1875年、京都市木屋町二条で初代・島津源蔵が理化学器械の製造業を始め、創業期の事業領域を確立した。1917年9月の株式会社化、1919年10月の三条工場開設で産業機器を加え、1938年4月の京都証券取引所上場・1949年5月の東京証券取引所上場で公開市場入りを果たした。1956年10月の航空機器部門新設で4セグメント体制の基盤を作り、1962年・1963年・1966年・1969年の相次ぐ分社化群（島津金属工業・京都計装・大阪丸十放射線サービス・島津理化器械）で戦後復興期から高度経済成長期にかけてのグループ構造を整備した。

1968年8月の西独SHIMADZU EUROPA設立、1975年7月の米国SHIMADZU SCIENTIFIC INSTRUMENTS設立、1989年6月の英国KRATOS GROUP買収（質量分析器メーカー）、1989年11月のシンガポール拠点設立、1994年8月の中国天津拠点設立と、1960年代後半から1990年代にかけて世界主要地域に直販・サービス拠点を順次配置した。2002年10月、エンジニアの田中耕一氏がマトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）法を質量分析に応用した技術でノーベル化学賞を受賞し、2003年1月に田中耕一記念質量分析研究所を開設してノーベル賞研究の継続体制を確立した。

2022年6月、山本靖則氏が代表取締役社長CEOへ就任した。連結売上は就任年度FY22（2023年3月期）4,822億円・営業利益682億円・親会社株主に帰属する当期純利益520億円から、FY24（2025年3月期）5,390億円・営業利益717億円・純利益537億円へ3期で売上11.8%・営業利益5.1%の成長を維持した。中期経営計画「中計2023〜2025」（2023〜2025年度）の体系下で、4つの社会価値創生領域（ヘルスケア・グリーンエコノミー・マテリアル・インダストリー）を経営方針として明文化し、研究開発費289億円（FY24・前年比+74億円）と特許保有件数の増加を推進している。

2024年4月、California X-ray Imaging Service社の買収を完了した。同社は米国のX線関連サービス会社で、医用機器セグメントの北米市場拡大の足がかりとなる戦略的M&Aである。2022年9月の日水製薬子会社化（現島津ダイアグノスティクス）と合わせて、計測機器セグメントの主軸を維持しつつ医用機器・体外診断薬領域の海外拡大を進める事業構造の調整が継続する。FY24配当は記念配当4円を含む66円で配当性向36.0%、11期連続増配を達成した。創業期の「理化学器械の国産化」という150年前の問題意識を、世界規模の分析機器メーカーとして翻訳し直す経営フェーズに、山本社長体制は入っている。