1919年、小倉康臣が東京市京橋区で大和運輸を創立した。資本金10万円、車両わずか4台からの出発ながら、創業直後から三越呉服店の商品配送や日本橋魚河岸の鮮魚輸送を請け負い、都心の商業貨物輸送で事業基盤を固めた。1929年には東京-横浜間で日本初の路線トラック定期便を開始し、戦後は1949年に東京証券取引所へ上場した。1950年代に通運事業、航空貨物取扱、海上貨物取扱と事業領域を広げ、1958年には美術品の梱包輸送にも進出し、法人向けの総合輸送業者としての顔を整えた。1978年の日経ビジネスは「戦前は日本一のトラック会社」（日経ビジネス 1978/7/19）と伝えたように、戦前戦後を通じて業態の軸は法人荷主を相手にした商業貨物にあった。

しかし1960年代に長距離路線輸送へ参入した際、関西での知名度の低さが響き、荷主獲得で日本通運や西濃運輸の後塵を拝した。小倉昌男は後に「5年の遅れは痛かった。新規開業の挨拶に回っても、すでに主な荷主は同業者に抑えられ、貨物が集まらないのには頭を抱えてしまった」（小倉昌男『経営学』1999）と振り返った。路線トラック事業は参入順に主要荷主を押さえた会社が有利な構造であり、後発の大和運輸が大口の法人荷主を奪い取るのは容易ではなかった。三番手の位置から抜け出せないまま1970年代に入ると業績は低迷し、オイルショックの影響も重なって経営は厳しさを増した。1971年に社長へ就任した2代目の小倉昌男は、法人の大口荷物を奪い合うのではなく、誰も手をつけていない個人の小口荷物にこそ活路があるという構想を温め始めた。

1973年、小倉昌男はニューヨークで視察を行い、UPSの小型トラックが1ブロックを1台で受け持つ緻密な集配モデルを目にし、個人向け小口宅配の採算性の確信を得た。小倉は「一般個人から個人への宅配需要はせいぜい2倍止まりだろうと推定されるから、過大な設備コストに悩まされることはないと思う」（小倉昌男『経営学』1999）と、需要の平準化が採算性の核心であると見抜いていた。1975年8月、小倉は「宅急便開発要領」を社内に発表した。ハブ・アンド・スポーク型の全国集配ネットワークを構築し、取扱店を全国に設けて荷物の密度を高めて採算を成り立たせる構想である。1976年1月20日、電話1本で集荷し翌日配達、運賃は安くて明瞭というコンセプトを掲げて宅急便のサービスを開始したが、初日の取扱個数はわずか11個にとどまった。それでも10年で年間個数は3億個規模へ跳ね上がる。

当時、運輸省は路線トラック事業の免許制を維持し、新規路線の認可には数年を要した。小倉は行政訴訟も辞さない姿勢で全国の路線免許を取得し、街の酒屋や米屋を取扱店として組み込み独自のネットワークを築いた。1981年に東証一部へ指定替え、1982年には「ヤマト運輸」へ商号変更し、1980年代半ばには宅急便の年間取扱個数が3億個を超えた。路線トラックで三番手に甘んじた会社が、個人向け宅配という市場の創出者へ立ち位置を変えた。法人の大口を諦めて個人の小口に賭けた判断が、日本の物流業界の勢力図を塗り替えた。新規路線の認可を勝ち取るごとに荷物の密度が高まり、密度の上昇がさらに採算性を押し上げる。小倉が狙った好循環は、免許行政との粘り強い交渉のうえに初めて成り立つ仕組みでもあった。

1987年に日経ビジネスはヤマト運輸を「物流革命の旗手」（日経ビジネス 1987/11/9）と呼び、「宅配便市場で快走してきたヤマト運輸の秘密は、利益の確保を二の次に、あくまでも顧客の利便性を追求してきたからだ」（日経ビジネス 1987/11/9）と述べた。1996年、日本初の低温管理宅配サービス「クール宅急便」を開始した。同時に年末年始営業を導入し、365日体制へ移行した。温度管理輸送の導入は宅急便を単なる荷物配送から食品流通のインフラへ広げ、生鮮食品のギフト配送や産地直送ビジネスの基盤となった。2003年には小笠原諸島へのサービス開始で宅急便の全国ネットワークが完成し、同年にはクロネコメール便の全国展開も始まった。宅急便は個人の荷物市場から食品やメール便の領域へ用途を広げ、同社の物流インフラとしての性格を強めた。

グループ再編も並行した。ヤマトロジスティクスやヤマトグローバルフレイトなどの機能別子会社を整備し、デリバリー事業以外の物流領域へ展開を広げた。2005年11月に純粋持株会社制へ移行してヤマトホールディングスへ商号変更し、BIZ-ロジ事業、e-ビジネス事業、フィナンシャル事業などを含む6事業セグメント体制を整えた。同年7月の日経MJは創業者の死去を「小倉昌男氏が創った『宅急便』はセブン―イレブン・ジャパンのコンビニエンスストアと並び、戦後日本が生み出した消費者向け流通サービス業の金字塔といえよう」（日経MJ 2005/7/4）と伝えた。宅急便の発明から30年で、大和運輸は路線トラック会社から総合物流グループへ転じ、個人向け宅配市場の創出者という自己像を企業構造そのものに焼き付けた。

2000年代に入り、EC市場の拡大が宅急便の取扱個数を押し上げた。2013年9月に総合物流ターミナル「羽田クロノゲート」を竣工し、国際物流や医療・精密機器の付加価値サービスの拠点として、宅急便以外の領域の成長を見据えた。しかしセグメント別に見ると、2014年3月期のデリバリー事業の営業収益は1兆1588億円で全体の84%を占め、宅急便依存の収益構造に大きな変化は見られなかった。個人向け宅配の創出者という立ち位置は、そのまま依存の深さとして企業のなかに残った。新しい成長領域への布石は打ちつつも、稼ぎ頭は依然として宅急便だった。EC事業者の伸長は宅配便事業にとって新規顧客の拡大に見えたが、配送単価の下方圧力と現場負荷の増大という裏面を同時に抱え込む構造変化でもあった。

EC荷物はサイズが小さく単価が低い一方、再配達や時間指定配達による現場の負荷が増した。取扱個数が増えるほどドライバーの労働時間が膨らみ、外注費も上昇する構造を抱えていた。2007年3月期にも連結純損失239億円と上場以来初の最終赤字を計上し、荷物を増やしてもコストが利益を食い潰すリスクは以前から同社のなかに内在していた。大口のEC事業者は「送料無料」を消費者に訴求する一方で、配送原価の圧縮を宅配会社側に強く求めるため、個数の増加と単価の下落が同時に進む構造が固定化した。配送原価が下がるほどドライバーの労務負荷は高まるという矛盾は、経営の中心課題となった。

2017年3月期、経常利益は前期の694億円から348億円へ半減した。ドライバーへの未払残業問題が社会問題化し、「宅配クライシス」と呼ばれる状況が表面化した。ヤマトは荷物の総量規制を打ち出すとともに、2017年10月に宅急便運賃の27年ぶりの全面値上げに踏み切った。佐川急便や日本郵便も追随して値上げし、宅配業界全体の価格体系が書き換わった。個人向けの小口宅配市場を創り出した張本人が、その市場を今度は自ら絞り込む側に回った瞬間でもあった。値上げと総量規制は、需要の制御という未経験の経営課題を同社に突きつけた。社会問題化した未払残業の発覚は、稼ぎ頭である宅急便の現場労務が長年の個数拡大を下支えした構造を、外部の視線にさらして表に出す結果にもなった。

2018年3月期の営業収益は1兆5388億円まで拡大したが、デリバリー事業の営業利益は67億円にとどまり、収益回復は限定的だった。値上げで平均単価は改善したが、大口EC事業者との個別交渉には時間を要し、人件費や外注費の上昇を吸収しきれなかった。Amazonを筆頭にEC事業者が自前の配送網構築を加速したことも、ヤマトにとっての構造的な環境変化となった。山内雅喜社長のもとで始まったネットワーク効率化の取り組みは、目先の収益改善にとどまらず、次の経営体制へ持ち越される中期課題となった。宅配クライシスは収束したが、構造問題の本体は残った。値上げによって取引を失った大口荷主を他社が拾う場面もあり、27年ぶりの価格改定は業界内の荷主分配を書き直した。

2019年4月、長尾裕が社長に就任した。長尾は「宅急便一本足打法から脱却、法人も輸送も明確に成長させる」（東洋経済オンライン 2025/6/20）と述べ、グループ経営体制の再編に着手した。2021年4月には、ヤマトロジスティクスやヤマトフィナンシャルを含むグループ7社をヤマト運輸に吸収合併し、「One ヤマト」と呼ぶ新たな体制を整えた。2005年の持株会社移行から16年で、分散させた機能子会社を再びヤマト運輸へ集約する判断であり、組織の重心を宅急便という現場の力へ引き戻す動きでもあった。機能別の最適化よりも全体の統合を優先した構造である。法人顧客に対しても、窓口を一つにまとめる狙いがあった。

中期経営計画「One ヤマト 2023」では、法人顧客のサプライチェーン全体に「End to End」で価値を提供する基盤づくりを掲げた。アカウントマネジメント体制を全国へ展開し、コントラクト・ロジスティクスやフォワーディングなど宅急便以外のサービスで法人収益を拡大する方針を示した。コロナ禍にあたる2021年3月期は巣ごもり需要でEC荷物が伸び、営業収益1兆6958億円、経常利益940億円と過去最高水準に届いた。個人向け宅配への依存の深さが、巣ごもり期にはむしろ追い風として作用した。ただし、この好業績は需要急増という外部要因に支えられた面もあり、宅急便依存を是正するための法人向けサービス拡張という中期構想そのものは、数字の良さに一時的に霞まされつつも変わらず残り続けた。

2023年6月、ヤマトHDと日本郵政は持続可能な物流サービスの推進に向けた基本合意を締結した。同年10月にはネコポスの後継として「クロネコゆうパケット」のサービスを開始し、2024年1月にクロネコDM便を廃止、続く2月に「クロネコゆうメール」を立ち上げた。投函サービスの配送業務を全面的に日本郵便のネットワークへ委ねる、事業の受け渡しに近い構造転換である。ヤマトと日本郵便はかつてメール便の信書該当性をめぐり司法の場で対立した経緯があり、その最大の競合相手が今度は協業のパートナーへ立場を転じた。業界の常識を塗り替える握手であり、投函サービスに要する人員と車両の負荷を日本郵便側に移す決断でもあった。

こうした転換の背景には、いわゆる物流2024年問題がある。2024年4月からトラックドライバーの時間外労働上限が年960時間に規制され、自社ネットワークだけですべての荷物を運ぶ前提は構造的に崩れた。ヤマトは投函サービスの配送を日本郵便に委ねる一方で、自社の経営資源をラストマイル集配拠点の集約と、法人向けサービスの拡充のほうへ寄せる戦略を採った。個人向け宅配市場を創り出した当事者が、自らのネットワークを選別して残す側へと立ち位置を変えた判断である。全量を担う配送会社から、選択的な担い手へ。物流の量的な拡大から、機能の絞り込みへ経営の方向が切り替わった。