1907年4月、長岡の紙卸商・田村文四郎と書籍商・覚張治平を中心とする143名の出資者が北越製紙株式会社を設立した。稲作の盛んな新潟は原料となる稲藁の調達が容易な土地柄であり、新潟随一の紙商であった田村家が築き上げてきた広範な販路がそのまま創業時の販売基盤となった。翌年10月にはドイツ製の抄紙機を据え付けて長岡工場での板紙製造を開始し、1920年には北越板紙を買収して新潟工場を発足させ、長岡と新潟の2拠点体制を築いた。原料・販路・水力という製紙業の3条件を地元の信濃川流域で完結させたところに、創業期の北越製紙の独自性と強さがあった。

第1次世界大戦の好景気を受けて北越製紙は業容を急拡大したが、大戦後の反動不況により1920年に新設した市川工場は採算割れが続いた。好況期の拡張投資が不況期に大きな重荷となる構図は、設備投資の規模が直接固定費を押し上げる装置産業の宿命でもあり、北越製紙が直面した最初の本格的な経営試練となった。経営の中核には引き続き田村家の出身者が据えられ、田村家から出た社長が1950年代まで歴任する創業家支配の統治体制が、この時期にはっきりとした形をとって定着した。創業時の人脈と販路に支えられた経営構造は、戦後の業界再編期に至るまで色濃く残り続けた。

戦時中に空襲を免れた北越製紙は早期に生産体制を立て直し、1951年には製紙業界のなかでもトップレベルの収益を計上した。同社はこの収益を設備投資の原資として振り向け、長岡・新潟・市川の3拠点で抄紙機を相次いで新設して増産体制を整えた。その結果、1955年には洋紙生産高で国内シェア5位を確保し、新潟を本拠とする地方企業でありながら王子・本州・十條といった東京資本の大手と互角に競う存在として業界内外の注目を集めた。地方発の中堅メーカーが大手の一角に並ぶという、戦後の製紙業界では異例の位置取りを実現した時期である。

しかし1957年からの景気低迷で収益性が低下し、北越製紙は再建方策案を策定して希望退職を含む人員整理に踏み切らざるを得なくなった。1959年には鈴木一弘による株式買い占め事件が起き、外部からの経営介入のリスクが現実のものとして同社の前に立ち現れた。株式の買い占めは当時の上場企業に共通する脅威だったが、創業家支配が残る地方中堅メーカーにとっては組織防衛の足場そのものを問われる事件でもあった。さらに1963年には田村文吉会長の逝去によって創業家による経営に区切りがつき、半世紀以上にわたって続いた田村家中心の統治構造は終わりを迎えた。地方の中堅紙メーカーから業界中位の企業へと立場が変わるなか、北越製紙は新たな統治構造への転換を迫られた。

1964年の新潟地震で新潟工場が大きな被害を受けたが、北越製紙は復旧と同時に抄紙機の新設に踏み切り、被災を生産能力増強の機会へと転換した。装置産業の紙メーカーにとって被災は操業停止と競合へのシェア流出を同時に招く危機だが、同社は復旧投資を増設投資に重ねることで被災後のシェア低下を食い止めた。1971年には首都圏市場を視野に入れた新たな拠点として茨城県に勝田工場を新設し、米国市場における紙の動向を踏まえて特殊白板の生産に注力した。さらに1977年には子会社の北越パッケージを設立し、抄紙だけでなく紙器加工分野への展開も始めた。本社所在地の新潟と首都圏の勝田、紙器加工の北越パッケージという3層の事業基盤が、この時期に形づくられた。

1986年には新潟工場への設備投資を再開し、2000年には市川工場と勝田工場を統合して関東工場と改称するなど、グループ全体の生産体制の合理化を進めた。2004年の新潟県中越地震では長岡工場が再び大きな被害を受けたが、ここでも復旧と操業再開にこぎつけた。新潟地震と新潟県中越地震という2度の大震災を経験しながら設備投資の手を緩めなかった点は、同じ装置産業でも被災のたびに減産や撤退を余儀なくされた他の地方紙メーカーと比べたときの北越製紙の大きな特徴である。震災と再投資の繰り返しが、同社の事業基盤の骨格そのものを形づくった。

2000年に三菱製紙との包括提携を発表して業界内での連携強化に動いたが、北越製紙が本格的に業界再編の主体として動いた最初の動きは2009年の紀州製紙完全子会社化であった。これにより同社の事業基盤は拡大し、洋紙偏重だった製品ポートフォリオに特殊紙分野の品揃えが加わって厚みを増した。さらに2020年には主力の新潟工場の抄紙機6号機を段ボール原紙用の抄紙機に改造する大型工事に踏み切り、紙離れによる印刷用紙需要の長期的な縮小と、通販市場の拡大による段ボール需要の継続的な増加という国内紙市場の構造変化に対応する製品転換に真っ向から着手した。

2018年には商号をそれまでのものから自社株式会社へと変更し、紙単業からの脱却と総合紙業会社への移行を志向する経営方針を社外に対しても示した。海外展開の面では、2015年にカナダのアルパック・フォレスト・プロダクツを買収し、北米における原料パルプ生産の北越コーポレーション拠点を確保した。創業以来の主力商品であった印刷用洋紙の国内需要が長期的に縮小するなか、紀州製紙の取り込み・段ボール原紙への生産シフト・海外原料拠点の獲得という3つの手を打ち、製品構成と事業領域の幅を広げた時期に当たる。震災対応の延長にあった設備投資を、市場構造の変化に合わせて組み替え直す作業でもあった。

2006年8月、業界首位の王子製紙が北越製紙に対して敵対的買収を宣言した。国内製紙業界は紙離れで需要縮小が確実視され、王子の側には業界再編の主導権を握る狙いがあった。北越製紙は三菱商事に対する第三者割当増資によって303億円もの資金を調達し、三菱商事が24.09%の筆頭株主となる新たな資本構図を作ってTOBを阻止した。独立は維持されたが、その代償として北越製紙は三菱商事の系列企業としての立場を受け入れた。2008年には三菱商事出身の岸本晢夫氏がCEOに就任し、両社の提携関係は2019年まで13年間続いた。買収防衛の成功と引き換えに、北越製紙の経営の自律性は制約された。

買収防衛のために招き入れた資本が、その後の長期にわたる北越製紙の経営構造そのものを規定するという独特の結果が、この一連のやりとりからはっきりと生まれた。独立を守る名目で行われた第三者割当増資は、結果として経営判断の自由度を狭め、王子製紙の脅威が遠のいた後も意思決定の枠組みそのものを縛り続けた。さらに、三菱商事という強力な後ろ盾を失った瞬間に、新たな株主との対立を招く遠因となった点も見逃せない。買収防衛の成功という短期的な勝利と、10年単位での経営の硬直化という長期的な代償が、同じ一手から並行して生じた事例だといえる。