日本通運のルーツは1872年に設立された陸運元会社にある。江戸時代に飛脚問屋・和泉屋の支配人を務めた佐々木荘助が中心となり、明治政府の郵便制度整備に合わせて近代的な運輸会社を立ち上げた。1875年に内国通運会社へ改称し、鉄道貨物の発着両端輸送を担う「通運」事業の原型を築いた。鉄道が全国に延伸するにつれ、駅から届け先までの「最後の1マイル」を担う通運業者の役割はなった。通運は鉄道網と一体で成立する装置産業であり、全国の駅を押さえた事業者が強い立場を持つ。内国通運は早い段階から全国網を構築し、後の日本通運の広域ネットワークの原型を形づくった。

1928年に国際通運株式会社として発足した後、1937年10月、日中戦争下の戦時物資輸送を目的に「日本通運株式会社法」に基づく国策会社として日本通運が設立された。国際通運に同業6社の資産を統合し、政府と国鉄共済組合が資本の過半を出資した。1941年には東京合同運送ほか56社を合併し、全国の通運業者を一元的に束ねた。戦時体制下で日本の陸上物流を独占的に担う巨大組織が成立した。この国策会社化は、通運業界の零細事業者を一社に集約した点で画期的であり、戦後の民営化後も日本通運は全国の駅頭拠点と集配網を丸ごと継承した。競合が一から全国網を敷く必要に迫られたのに対し、同社は設立時から圧倒的な拠点数を抱える構造になった。

1950年、日本通運株式会社法の廃止と通運事業法の施行により、日本通運は民間会社として再出発し、東京証券取引所に上場した。政府出資は解消され、純然たる民間企業となったが、全国に張り巡らされた鉄道貨物の集配ネットワークはそのまま引き継いだ。1951年にはコンテナの試験輸送や美術品輸送業務を開始し、通運業者から総合物流企業への転換を模索し始めた。国内の貨物輸送は鉄道から自動車・船舶・航空へと多様化が進み、通運業者は駅頭集配だけでは荷主の需要に応えられなくなっていた。民営化とほぼ同時に多角化の種を蒔いたことが、後年の事業構成の幅を決めた。

1955年に国内航空貨物の混載業務、1957年に国際航空貨物の混載業務を開始し、航空フォワーディング事業に参入した。1964年には東京オリンピックの公式運搬を担当し、フランスから「ミロのヴィーナス」を輸送するプロジェクトを担った。1970年の大阪万博、1972年の札幌冬季オリンピックでも運搬業務を受託した。イベント物流での連続的な実績は日本通運のブランドを高め、美術品輸送や精密機器輸送といった高付加価値分野の基盤になった。鉄道貨物の通運から始まった事業は、航空貨物・イベント物流・特殊輸送へと広がり、「何でも運べる」総合物流企業という性格が定着した。この事業構成が、その後の海外展開でも日系顧客を多業種でまとめて受ける武器となる。

1962年に米国日通を設立し、海外進出の第一歩を踏み出した。日本企業の海外進出に伴い現地での物流需要が拡大するなか、1973年にシンガポール日通、1977年にオランダ日通、1981年に英国・ドイツ日通を設立し、拠点を各地に置いた。1992年には海外拠点が200を突破し、2001年には海外従業員が10,000人を超えた。日系企業の海外工場や販売拠点に寄り添う形で拠点を増やすモデルが、日本通運の海外展開の基本型となった。日系荷主の海外進出に伴走する手堅いモデルではあったが、非日系の現地顧客を面で取り込む発想は薄く、グローバル市場での取扱量を積み上げる構造にはなりにくかった。

欧米のメガフォワーダーとの差は歴然としていた。DHLサプライチェーン、キューネ・アンド・ナーゲル、DSVといった欧米勢はM&Aで規模を拡大し、航空・海上フォワーディングのボリュームで圧倒的な交渉力を持っていた。日本通運は拠点数こそ増えたが、各拠点が日系顧客中心の小規模オペレーションにとどまり、グローバルでの取扱量は欧米勢に劣っていた。2014年に海外拠点は500を突破し、2015年には海外従業員が20,000人に達したが、売上高に占める海外比率は約3割にとどまった。拠点数と従業員数は膨らんだのに、取扱量では欧米勢に追いつかないという構造的な限界が、のちのM&A路線への転換を押し出していく。

1977年に開始した宅配便「ペリカン便」は、日本通運のB2C向け事業の象徴だった。しかし、ヤマト運輸の「宅急便」や佐川急便との競争で劣勢が続いた。宅配便は取扱個数の規模が収益を左右する典型的な装置産業であり、上位2社に先行されたシェアを後発が取り返すのは難しい。2009年4月、日本郵便との共同出資でJPエクスプレスを設立し、ペリカン便事業を移管して統合を試みた。しかしシステム統合の問題で事業統合は遅延を重ね、JPエクスプレスの累積損失は約681億円に達した（日本経済新聞 2010/6/28）。統合の遅延は単なる技術的な問題ではなく、規模で勝てない事業に巨額の統合コストを投じるジレンマそのものだった。

2010年7月、JPエクスプレスのペリカン便事業は日本郵便の「ゆうパック」に吸収され、日本通運は33年間続けた宅配便事業から撤退した。B2C市場で規模の競争に敗れた経験は、事業戦略をB2B物流への集中に向かわせた。以後、企業間物流・フォワーディング・重量品輸送・医薬品物流といった専門性の高い領域に経営資源を振り向けた。ペリカン便の撤退は短期的には事業縮小だったが、B2Bへの集中を決定づけた転換点でもあった。重量品建設輸送、美術品輸送、医薬品コールドチェーンなど専門性と技術力で差別化できる分野に注力する路線が定まった。規模で勝つ領域から降り、単価と専門性で勝負する構造に切り替えた判断である。

2010年代後半、世界のフォワーディング業界ではDSVがパナルピナを買収するなどM&Aが相次ぎ、上位企業への集約が進んだ。日本通運も2017年に企業メッセージ「We Find the Way」を制定し、グローバル物流企業への転換を宣言した。自力での拠点展開だけではメガフォワーダーとの差は縮まらず、M&Aによる規模拡大が不可避との認識が社内で広がった。フォワーディングは航空会社・船会社との運賃交渉で取扱量が武器になるため、規模が小さいほど利幅が低下する構造にある。日系顧客を積み上げるモデルの限界と、非日系の現地荷主を面で取り込む必要性が、M&Aという選択肢を前面に押し出した。

2022年1月、日本通運は単独株式移転によりNIPPON EXPRESSホールディングスを設立し、持株会社体制に移行した。初代社長の齋藤充は「ホールディングス移行は当社グループの長い歴史の中でも大きな転換点であり、未来に向けての新たなスタート」（日本海事新聞 2022/1/6）と位置づけ、翌2023年年頭には「グループシナジー創出に注力」（日本海事新聞 2023/1/6）の方針を掲げた。持株会社体制の狙いは、グループ全体の経営資源配分を最適化し、とくに海外M&Aの意思決定を速めることにあった。事業会社である日本通運は物流オペレーションに専念し、持株会社が資本政策とM&A戦略を主導する二層構造を採用した。FY22（2022年12月期）の連結売上収益は2兆6197億円だったが、海外売上高比率はなお約3割にとどまり、グローバルでの競争力強化が最優先課題に据えられた。持株会社化は戦略を宣言する段階から実行に移す段階への切り替えだった。

2023年5月、NXHDはオーストリアの物流企業cargo-partner社の買収を発表した。取得価格は845百万ユーロ（約1,267億円）で、NXグループ過去最大のM&Aとなった。cargo-partnerは中東欧地域に物流基盤を持ち、自動車・電機・電子・医薬品産業の海運・航空フォワーディングを手がける企業で、2022年12月期の連結売上高は約3,200億円（NXHDプレスリリース 2023/5/12）。2024年1月に子会社化が完了した。これは日系顧客に寄り添う従来モデルから、非日系の現地荷主基盤を丸ごと取得する初めての案件であり、NXHDは欧米メガフォワーダーとの差を取扱量で詰める一歩と位置づけた。取得価格の大きさは、残された時間とM&A市場の玉数から見て、機を逃せないとの判断を反映している。

この買収は、NXグループが手薄だった中東欧地域の物流基盤を一挙に押さえる意味を持った。欧米メガフォワーダーは航空・海上フォワーディングの取扱量で日本勢を圧倒しており、その差を縮めるにはM&Aによるボリュームの積み上げが欠かせなかった。NXグループはこれまで海外拠点を日系顧客向けに個別に設立していたが、cargo-partnerの買収で非日系の現地顧客基盤を一括して取得する初めてのケースとなった。2024年9月にはドイツのヘルスケア物流企業SH HoldCoも子会社化し、医薬品物流のグローバル展開を行った。FY23（2023年12月期）の連結売上収益は2兆2,390億円、営業利益は600億円であり、M&A効果が表れるのはFY24以降となる。海外売上高比率の引き上げを数字で示せるかが、その後の評価を左右する。

海外拡大と並行して、NXHDは国内事業の再構築にも取り組んでいる。2024年1月に社長に就任した堀切智は、日本通運の社内カンパニー制を導入した。従来のブロック制では本社の意思決定に依存していた地方組織に自律的な経営判断の権限を与え、各地域のマーケットに即した事業運営を可能にする狙いがある。営業利益率4%未満の課所約100拠点を統合・廃止の検討対象に選定し、2018年から2024年までの6年間で低収益不動産約400件超・売却額1,000億円超を処分した（IR Day 2024 QA）。戦時体制下で積み上げた全国網は資産であると同時に、利益率の低い拠点が散在する負債でもあった。その重みをどう削るかが国内事業再編の主題にある。

事業ポートフォリオの整理も進んでいる。警備輸送部門の分社化は完了し、重量品建設部門の分社化も検討中である。小口貨物輸送部門は名鉄運輸との事業統合を進めている。2024年問題によるトラックのキャパシティ減少と外注費高騰が国内事業の収益を圧迫しており、料金改定による顧客へのコスト転嫁が経営課題に浮上した。経営計画では5年間で110億円の料金改定効果を見込んでいる（IR Day 2024 QA）。社内カンパニー制による地域裁量の拡大と、不採算拠点の淘汰、分社化による非中核事業の切り出しは、荷主産業の縮小に合わせて国内オペレーションを軽くする作業である。海外でのM&A投資余力を確保するための原資づくりとも連動している。