2020年初頭のコロナ禍で、東海道新幹線の旅客需要は急減した。2021年3月期の連結営業収益は8235億円と前年比55%減。運輸業は営業損失1833億円を計上し、当期純損失は2015億円に達した。1987年の発足以来初の赤字となり、首都圏と関西圏のビジネス需要に偏った単一路線依存の構造的な脆さが、誰の目にも明らかな形で顕在化した。翌2022年3月期も純損失519億円が続いたが、2023年3月期に純利益2194億円で黒字転換し、2024年3月期は純利益3844億円、2025年3月期は営業収益1兆8318億円・純利益4584億円と、コロナ前の最高益（FY18の4387億円）を上回った。インバウンド収入はFY23に推計810億円（FY18比186%）に達し、ビジネス需要中心だった収益構造に観光需要が加わった点が回復を後押ししている。

丹羽俊介社長は「コロナ禍が会社を変えた。堅い社風を打破する」（日経ビジネス 2023/12/22）と語り、保守的な企業文化の転換を進めている。ホテル事業では奈良でラグジュアリーホテルの開発に着手し、東海道新幹線からの送客と組み合わせた収益モデルへの転換を示した。鉄道事業の高収益構造に安住せず、関連事業のポートフォリオを観光・宿泊軸へ広げる動きであり、新幹線需要に左右されない収益源を増やす方向性が読み取れる。コロナ禍で痛感した単一路線依存への対応として、関連事業の自立性を高める方針が経営に組み込まれた。インバウンド需要の取り込みと国内ビジネス需要の両面で、収益基盤の幅を広げる姿勢が経営に定着しつつある。

リニア中央新幹線の品川〜名古屋間は、当初2027年の開業を目指していた。しかし南アルプストンネル静岡工区でトンネル掘削工事の着手が見通せず、2024年にJR東海は2027年開業の断念を表明した。総工費は当初の約5.5兆円から11兆円に倍増し、資材価格・労務費の上昇で2.3兆円、難工事対応で1.2兆円の追加が生じた。有利子負債は2025年3月期で4兆3080億円と高水準が続くなか、自己資本は4兆6005億円に達しており、財務の余力は維持されている。鉄道会社が単独で背負う規模としては桁違いの建設費だが、総工費が倍増しても、計画見直しではなく事業継続を選んだ点に、東海道新幹線の収益力に対する経営の自信がうかがえる。

JR東海は、工期延長期間中も東海道新幹線からキャッシュフローが蓄積されるため、財務負荷は軽減方向に働くとの見解を示している。とはいえ、開業時期が不透明なまま数兆円規模の建設投資を継続する状況は異例であり、この間の東海道新幹線の大規模改修（2028年以降の車両・設備更新）との両立が次の経営課題となる。東海道新幹線の収益力がリニアを支え、リニアが完成すれば東海道新幹線の輸送圧力を緩和する。その循環が実現するまでの道筋は、静岡工区の1本のトンネルに左右されている。鉄道事業の利益で次世代鉄道を建設するという独自モデルが成立するかどうかは、向こう10年の進捗で判断されることになる。