鋼業の原材料輸入や紙パルプ産業の木材チップ輸入という日本の産業構造と直結した輸送需要を取り込み、長期契約に基づく安定収益モデルを築いた。自動車輸出の急増に伴って自動車専用船も就航させ、1983年にはLNG船事業に進出してエネルギー輸送への多角化を開始した。定期船の運賃収入だけに依存しない事業構造づくりが、ここから日本郵船の経営戦略の軸となった。荷主産業との長期輸送契約を積み上げる営業手法も、専用船時代の幕開けとともに定着した。

1968年9月、日本初のコンテナ船「箱根丸II」が北米航路に就航した。コンテナによる海上輸送の標準化は、在来船で数日を要していた荷役作業を数時間に短縮し、国際貿易の物流コストを引き下げる技術革新となった。日本郵船は以後オーストラリア航路、欧州航路と主要航路のコンテナ化を順次進め、1970年代から80年代にかけてコンテナサービスのネットワークを世界の主要地域へ広げた。同時に在来定期船からコンテナ船への置き換えを進め、邦船各社のなかでも規模で先頭を走る存在となった。コンテナ輸送の普及は荷主に対する営業の標準化を可能にし、サービスの信頼性が新たな競争軸に浮上した。臨海コンテナターミナルへの出資も相次いだ。

同じ時期に物流事業やターミナル事業にも進出し、海上輸送だけでなくサプライチェーン全体をカバーする総合物流企業への転換を図った。郵船航空サービス（のちの郵船ロジスティクス）によるフォワーディング事業や、各国でのコンテナターミナル運営など、事業の幅は定期船・不定期専用船・物流・客船・航空運送へ広がり続けた。ただしこの多角化は、海運市況の変動リスクを事業ポートフォリオ全体で吸収する狙いがあった一方で、コンテナ船事業の構造的な低収益性という問題を組織の内側に抱え込む結果ともなり、のちの事業再編の遠因となった。郵船ロジスティクスは欧州や東南アジアでの買収を通じてネットワークを広げ、海陸一貫輸送の担い手としての存在感を高めた。

2008年のリーマンショックは世界の海運市況を直撃した。ドライバルク船の市況指標であるバルチック海運指数は2008年のピークから90パーセント以上下落し、不定期専用船事業の収益が急落した。日本郵船は2010年3月期に営業損失180億円・経常損失304億円を計上し、2012年3月期には純損失728億円へと赤字が拡大した。定期船事業はこの期間に4年連続で営業赤字を計上し、連結業績の足を引っ張り続けた。世界的な景気後退局面で海運業が最も敏感に反応する業種であると示す数字となった。邦船各社はそれまでのコンテナ船事業の赤字を不定期専用船の好況で相殺する構造に依存していたため、両市況が同時に悪化する局面では経営体力の削り合いを避けられなくなった。

海運不況は一時的な景気後退ではなく構造的な不況であった。中国経済の成長が減速して鉄鉱石・石炭の荷動きが鈍化する一方で、世界の船腹供給量はリーマン前の好況期に発注された30万重量トン級の鉱石・原油船の竣工ラッシュで増え続けた。コンテナ船市場でも船腹の供給過剰が常態化し、運賃は採算割れの水準にとどまった。欧州の海運大手はM&Aによるコンテナ船事業の統合・規模拡大で対応したが、日本郵船を含む邦船各社は単独での規模拡大が難しく、定期船事業は2011年3月期から2016年3月期までの6期中5期で営業赤字を記録した。この構造不況こそが後の邦船3社による事業統合の土台となった。邦船各社は国内での合併や事業売却を繰り返したが、世界市場で見ればなお規模不足の状態が続いた。

2016年10月、日本郵船・商船三井・川崎汽船の邦船3社は、定期コンテナ船事業を統合する方針を発表した。3社が個別に運営していたコンテナ船隊を一つの会社に集約し、スケールメリットでコスト競争力を確保する狙いであった。2017年7月にシンガポールにOcean Network Express（ONE）を設立し、日本郵船38パーセント・商船三井31パーセント・川崎汽船31パーセントの出資比率とした。コンテナ船約140万TEUを擁する世界第6位のコンテナ船会社が誕生し、邦船勢の定期船事業はこの新会社に一元化された。邦船3社の統合は、欧州マースクによるハンブルクスードの買収や中国COSCOの拡大など海運業界の世界的な再編のなかで、国策的な色合いを帯びて実行された産業再編の象徴的な案件となった。

同じ2017年3月期、日本郵船はコンテナ船・ドライバルク船・貨物航空機の減損損失等で特別損失約1950億円を計上し、純損失2657億円という上場来最大の赤字を記録した。2018年4月にONEがサービスを開始したが、初年度は3社のシステム統合の混乱で集荷が低迷し赤字となった。日本郵船自身も2019年3月期に経常損失20億円を計上している。郵船ロジスティクスの完全子会社化や不定期専用船の市況回復を待ちながら、海運市況に左右されにくい収益基盤の再構築に着手した。特別損失の大半はONE統合に伴うコンテナ船事業関連資産の減損であり、過去の投資の清算をまとめて行い新会社への出資を身軽に実施する狙いがあった。

2020年後半から、コロナ禍による世界的なサプライチェーン混乱がコンテナ船運賃を急騰させた。港湾の混雑、コンテナ不足、欧米での巣ごもり消費急増が重なり、コンテナ船のスポット運賃は過去の平均の数倍にまで達した。ONEの利益は2022年3月期に7342億円へと膨張し、日本郵船は持分法投資利益として約2800億円を計上した。連結の経常利益は1兆31億円・純利益は1兆91億円に達し、日本の海運業界として初めて経常利益が1兆円を超える歴史的な水準に到達した。赤字で切り離した事業が黒字の源泉となるという逆説が、ここに顕在化した。北米西海岸の港湾ではバース待ちの船が沖合に列を作り、空コンテナの偏在と荷動きの逼迫が複合的に運賃を押し上げた。

2023年3月期も経常利益1兆1097億円・純利益1兆125億円と、2期連続で1兆円を上回る空前の業績となった。ただしこの利益の大半はONEからの持分法利益であり、出資比率38パーセントの日本郵船にとっては自ら制御できない外部要因に依存する構造でもあった。自己資本は2兆4786億円まで積み上がり、超過利益の配分と投資先の選定が経営上の最大課題となった。定期船事業を切り離した結果、利益の源泉はいったん社外に移ったが、その社外会社が想定を遥かに超える利益をもたらす予期せぬ展開が続いた。日本郵船は同年に自己株式取得枠を2000億円規模で設定し、配当も過去最高水準へ引き上げた。

日本郵船は空前の利益を株主還元と成長投資の両面へ配分する方針を策定した。2022年3月期から自己株式取得と増配を実施し、総還元性向を引き上げた。成長投資ではLNG船隊の拡充を進め、2050年ネット・ゼロエミッション達成に向けてLNG燃料自動車専用船の新造を2028年までに20隻計画した。曽我貴也社長は「脱炭素化の流れをつくる『起爆剤』になりたい」（日本経済新聞 2024/11/07）と述べ、次世代燃料の市場創造に業界全体で取り組む方針を発表した。また日本郵船は洋上風力発電のSEP船への投資や国内の港湾ターミナルの自動化投資など、海運の枠を超えたインフラ事業への関与も強めた。超過利益を次世代の競争基盤の構築に振り向ける姿勢が鮮明となった。

2023年4月に曽我貴也が社長に就任した。曽我は就任挨拶で茶道に言及し、「経営は『和敬清寂』の精神で」（日経BP総合研究所 2024/01/30）臨む姿勢を掲げた。前任の長澤仁志が環境分野でトップランナーになるとして掲げた路線を継承するかたちである。コンテナ船運賃の正常化で2024年3月期の経常利益は2613億円に縮小し、ONEの持分法利益に依存した利益水準は短期間で剥落した。郵船ロジスティクスの事業強化、2024年12月のENEOSオーシャン海運事業の承継（新会社NYK Energy Oceanの株式80パーセント取得）など、海運市況に左右されにくい事業基盤の拡充を並行して進めている。ONE依存度の高い収益構造をいかに変えていくかが、超過利益後の日本郵船経営で最大の焦点となった。ONE一本足の収益構造を分散していく長期戦略の起点となる就任となった。