1717年（享保2年）、初代小野市兵衛が大阪道修町で「伏見屋市兵衛」の屋号のもとに薬種仲買人として創業した。江戸期の道修町は徳川幕府公認の薬種問屋街で、唐薬・和薬の輸入・卸売を担う薬業の中心地だった。小野家は道修町の老舗薬種問屋として、近世日本の医薬流通を担う一翼を占め続けた。1918年に東洋製薬化成株式会社を設立し、近代的な製薬事業の足場を作り始めている。

1934年、合名会社小野市兵衛商店に改組し、資本金16万円で近代法人格を獲得した。個人商店から合名会社への法人化により、近代的な企業統治の体裁を整えている。1947年、商店の医薬品製造部門として日本有機化工株式会社（資本金19万5千円）と、注射アンプル等医薬用硝子資材部門として日本理化学工業株式会社を設立し、製造・販売の一貫体制を構築した。戦後の医薬品メーカーとしての企業形態が、ここで現代的な姿に整った。

1948年、日本有機化工株式会社を現社名の「小野薬品工業株式会社」と改称し、日本理化学工業株式会社を解散した。1949年、合名会社小野市兵衛商店を小野薬品工業株式会社に吸収合併し、製造販売部門の一本化を図っている。問屋・商店時代から完全に脱却し、製薬企業としての新たな出発を果たした。1961年に城東工場（綜合製剤工場）が完成し、戦後の生産能力拡張の中核施設として稼働を始めた。

1962年、大阪証券取引所市場第二部に株式上場した。1963年、東京証券取引所市場第二部に株式上場し、1969年には東京・大阪各証券取引所市場第一部に指定替えしている。江戸期享保2年の創業から245年を経て、近代資本市場への参入を果たした。300年企業として、戦前の薬種問屋から戦後の上場製薬企業への転換を完遂した時期で、現代の小野薬品工業の事業形態がここで確立した。