1899年8月、森永太一郎氏は東京・赤坂溜池の二坪の作業場で「森永西洋菓子製造所」を個人創業した。森永太一郎氏は1888年に渡米し、サンフランシスコのオークランドで洋菓子製造を11年にわたり学び、マシュマロ・キャラメル・ビスケットの量産技術を体得して帰国した直後の出発だった。当時の日本で洋菓子は外国人居留地や高級ホテル向けの輸入品が中心で、量産する作り手はほとんどおらず、国産化の余地は事業機会として広く残されていた。創業期の主力商品は手作りのエンゼルマーク入りマシュマロで、明治屋・新橋亭などの洋酒輸入商を経由して上流階級向けに流通した。

森永西洋菓子製造所が他の和菓子業者と一線を画した点は、原料配合と機械化を米国式の標準工程に乗せて再現した点にあった。森永太一郎氏は1905年にチョコレート・キャラメルの本格生産を開始し、1910年2月には資本金30万円で株式会社森永商店として法人化、1912年11月に森永製菓株式会社へ改称した。商号変更と同時期の1914年にはミルクキャラメルを「滋養豊富、風味絶佳」のキャッチコピーで発売し、ポケット型黄色紙箱に入れた20粒10銭の小売パッケージで全国の駄菓子屋・百貨店ルートへの流通を確立した。米国で身につけた洋菓子量産技術を国産化する装置として、創業期の森永製菓は出発した。

工業化の進展と都市中産階級の勃興により、洋菓子の需要は1910年代後半から1920年代にかけて急拡大した。1920年7月の日本煉乳合併で三島工場を承継し、1921年3月に塚口工場、1925年6月に鶴見工場を新設して西日本・関東圏での生産体制を整えた。1923年3月には自社品販売会社の森永製品販売を設立し（以降全国各地で同名の販売会社を順次設立）、同年4月には丸の内ビルディングに森永キャンデーストアを開店、菓子の小売と外食を結びつけた直営店モデルも試みた。創業から20年で原料調達・工場分散・自社販売網・直営小売という洋菓子量産業の基本装置を一通り揃えた同社は、戦前期の国内洋菓子市場で明治製菓と並ぶ二大ブランドの地位を確立した。

1937年の日中戦争開戦以降、政府は砂糖・カカオ・乳製品の輸入を統制し、菓子製造各社の原料配給を国の管理下に置いた。砂糖の配給量が戦前比の半分以下まで縮小する1940年代前半、森永製菓を含む主要製菓会社は嗜好品から食料品への業態転換を政府の指導で進めた。1942年10月、政府の食料供給合理化方針のもとで森永乳業・森永食品工業（これにより中京工場を承継）・東海製菓（これにより小山工場を承継）・森永関西牛乳の四社を吸収合併し、1943年11月には「森永食糧工業株式会社」と商号を強制改称した。菓子製造業者から軍需食料品供給業者への組み替えが、社名のレベルで完了した瞬間だった。

戦時統制期の同社は乾パン・粉乳・栄養菓子といった軍向け食料品の供給に生産能力の大半を振り向け、戦前に築いた洋菓子ブランド群はほぼ全面的に休止状態に置かれた。創業者の森永太一郎氏は1937年に死去しており、戦時下の経営は二代目の松崎半三郎氏ら森永乳業創業期から関与した経営陣が継いだ。1945年8月の終戦時、空襲で塚口工場・鶴見工場の主要設備は損傷し、原材料の備蓄もほぼ枯渇した状態だった。戦前の洋菓子量産事業者としての森永製菓は、戦時統制と空襲被害でほぼ解体された状態で戦後を迎えた。

戦後の食料事情はさらに逼迫し、1947年5月には久留米工場を新設して醸造業を併営するなど、菓子製造から離れた多角化で当面の事業継続を図った。1948年から1949年にかけてGHQの財閥解体方針と過度経済力集中排除法の対象選定を受け、戦時合併した子会社群の再分離が経営課題に浮上した。1899年の個人創業から半世紀、米国で身につけた洋菓子量産技術を国産化する装置として出発した同社は、戦時統制で社名と事業領域を強制的に書き換えられ、創業者・森永太一郎氏の世代が手放した会社を、戦後復興期の経営陣が再起動する局面へと移った。