株式会社ビープレゼント(2003年4月にブックオフメディアに商号変更)を設立し、TSUTAYAのFC加盟店ビジネス(レンタルビデオ事業)を開始。ただし競争激化のため2015年に譲渡により撤退
2007年に週刊誌の報道でブックオフにおけるリベート問題と粉飾決算が露呈。リベート問題は7億円の不透明な取引の存在であり、粉飾決算は売上高を22.7億円水増しした疑いであった。
これらの責任を取り、創業者の坂本氏は責任をとってブックオフの取締役会長を退任した。また、退任後に坂本孝氏はブックオフコーポレーションに対して7.4億円を支払い、同社は解決金収入として計上。創業者と会社における調停が成立した。
なお、解決金の支払いに先立って、坂本氏はブックオフの株式を売却。坂本氏はブックオフの大株主でもなくなった。その後、2012年に坂本氏は「株式会社俺の」を設立して外食産業（俺のフレンチなどを展開）に参入するなど、事業家としての人生をまっとうした。坂本氏は2022年に81歳にて逝去している。
ヤフーがブックオフの株式13%を取得。ネットでの連携を目指すが、2018年に資本提携を解消。ブックオフが23億円でヤフーから株式を買い戻した
2016年にブックオフコーポレーションは5.3億円の営業赤字に転落。メルカリなどのスマホを主戦場とするライバル企業の台頭により、ブックオフを取り巻く競争環境が激化した。