2024年4月、ENEOSはグループ運営体制を変更し、ENEOSの電気・都市ガス事業をENEOS Powerに、機能材事業をENEOSマテリアルに、再生可能エネルギー事業をジャパン・リニューアブル・エナジーから商号変更したENEOSリニューアブル・エナジーに集約し分社化した。事業特性に応じた自律型経営への転換を狙い、セグメント区分も旧エネルギー事業を「石油製品ほか」「機能材」「電気」「再生可能エネルギー」に分割再編し、それぞれの収益構造とリスク特性に応じた経営管理の姿勢を示した。2025年1月にはJX石油開発がENEOS Xploraへ商号変更され、2025年3月にはJX金属が東証プライム市場に新規上場し、保有株式の一部売出しによって子会社から持分法適用会社へ移行した。1905年12月の赤沢銅山買収から連なる石油と非鉄の同一グループ体制に、120年越しの節目が付いた。

2024年12月には齊藤猛社長が不祥事により解任され、エネルギー業界最大手のガバナンス問題として業界内外で注目を集め、ENEOSグループ全体のガバナンス体制が問い直された。2025年3月に宮田知秀が新代表取締役社長CEOに就任し、就任メッセージで「2040年までにエネルギー供給あたりのCO₂排出量を半減させることを目標に、化石燃料からのエネルギートランジションに取り組んでいます」（ENEOSホールディングス公式社長メッセージ 2025）と語り、脱炭素を経営の中心に据えた新体制を発足させた。2025年3月期の連結売上収益は12兆3,224億円、営業利益1,060億円、親会社帰属当期利益2,260億円で、JX金属の持分法移行に伴う会計上の連結利益縮小と金属事業の非継続事業分類の影響が現れた決算となった。

2025年度から始動した第4次中期経営計画は、ROIC改善・ガバナンス強化を中核に据え、グループ会社の組織体制再構築・グループ内事業再編・AI活用推進を三本柱とする方針を打ち出している。キャッシュ・アロケーションは設備投資1兆5,600億円・株主還元4,100億円を計画し、配当は30円/株を起点とする累進配当方針の下で2025年度34円へ増額決定した。株主還元姿勢を通じて市場との対話を強化する構えを示した。グループ会社は2025年9月末時点で連結対象651社から635社へ削減され、ゼロベースでの再評価と事業ポートフォリオの再構築が続き、筋肉質な経営体質への転換の具体的進捗が決算説明会の場を通じて開示されている。中計初年度の実行力を市場が見極める場面にある。

戦略投資では2025年7月に米Par Pacific・三菱商事とハワイ州Kapolei製油所でのSAF製造販売事業（年間約15万KL、投資額74億円）への参入に合意し、海外バイオ燃料事業を戦略投資の中核に位置付けた。マレーシアSK10鉱区の操業契約延長、インドネシア・タングーLNG拡張開発の最終投資決定、ノルウェー浮体式洋上風力への参画など、既存資源事業の価値最大化と低炭素事業への重心シフトを並行して進めている。これらは脱炭素時代の収益源多様化に向けた動きであり、一連の戦略投資を具体化する実行期に入った。2027年度定修除き稼働率90%を目指す製油所改革と、マネジメント・アロケーション5,000億円〜1兆円枠の戦略投資実行が、新体制下での当面の注目点となっている。