1976年12月、薬剤師の杉浦広一氏とその妻・昭子氏が愛知県西尾市でスギ薬局を創業した。1982年3月に株式会社化、東海3県を中心とした小商圏ドミナント出店を1980〜90年代に進め、2000年6月にナスダック・ジャパン市場、2001年8月に東証一部・名証一部へ上場した。2007年3月の株式会社ジャパン買収（関東進出）、2008年9月の持株会社体制移行（商号をスギホールディングスへ変更）、2009年の創業者の代表取締役会長兼CEO就任を経て、創業者期の東海ドミナント戦略と関東拡張・調剤併設の3本柱が確立した。

2021年5月、創業者・杉浦広一氏の長男・杉浦克典氏が代表取締役副社長から代表取締役社長へ昇格した。創業者から二代目への直接承継ではなく、非同族の生え抜き役員3名（米田幸正氏・桝田直氏・榊原栄一氏）に13年間社長を預けたのちの慎重な中継ぎ型の承継であり、ドラッグストア業界の同族企業のなかでも慎重な部類に属する。連結売上はFY20（2021年2月期）6,028億円・営業利益340億円・親会社株主に帰属する当期純利益211億円から、FY24（2025年2月期）8,780億円・営業利益426億円・純利益257億円へ4期で45.6%拡大した。

2024年9月、北陸地方を地盤とする調剤薬局チェーンのI&H株式会社の株式を取得し子会社化、2025年2月に完全子会社化を完遂した。I&H社買収は、2007年のジャパン買収（関東進出）以来17年ぶりの大型M&Aであり、調剤事業の拠点拡大という観点では最大規模の取引である。FY24の連結売上の急伸（前期比+18.0%増）は、I&H社の連結寄与とコロナ後の調剤併設率向上効果が二段重ねで現れた結果である。同時に出店は計20店舗で、M&Aと既存店舗網拡大の併走で店舗網を急速に拡張した。

2023年以降、事業領域拡張のM&Aと業務提携が加速した。2023年7月の日本ホスピスHDとの資本業務提携契約、同月のマレーシアALPRO ALLIANCE社との合弁会社ALPRO SUGI VENTURE設立、同年12月の薬日本堂（漢方）買収、2024年9月のI&H買収と、ドラッグストア・調剤・介護・在宅医療・漢方・ホスピスを1社で抱える地域包括ケア構想の具体化が同時進行する。連結従業員数はFY20（2021年2月期）6,710名からFY24（2025年2月期）11,820名へ76.1%増加し、平均勤続年数はFY22（2023年2月期）15.5年からFY23（2024年2月期）7.1年へ希釈化した。M&A後の人材定着と組織統合は、創業者期に培われた「薬剤師の専門性を活かした地域密着」の伝統を、I&H統合後の連結規模でどう維持するかという経営課題として、二代目・杉浦克典体制の次の問いになっている。