1909年10月11日、三井銀行倉庫部から「東神倉庫株式会社」として分離独立し、本店を東京に置き、東京・神戸・門司に支店を設けた。銀行が貸付の担保として預かる荷物の保管機能を、独立した倉庫会社へ切り出したのが出発点となる。1913年に横浜派出を開き、1923年には横浜支店へ昇格させた。担保物の保管という金融に紐づいた業務から始まった点は、商取引や海運貨物の集散から生まれた他の倉庫会社とは異なる出自で、預かり資産の確実な管理を本分とする保管業の性格を初期から帯びていた。三井銀行の取引網を介して荷主とつながる立地選びが、主要港湾への拠点配置を後押しした^[1][2][3]。

1917年8月、神戸桟橋会社の海上業務を買収して港湾運送事業へ進出した。船から陸へ貨物を移す荷役と、その先の保管を一社で連続して担う体制を、設立から10年に満たない時期に整えた点が次の拡張の土台となる。1918年1月には大阪倉庫会社を買収して大阪支店として営業を始め、関西最大の商業都市へ足場を築いた。1922年9月に名古屋出張所を設け、1937年に名古屋支店へ昇格させた。横浜・神戸・大阪・名古屋という国内主要港・商業地への拠点展開は、単なる保管の受け皿にとどまらず、港湾荷役と倉庫を組み合わせた複合物流業者としての原型を形づくった^[4][5][6]。

1942年3月、社名を「三井倉庫株式会社」と改めた。三井の冠を正式に社名へ組み込み、グループ企業としての位置を対外的に固めた格好となる。しかし1944年、戦時統制下に発足した日本倉庫統制株式会社へ各地の主要施設を供出させられ、事業基盤の多くを失った。1945年に同社から施設と業務の返還を受け、各支店とも営業を再開し、戦前規模への回帰を進めた。1948年7月には大阪に大正運輸を設立し、後の三井倉庫港運へとつながる港湾運送の専門子会社網を築き始めた。戦時統制による縮小と戦後の再建が、近代的物流企業として組み直す契機となった^{[7][8][9][10]}。

1950年4月、東京証券取引所へ株式を上場し、資本市場経由の調達経路を確保した。倉庫・港湾・物流事業を拡大するための資金基盤を、戦後復興の初期に整えた点が以降の事業展開を支えた。同年8月には福井に是則倉庫運輸を設立し、1966年に福井三則倉庫運輸、1992年に株式会社ミツノリへと改称した。1961年3月には北海道釧路に北海三井倉庫を設立し、後の北海三井倉庫ロジスティクスへつながる北海道拠点を置いた。地方の港湾・産業拠点ごとに専門子会社を据える方式で、本体の支店網を補完する形で全国の物流網を広げていった^[11][12][13]。

1966年8月、自動車運送取扱業を開始し、倉庫・港湾に陸送を加えた。モータリゼーションの進展に合わせ、保管と内陸輸送を組み合わせるサービスへ踏み込んだ動きとなる。1968年3月には海上コンテナの取扱いと国内でのコンテナ・ターミナル運営を始めた。コンテナリゼーションが国際海運で本格化する勃興期に先んじて参入した点は、後年の国際物流事業の原点となる。1969年4月には貨物自動車運送業の免許を取得し、海上コンテナのトラック輸送を内製化した。船から港、港から内陸まで一貫してコンテナを扱う体制を、1960年代後半の数年で組み上げた^[14][15][16]。

1977年12月、本店に国際部・プラント部を設置し、国際運送業務を手がけ始めた。それまで個別に扱ってきた海外貨物やプラント設備の輸送を、専門組織のもとで国際複合一貫輸送という戦略事業へ位置づけ直した。海上コンテナへの早期参入で蓄えた輸送ノウハウを、組織として束ね直す段階に入った格好となる。倉庫保管から港湾運送、自動車運送、国際輸送へと領域を広げてきた拡張は、いずれも荷主の貨物を起点から終点まで連続して扱う一貫オペレーションの志向に貫かれていた。物流の多モード化を担う組織の枠組みが、この時期にほぼ出そろった^[17]。

1979年8月、シンガポールにMitsui-Soko (Singapore) Pte. Ltd.を設立し、海外現地法人の第一歩を踏んだ。東南アジアの物流拠点として置いたこの拠点が、海外ネットワークの起点となる。1982年6月にはIATA航空貨物代理店資格を取得して航空貨物取扱業務を本格化し、同年12月には米国ニューヨークにMitsui-Soko (U.S.A.) Inc.を設立した。海・陸に航空を加えたモードの拡充と、日系製造業の海外展開を支える北米拠点の設置を同じ年に進めた点が、総合国際物流サービスへの志向を示す。海外拠点は荷主である日系メーカーの生産・販売立地に紐づいて整備され、現地企業より日系荷主を顧客の中心に据えた^[18][19][20]。

1986年11月、ビッグバッグ業務としてトランクルーム保管や引越など個人向けの非商品業務を始めた。法人の大量保管に偏っていた事業に、個人向け保管という別の市場を加えた一手となる。1989年3月には三井倉庫箱崎ビルを竣工させ、不動産賃貸業務を始めた。都心に保有する旧来の倉庫用地を賃貸ビルへ転用する設計で、保管・物流以外の収益源を確保する狙いがあった。ただし不動産は本業を補完する副次的な位置にとどまり、収益の中心はあくまで物流事業に置かれた。同ビルは2024年にMSH日本橋箱崎ビルへ改称し、後の本店回帰の受け皿ともなる^[21][22]。

1992年1月、本支店制を廃止して本支社制へ移行し、本社各部と関東・中部・関西・九州の各支社による地域統括体制を敷いた。地域ごとの機動性と本社管理を両立させる狙いの組織再編となる。2001年4月には九州支社を三井倉庫九州として分社化し、地域事業の独立採算化を進めた。2004年4月に執行役員制度を導入し、取締役会の監督機能と業務執行機能を分離した。地域ごとに採算責任を負わせれば、各地の事業を機動的に運営しやすくなる。本体の支店を地域子会社へ切り出しつつ、本社は監督と全体管理へ役割を移す方向で、組織の重心を分権と専門化の側へずらしていった^[23][24][25]。

2006年4月、本社にBPO事業推進部を設置し、ビジネス・プロセス・アウトソーシング事業を本格化させた。物流に加えてバックオフィス業務の受託へ踏み込み、新たな収益領域を開いた動きとなる。2008年4月には3PL推進部を設置し、荷主の物流機能を包括して受託するサード・パーティ・ロジスティクスを成長戦略の中核へ据えた。保管と輸送を個別に売る形から、荷主の物流業務全体を一括して引き受ける形へ事業モデルを切り替える布石で、荷主側の物流アウトソーシングの広がりに合わせた拡張だった。物流業務全体を受託すれば荷主との取引は長期化し、収益の安定にもつながる^[26][27]。

2009年10月、1909年の創業から100年の節目を迎えた。同年12月には自己株式1,500万株を消却し、発行済株式総数を124,415,013株へ減らして資本効率の改善を図った。2010年4月には全社組織を改編して事業部門制度を導入し、機能別から事業部門別へ移して各部門に収益責任を負わせた。創業100年を機に、事業ポートフォリオを部門単位で管理する体制へ組み替え、3PLを軸とする成長戦略を進めるための社内の枠組みを整えていった。部門ごとの採算を可視化することで、買収で広げた事業群の収益性を測る土台ともなった^[28][29][30]。

2011年から2012年にかけて、買収による事業拡大が相次いだ。2011年3月にジェイティービーエアカーゴの全株式を取得して三井倉庫エアカーゴへ改称し、航空貨物フォワーディングを強化した。2012年4月には三洋電機ロジスティクスの全株式を取得して三井倉庫ロジスティクスへ改称し、家電メーカー系物流子会社を取り込んで3PLの規模と顧客基盤を広げた。同年7月には航空貨物関係2社を統合して三井倉庫エクスプレスを設立した。自前で拠点を整える拡大から、メーカーの物流子会社を取り込んで荷主基盤ごと事業を広げる手法へ、成長の主力を移していった^[31][32][33]。

2014年10月、持株会社制へ移行して社名を三井倉庫ホールディングス株式会社へ改め、倉庫・港湾部門を三井倉庫、BPO部門を三井倉庫ビジネストラストとして分社化した。事業会社へ権限を委譲し、グループ全体の事業ポートフォリオを持株会社が管理する体制へ転換した格好となる。2015年4月にはソニーサプライチェーンソリューションの株式66%を取得して三井倉庫サプライチェーンソリューションへ改称し、同年12月には三井倉庫トランスポートが丸協運輸など計6社を取得して陸上輸送網を一挙に広げた。メーカー系物流子会社の取り込みと陸送網の拡充を、持株会社移行の前後に集中させた^[34][35][36]。

買収の集中は財務の負担となって表面化した。FY15（2016年3月期）に売上高は2,129億円へ伸びたものの、経常利益は9億円まで落ち込み、純利益は2億円にとどまった。続くFY16（2017年3月期）には、取得した子会社の事業計画を慎重に見直した結果、のれんや有形固定資産の減損損失を254億78百万円計上し、親会社株主に帰属する当期純損失は234億27百万円に達した。前期がほぼ均衡だった水準からの急落で、自己資本が毀損する事態となった。荷主基盤ごと事業を取り込む拡大策が、買収価格に織り込んだ将来収益の見込み違いとして代償を求めた局面である。

2017年4月、三井倉庫ビジネストラストを三井倉庫へ吸収合併し、BPO事業を倉庫・港湾事業と統合した。分社化から3年での統合への転換で、減損を経て事業構成を整理し、総合物流と業務受託を一体で提供する体制へ組み直した動きとなる。2018年10月には普通株式を5株を1株へ併合し、単元株式を100株へ変更した。減損で傷んだ財務を立て直しながら、グループ内に分散していた機能を集約し直す段階に入った。買収で広げた荷主基盤と機能を、いかに採算の取れる事業へ束ね直すかが、持株会社移行後の経営の主題となった^[37][38]。

FY16の減損を底に、業績は回復へ転じた。物流事業の売上高はFY16の2,167億円からFY18（2019年3月期）には2,334億円へ伸び、同事業のセグメント利益も2017年3月期の44億円からFY18には98億円へ拡大した。連結の経常利益はFY17（2018年3月期）の65億円からFY18には110億円へ伸び、純利益も51億円を回復した。減損で見直した子会社の採算を立て直し、3PLとサプライチェーン管理を軸とする物流事業が、買収で広げた基盤を収益へ結びつけ始めた局面となる。物流事業が連結売上の大半を占め、不動産は90億円前後の安定収益を補完的に担う構図が定着した。

コロナ禍を経たFY21（2022年3月期）、海上運賃の高騰と国際物流需要の盛り上がりを受け、物流事業の売上高は2,922億円、セグメント利益は237億円へ急伸した。連結の経常利益は255億円、純利益は145億円に達した。続くFY22（2023年3月期）も売上高3,008億円、経常利益265億円、純利益156億円と高水準を保ち、過去最高益圏を更新した。国際輸送の運賃市況がそのまま利益へ反映される構造で、海上コンテナへ早期参入した歴史が、需給逼迫の局面で多額の利益として返ってきた格好となる。物流事業が利益の大半を稼ぎ、不動産事業のセグメント利益は59億円前後で推移した。

運賃市況の反動で利益水準は平準化へ向かった。FY23（2024年3月期）は売上高2,606億円、経常利益210億円、純利益121億円、FY24（2025年3月期）は売上高2,807億円、経常利益180億円、純利益100億円となった。海上運賃の落ち着きにより物流事業の利益はピークから縮んだが、それでも物流事業のセグメント利益はFY24で214億円を確保し、不動産事業の22億円を9倍以上上回った。売上・利益とも物流が中心を占める構造は変わらず、運賃市況に左右される国際物流の比重の高さが、好不況の振れをそのまま業績に映す。

三井倉庫ホールディングスは『中期経営計画2022』のもとで、一気通貫の統合ソリューションサービスの構築、現場力の強化、ESG経営の推進を従来施策の「深化」として進めている。5年間で総額1,300億円の投資を計画し、うち1,000億円をDX・新規設備（物流／不動産）・M&Aなどの成長領域へ、300億円を既存施設の維持・更新へ充てる方針を示した^[40]。財務面では配当性向30%を基準とした株主還元の強化と、ROE12%超を目標に据える^[41]。物流事業者としての顧客基盤と各物流機能を束ね、業際領域へ広げる成長戦略を柱とし、運賃市況に左右されにくい収益源を厚くする構図となる^[39]。

数値目標として、2027年3月末に営業収益3,500億円、営業利益230億円、営業キャッシュ・フロー300億円を掲げる^[42]。FY24の営業収益2,807億円・営業利益178億円からの引き上げを狙う計画で、海上運賃の反動減で平準化した利益を、統合ソリューションの深化とローコスト化による収益性向上で押し上げる構図となる。代表取締役社長の古賀博文のもと、グループ理念を最上位に置いてマテリアリティと中期経営計画を結びつける運営方針を示している^[43]。2025年5月には本店を西新橋から日本橋箱崎町へ移し、1984年に箱崎を離れて以来41年ぶりの地への回帰を果たした^[44]。物流に重心を置いた事業構造をいかに高採算へ磨き直すかが、次代の課題となる。