1961年1月、伊藤忠商事と日本鉱業（現ENEOS HD）が岡山県水島に新設した製油所の石油製品を販売する受け皿として、伊藤忠商事の子会社・伊藤忠石油株式会社を分割して伊藤忠燃料株式会社が設立された。資本金は6千万円で、出発点から伊藤忠商事の販売子会社という性格を持って事業を開始した。当時の日本では1950年代後半から鉱業会社が相次いで太平洋岸の臨海部に製油所を建設し、各社系列の販売会社が地域ごとに需要家への配送網を整える業界構造が形成されていた。伊藤忠燃料も同じ枠組みのなかで、伊藤忠グループの石油販売事業の出口を担う位置で営業を開始した。設立から30年余りにわたり、親会社の発注計画が会社の事業規模を規定する関係が続いた。

形式的な設立日は1948年4月19日にさかのぼり、当初の社名は中峯化学工業株式会社という休眠会社だった。1976年11月に商号を伊藤忠燃料へ変更し、1977年4月に株式額面変更を目的として伊藤忠燃料（旧法人）を吸収合併する形で組織を整えた。複雑な合併経緯は当時の上場準備に伴うもので、1978年2月の大阪・東京両証券取引所第2部上場、1979年9月の同1部指定替えという段取りで、伊藤忠グループの石油販売子会社として株式市場に登場した。1983年6月には本店所在地を大阪から東京へ移し、首都圏中心の事業運営に切り替えた。上場と本店移転で会社の体裁が整っても、伊藤忠商事の出資比率は過半を超える水準を維持し、親会社からの仕入れと販売委託に依拠する事業構造は変わらないままだった。

1960年代後半から1970年代にかけて、伊藤忠燃料は液化石油ガス（LPG）の地域販売子会社を全国に取り込んでいった。1965年に大分九石販売（現・九州エナジー）の株式取得、1967年に備後忠燃株式会社の設立、1968年に埼玉忠燃株式会社の設立、1969年に三重忠燃株式会社の設立を経て、本州・九州の各エリアに地場のLPG販売会社を子会社として配置した。1970年3月には宇島酸水素株式会社（現・伊藤忠工業ガス）の株式取得で工業用ガス分野にも参入し、家庭用LPG・産業用ガスの双方を扱う体制を整えた。当時の日本のLPG市場は地域ごとに小規模な販売店が乱立する構造で、商社系の伊藤忠燃料はそれらを系列に取り込みながら全国網を組み立てた。

1990年7月、伊藤忠燃料は伊藤忠商事の石油内販子会社・伊藤忠オイル株式会社の営業権と従業員を承継した。親会社が持っていた国内向け石油販売機能を子会社の伊藤忠燃料に集約する組織再編で、これにより伊藤忠グループ全体の国内石油販売はすべて伊藤忠燃料の窓口に一本化された。1997年10月には会社更生手続き中だった石油卸の株式会社東海の株式を取得し、1998年4月にはチコマート事業（タイヤ・カー用品の小売）を分社して株式会社チコマートを設立した。1999年3月の伊藤忠石油販売の株式追加取得、2000年4月の西武石油商事の吸収合併と続き、1990年代を通じて石油販売の周辺事業を取り込むM&Aを継続した。だが連結売上高は数千億円規模で、伊藤忠グループ内における位置づけは「親会社の販売子会社」のままで動かなかった。

1990年代後半、親会社の伊藤忠商事は不動産関連投資のバブル崩壊で1998年3月期に有利子負債5.2兆円を抱える経営危機に直面し、1998年4月に丹羽宇一郎社長の下で2000年3月期の特別損失3,950億円の一括処理という財務再建に踏み込んだ。親会社の再建過程で、伊藤忠商事は非中核事業の整理と子会社の収益体質改善を求めた。伊藤忠燃料も2001年3月に大分県中津市のガス事業を承継して都市ガス事業に参入し、同月に伊藤忠ホームライフ中国ガス（現・伊藤忠エネクスホームライフ中国）を伊藤忠燃料山口ガスと合併させ、地域子会社の整理統合を実施した。2001年11月には1998年4月に分社したチコマートの株式を売却し、収益性の低い周辺事業を切り離した。親会社が抱える有利子負債と特別損失の規模に比べれば伊藤忠燃料の事業整理は小規模だったが、グループ全体の事業選別の流れが子会社にも波及した。

伊藤忠燃料の経営は1990年代を通じて、地域LPG子会社のM&Aと並行して都市ガス・自動車用品といった周辺事業への参入を試みたが、収益基盤の中心はあくまで石油製品とLPGの卸売に置かれた。1996年2月の本店の目黒区目黒一丁目への移転、2000年10月の株式会社東海の更生手続き終結など、組織と保有資産の整理は続いたが、伊藤忠商事系石油販売の中核子会社という位置づけ自体は40年にわたり変わらなかった。2001年7月、創立40周年を機に伊藤忠燃料は会社の性格を組み替える社名変更を実施し、2000年代の事業構造転換に踏み込んだ。

2001年7月、伊藤忠燃料は社名を伊藤忠エネクス株式会社に変更し、同時に連結子会社18社の社名も「伊藤忠エネクス〜」「エネクス〜」に統一した。「ENEX」の「E」はエネルギー・エンドコンシューマー・エコロジーを、「NEX」は次代を表す造語で、燃料商社からエネルギー商社への性格転換を宣言する社名変更だった（沿革 - 伊藤忠エネクス公式）。同年2月にはシナネン株式会社（現・シナネンホールディングス）の株式追加取得、2002年2月にも追加取得を実施し、関連会社との資本関係を強化した。2004年4月には旧来の支社制度を廃止して事業本部制度を導入し、地域別組織から商品別組織への再編を行った。商品別組織は石油・LPG・産業用エネルギー・カーライフという商品軸での損益管理を可能にし、各事業の収益性を独立に評価する体制が整った。

事業本部制度の導入は親会社の伊藤忠商事が1990年代後半から実施した「ディビジョンカンパニー制」を子会社にも適用したもので、伊藤忠エネクスは石油卸の中で最も早期にこの体制を採用した会社のひとつだった。社名変更と組織再編が同時並行で進んだ2001年から2004年にかけての3年間は、伊藤忠燃料時代の地域子会社網を商品別事業本部の傘下に再配置する作業に費やされた。たとえば家庭用LPGの地域販売子会社群は2001年に「伊藤忠エネクスホームライフ〜」のブランド名で統一され、産業用LPG・工業ガスは伊藤忠工業ガスの傘下に整理された。伊藤忠商事の販売子会社という出自を維持しながら、伊藤忠エネクス独自の商品別収益管理を始めたのが、この時期の特徴である。

2005年5月のタキガワエネクス（現・伊藤忠エネクスホームライフ西日本）による瀧川産業株式会社からの事業譲受、2005年7月の小倉興産自動車整備（現・エネクスフリート）の株式取得、2007年4月の伊藤忠商事から株式会社目黒エネルギー販売（現・エネクスフリート）の株式取得と、2005年から2007年にかけてLPG販売とカーサービスの両領域でM&Aが連続した。2008年9月には港南株式会社からの石油販売事業承継とコーナンフリート株式会社の追加取得、同月の伊藤忠商事と伊藤忠ペトロリアムからの石油製品トレード事業・石油製品ロジスティックス事業の会社分割による承継があり、2008年下期だけで石油流通の主要機能が伊藤忠商事から伊藤忠エネクスへ移管された。親会社が抱える石油関連事業を子会社の伊藤忠エネクスに集約する流れで、2010年3月期の連結売上高は1兆838億円と1兆円を超える規模に達した。

2011年2月、伊藤忠エネクスはアイピー・パワーシステムズ株式会社へ出資して電力小売事業に参入し、同年3月にはJENホールディングス株式会社（現・エネクス電力）を取得して工場向けの電熱供給事業へも参入した。2011年4月にはコーナンフリートをエネクスフリート株式会社に社名変更し、車両向け燃料の専門子会社として再編した。電力小売事業への参入は2016年の電力全面自由化の5年前で、商社系エネルギー卸として早期に新市場に布石を打った動きだった。2012年5月の東京都市サービス株式会社の取得で熱供給事業にも参入し、伊藤忠燃料時代の石油・LPG中心の事業構成から、電力・熱・産業用ガスを含むエネルギー全般へ事業領域を広げた。

2014年3月期から伊藤忠エネクスは国際会計基準（IFRS）を任意適用し、連結財務諸表をIFRSベースで開示した。JGAAP基準では2014年3月期の売上高が1兆5066億円と過去最高だったが、IFRS基準では同期の売上収益が9,660億円となり、約6,000億円の差が会計基準の違いによるものだった。IFRSでは商社の代理人取引（顧客に商品を販売するが在庫リスクを負わない取引）が総額表示でなく純額表示となるため、見かけの売上が圧縮される一方、利益指標は変わらない。2015年3月期の売上収益9,368億円・税引前利益121億円・親会社所有者帰属利益55億円というIFRS数字は、商社の物量よりも実質的な利益貢献を示す指標だった。この会計基準変更により、伊藤忠エネクスの収益体質が「売上1兆円超の卸売会社」から「利益100億円規模のエネルギー商社」へと外部評価の軸が移った。

2012年3月期（IFRS）親会社所有者帰属利益39億円から2025年3月期171億円への13年間で純利益は4.4倍に拡大し、自己資本利益率も2021年3月期9.20%から2025年3月期10.22%へと一桁台から二桁台前半に到達した。同じ期間に連結売上収益はおおむね7,000億〜1兆円の幅で推移し、量の拡大ではなく利益率の改善が会社の成長を支える構造に転換した。販売・一般管理費の絶対額は2018年3月期の709億円から2025年3月期の706億円とほぼ横ばいで、固定費を抑えながら売上総利益を891億円から944億円へ伸ばす方針が利益拡大の中心施策となった。伊藤忠商事系子会社としての販売委託型の事業構造から、自前の収益源を積み上げる事業会社への変質が、IFRS数字によって外部投資家にも明らかになった。

2014年5月、伊藤忠エネクスは大阪カーライフグループ株式会社の発行済株式の51.95%を約60億円で取得し、日産自動車系列ディーラーの中で全国最大級・大阪府下唯一のディーラーである日産大阪販売を傘下に収めた。それまでのカーライフ事業は系列CS（カーライフ・ステーション、複合サービス給油所）でガソリン・軽油を販売する燃料卸が中心だったが、自動車ディーラー事業の取得で、車を売る段階から燃料・整備・買い替えまでの一連のサービスをグループ内で完結させる事業構造が初めて成立した。大阪府と兵庫県内で大阪カーライフが持つ107店舗と自社系列の約150店のSSを連携させ、車購入顧客にガソリン値引きや洗車サービスを提供する施策が始動した。

2018年4月、伊藤忠エネクスは事業セグメントを4部門制（カーライフ・ホームライフ・産業ビジネス・電力ユーティリティ）に再編し、従来の「モビリティライフ事業」を「カーライフ事業」に改称してディーラーを含む自動車関連事業の中核セグメントに位置づけた。2019年3月期のカーライフ事業セグメント売上は6,243億円で全社売上1兆71億円の62%を占め、燃料卸と自動車販売を統合した中核セグメントとして全社収益を牽引する役回りを担った。2017年1月にはマイオーラ・アセットマネジメント（現・エネクス・アセットマネジメント）の株式取得で再生可能エネルギー発電所のアセット運用事業にも参入し、2019年2月にはエネクス・インフラ投資法人が東京証券取引所のインフラファンド市場に上場した。電力・ユーティリティ事業の運用資産化と並行して、カーライフ事業では自動車ディーラー網の拡充を進めた。

2024年5月、伊藤忠エネクスは伊藤忠商事と再生ファンドのジェイ・ウィル・パートナーズとの3社共同出資で株式会社WECARSの株式を取得し、保険金不正請求事件で経営危機に陥った株式会社ビッグモーターの全国約250店舗の中古車販売事業を会社分割の手法で承継した。買収額は伊藤忠グループとジェイ・ウィル・パートナーズ合わせて約400億円で、伊藤忠グループは約50人の社長・幹部を送り込み、2、3年後の黒字化と100%子会社化を目指す体制を組んだ。

吉田朋史代表取締役社長CEOは決算説明会で、WECARSが保有する全国約250店舗の中古車在庫と、自社グループ1,566カ所のCSとを連携させ、販売店と組み合わせた事業展開の可能性を提示した。WECARS買収の前段として、2023年8月には株式会社ナルネットコミュニケーションズ（リース車両等のメンテナンス受託管理）を持分法適用会社のMobility & Maintenance Japan株式会社を通じて取得し、自動車アフターマーケット領域への投資を進めていた。大阪カーライフ買収から10年を経て、伊藤忠エネクスは自動車燃料の卸売・系列SS運営・自動車ディーラー・整備・中古車販売・アフターマーケットという自動車関連バリューチェーンの主要工程を一通り押さえる事業構造を完成させた。

2023年5月、伊藤忠エネクスは2030年度を最終年度とする中期経営計画「ENEX2030」を策定し、当期純利益200億円以上・実質営業キャッシュフロー450億円・ROE9.0%以上・新規戦略投資累計2,100億円を財務目標に掲げた。2025年4月に発表した「ENEX2030 '25-'26」では2026年度までの2年間で新規戦略投資500億円を計画し、その投資額の大半をカーライフ事業に振り向ける方針を示した。「累進配当」と「連結配当性向40%以上を強く意識」という株主還元方針も継続し、減益計画下でも還元方針を据え置く姿勢を示した。2025年3月期の親会社所有者帰属利益171億円は2030年度目標200億円までの達成残8割超を意味し、計画の射程内に収まる水準に到達した。

伊藤忠エネクスの4部門ポートフォリオ運営は、カーライフ事業の比重が高い一方で、ホームライフ事業（家庭用LPG・電力・住設機器）が安定収益、産業ビジネス事業（産業用LPG・船舶燃料・アスファルト）が国策補助金を含む基幹卸、電力・ユーティリティ事業（電力小売・再エネ発電・熱供給）が脱炭素対応の成長領域、という役割分担で構成される。2025年3月期のカーライフ事業セグメント売上は6,300億円で全社売上9,245億円の68%を占め、当初の燃料卸から派生した自動車事業全般の比重が事業ポートフォリオ全体を支配する構造に到達した。同事業のセグメント営業利益は115億円で、全社営業利益269億円の43%を稼いだ。

2025年3月末時点の親会社・伊藤忠商事の出資比率は55.62%で、設立以来の親子関係は維持しつつ、伊藤忠エネクスの自己資本利益率は2025年3月期10.22%と親会社の連結ROEに匹敵する水準に達した。商社系子会社としての販売委託型から脱却し、自前の事業会社として親会社に並ぶ収益体質を確立する歩みが、創業から65年で一つの到達点に達した。設立時に水島製油所の販売受け皿だった会社は、自動車関連バリューチェーンの統合事業者・脱炭素対応のエネルギー商社・国内LPG業界の有力プレイヤーという3つの顔を持つ事業会社に組み変わり、伊藤忠商事の戦略子会社としての位置づけと独立した事業会社としての性格の両立が、ENEX2030の達成過程の主軸となる。