1968年2月、兵庫県神戸市兵庫区下沢通5丁目4番地に東亞医用電子株式会社が設立された。中谷太郎が中心となり、東亞特殊電機株式会社（現TOA株式会社）が製造する血球計数装置の販売会社として船出した経緯である。創業時の資本金は限定的で、神戸の地で医療用電子機器の販売を専業とする小規模会社であった。「血球計数装置」とは、人体の血液中の赤血球・白血球・血小板の数を自動計測する検査機器で、当時は医療現場で技師が顕微鏡を用いて手作業で計数していた領域であった。自動化機器の登場で診断速度が劇的に向上する局面に、東亞医用電子は販社として参画した。

販社専業として始まった事業構造は、4年で大きく転換することになる。1972年2月、東亞医用電子は親会社にあたる東亞特殊電機株式会社の医用電子機器開発製造部門の営業を譲り受け、製品の開発・製造・販売を一貫して手掛ける体制へ移行した。販社から開発製造一貫体制への業態転換は、医用電子機器の市場拡大局面で他社製品の販売に依存する立場では十分な収益を取り切れないという認識に基づく決断だった。同社はこの転換で、機器設計・試薬開発・現場サポートまでを自社で抱える体外診断機器（IVD）メーカーへの道を歩み始めた。

1973年5月、兵庫県加古川市に加古川工場が新設された。営業部門・生産部門・研究開発部門を集結する形で、神戸本社から地理的に独立した主力工場を持つ体制が整い、メーカーとしての量産能力が確保された。加古川は神戸から西へ約30km、播磨平野の工業地帯で、用地確保が容易かつ大消費地神戸へのアクセスも保たれた立地条件であった。

1978年2月、製品ブランドを「Sysmex」（シスメックス）に変更した。「Systems」（システム）と「medicine」（医療）あるいは「Mexico」とは別の独自造語として、自動化された医療検査システムを連想させる名称で、後年のグローバル展開期に企業名そのものへ昇格していく素地が、この時点でブランド名として整えられた。

1980年10月、ドイツにトーア メディカル エレクトロニクス ドイチュラント ゲーエムベーハー（現シスメックス ヨーロッパ エスイー）を設立し、欧州事業の起点を築いた。欧州は体外診断機器のグローバル市場でロシュ・ダイアグノスティクス（スイス）・シーメンスヘルスィニアーズ（ドイツ）と並ぶ巨大市場であり、ドイツ拠点を皮切りに段階的に販売網を広げていく構想であった。後年に売上の8割超を海外で稼ぐ事業構造の出発点である。

1986年4月、神戸市西区に神戸工場（現テクノパーク）を新設し、研究開発部門を移転した。R&D拠点の集約は、血球計数装置という比較的成熟した製品から、尿検査・凝固検査・免疫検査・遺伝子検査へと事業領域を広げていく際の研究基盤として機能した。1991年2月には兵庫県小野市に小野工場を新設し、検体検査試薬の生産部門を集約した。機器販売だけでなく試薬の継続販売（消耗品ビジネス）を収益の柱とする体外診断機器メーカーの典型的なビジネスモデルが、生産機能の集約とともに完成していった。1993年3月にはテクノセンター（現テクノパーク）本館を新設し、研究開発部門・物流部門・情報システム部門・サービス部門を集約、神戸の研究拠点が機能の中核となった。

血球計数装置の販社として出発した東亞医用電子は、創業から約20年で開発製造一貫の体外診断機器メーカーへ姿を変え、欧州・国内に主要拠点を構える体制へ拡大した。世界の体外診断機器市場は欧米巨大企業（ロシュ・ダイアグノスティクス、アボットラボラトリーズ、シーメンスヘルスィニアーズ、ベックマンコールター）が支配する寡占構造であり、その間隙を縫って血球計数装置という単一カテゴリーで世界シェアを取りに行く戦略の基盤が、この時期に固まった。