1941年7月、三井不動産株式会社は三井物産から不動産部門の分離継承を受けて設立された。前年1940年8月に三井物産は1909年設立の三井合名会社を吸収合併しており、そこに含まれていた不動産資産を、管理と運用に専念する独立事業体として切り出すための新会社だった。資本金は300万円、株主は三井11家の全額出資という閉じた設計で、設立当初は社長を置かず、三井総元方の常務理事であった小池正晃が会長に就いた。株式公開を前提とせず、三井家の内部のみで意思決定を完結させる同族会社の体裁は、戦時下の設立時にはそのまま新会社にも引き継がれた。設立から終戦までの4年間は、戦時統制と物資不足のなかで、賃貸ビル運営の現状維持に手一杯となる出発点でもあった。

継承した対象不動産は、三井本館を中心とする東京・大阪の三井ビル群と、その他全国に広がる約59万4,000平方メートルの土地である。事業の中身は、三井家ゆかりの不動産の管理と運営そのものだった。元をたどれば1914年8月に三井合名会社内の部署として発足した「不動産課」の機能が、戦時下の経済体制再編のなかで、独立した会社としての体裁をようやく整えたとも言い換えられる。戦時経済下の1941年という設立時期は、物資不足・建物疎開・空襲による焼失、終戦後の財閥解体という一連の混乱と不可分で、新会社は発足早々から根幹を揺さぶられた。三井家の同族支配を前提に組成された会社が、同族支配が許されない戦後社会へ放り出される運命は、設立の瞬間から既に組み込まれていた。

1945年8月の終戦後、GHQが進めた財閥解体政策により、三井11家はそれまで共有していた全株式の所有を禁止された。保有株式は一般市場に放出されて公開され、1949年5月に東京証券取引所、同年6月に大阪証券取引所、翌1950年4月には札幌証券取引所へとあいついで上場した。さらに1954年12月には新潟証券取引所にも上場している。三井家の閉じた管理会社から、株主に開かれた事業会社への転換は、自発的な経営判断ではなく占領政策が制度面から強制した結果である。同社のその後の事業展開は、この強制的な転換を前提に組み立てられた。三井家の意向に縛られない判断の自由度を、結果として一段広げる土台にもなった。

占領軍の進駐により、三井本館の一部や網町分館などの中核資産は1952年まで接収され、事業活動は長く制約を受けた。1950年の特需ブーム前後から事務所需要も次第に増え、関西地区の活動拠点として大阪出張所を開設、1952年には三井別館を新築するなど、経営は一応の回復軌道に戻った。停滞を抜け出す決定的な転機は、1956年10月に清算中だった株式会社三井本社を吸収合併したときに訪れる。これにより三井不動産は三井の本格的な血脈と中核資産を受け継ぐ立場となり、東京日本橋と大阪中之島を中心とする約10万平方メートルのビル賃貸を行う事業会社としての基盤を整えた。ただし運用・販売できる不動産の所有量そのものは乏しく、「全く新しい分野の開拓」（日本会社史総覧 1995/11/1）に踏み出すことが、次の段階の経営課題として残った。

1955年に江戸英雄が社長に就任した。以降の三井不動産は、ビル賃貸と住宅という二方向で新事業に本格着手した。1957年の千葉県市原地区での埋立事業への進出が、同社の臨海土地造成事業の第一歩となる。社内では「社運を賭けた」（日本会社史総覧 1995/11/1）と語られるほど重い判断で、当時の経営体力からすれば無謀とも映る賭けだった。事業は成功を収め、同じ造成手法はその後、千葉中央地区、大分県鶴崎、岡山県水島へと各地に横展開した。海面を埋め立てて土地そのものを生み出す手法は、所有不動産が乏しいという江戸就任時の制約を、原資ごと作り直す解として働いた。1974年10月には、この事業分野そのものを分社化により三井不動産建設へ継承させ、本体は次の収益軸へ切り替える態勢を整えた。

住宅造成事業へは1961年頃から本格進出した。都市部とその近郊の宅地不足を受け、最初は単純な宅地造成から始めたが、扱う区画は年を追うごとに広がり、やがて街区そのものを面として作るトータルな街づくりを目指す方向へ事業の幅が広がった。ビル賃貸部門も、1960年代の高度経済成長下で旺盛な事務所需要を取り込み続け、1965年上半期のビル保有面積は約38万平方メートルに達した。三井家の不動産管理会社から事業会社への転換は、臨海土地造成・住宅造成・ビル賃貸という三本柱を同時に手に入れた段階で、実質的に完了する。江戸が社長に就いた1955年からこの完了までは10年あまりで、規模を確保した者だけが立地を選べる業態の構造のなかで、同社はようやく選び手の側に回った。

1968年4月、日本初の超高層ビルである霞が関ビルディング（36階）が竣工した。建設の理念と、柔構造理論をはじめとする一連の技術的成果は、その後の超高層ビル時代を支える設計上の土台となり、自社のビル賃貸事業を量と質の両面で一段引き上げた。続く1974年9月には第2の超高層として新宿三井ビルディング（55階）が完成し、同社は霞が関に続いて、新宿副都心の超高層街区にも自社旗艦の旗を立てた。二棟の完成により、同社のビル事業は、都心一等地の超高層を自ら所有し運営する立場にまで到達した。霞が関ビルは延床面積15万3,000平方メートル、新宿三井ビルは18万平方メートル超で、延床ベースでも従来の中層ビル数十棟分に相当する床を、わずか2棟の自社開発で確保した格好となった。

超高層化の本質は、ビルの高さを上げた表層の話にとどまらない。同じ敷地の上で床をどこまで積み上げられるかという、容積率を起点とする事業設計の発想そのものを、業界全体に持ち込む転換だった。霞が関ビルを起点として、三井不動産は都心一等地における高層オフィスビルの主要事業者としての地歩を一段上へ固めた。住宅部門でも1971年に三田綱町で日本初の超高層住宅を手がけており、超高層化の軸は住と商の両面でほぼ同時並行に進んだ。容積率を稼ぐという発想は、以降の同社の都心再開発における共通言語として組織のなかに根づく。賃料単価×床面積で収益が決まるオフィス事業において、同じ用地でいかに容積を確保するかは、事業企画段階での価値創出そのものであり、後の都心ミクストユース戦略の前提にもなった。

1968年、川崎市の百合ヶ丘ガーデンマンションを皮切りに、同社は中高層住宅の分譲事業へも本格進出した。1971年には戸建事業の領域にも乗り出し、埼玉県上尾市の郊外に730戸規模の住宅団地を建設した。当時は量的な住宅不足が続いた時代で、他業種からの住宅産業への新規参入も相次ぐ競争環境にあった。こうした条件のなか、三井不動産は供給力の拡大だけでなく販売体制の強化も急ぎ、1969年7月に三井不動産販売株式会社を設立した。続けて1970年に朝日土地興業、1973年に新名古屋ビルの2社を順に合併し、販売網と商圏を一挙に広げた。デベロッパーが販売子会社を内製化し、地域系の販売会社を吸収する流れは、住宅分譲を量と単価の両面で自社制御する基盤づくりに直結した。

1974年10月には、ツーバイフォー工法住宅の開発・販売を担う三井ホームと、臨海土地造成を担う三井不動産建設の2社を設立した。これにより、土地造成を三井不動産建設、マンション・戸建販売を三井不動産販売、戸建建築を三井ホーム、ビル開発を本体が担う、機能分離型の総合デベロッパー体制が整う。その後2002年に三井不動産建設を売却し、同年に三井不動産販売を完全子会社化、2018年には三井ホームも完全子会社化した。機能の分社化と親会社化を行き来しながら、グループ全体の体制は長い時間をかけて再編された。一度は外部資本も入れて分社した機能を、最終的に本体側へ取り込み直す動きは、機能ごとの収益責任をしつつ、最終的にはグループ連結ベースで都心開発の主導権を握る経営判断の表れでもあった。

1979年の第二次石油危機を経て、日本経済の景気は鈍化した。企業側の高蓄経営への転換もあいまって、賃貸ビル市場は長い低迷期に入る。ゼロ成長下での収益力確保が課題となるなか、三井不動産は事業手法そのものの多様化に着手した。1980年度の土地税制改正を機に、土地所有者との共同事業システムを「Let's」（「共同参加」の意）と名付け、組織的な事業として動かし始める。土地の有効活用から相続対策までを含む総合的なコンサルティングを、デベロッパー側が土地所有者に提供する枠組みで、自社単独の用地仕入れに頼らない収益源の確保にもつながった。10年単位で資金が拘束される不動産業において、自社で土地を抱えずに開発機会を取り込む仕組みは、低成長期のバランスシート防衛策としても機能した。

ビル事業では、オフィス以外の用途として、商業施設とホテルの二領域へ多面的に出た。1981年に商業施設事業の第1号として「ららぽーと船橋」、1984年には国内直営ホテルチェーン第1号の「三井ガーデンホテル大阪」があいついで開業した。ららぽーとはその後、堺・福岡・門真など各地に拡張し、2024年にはLaLa arena TOKYO-BAYを併設する商業とエンタメの融合型施設群へと姿を変えた。1981年開業の「ららぽーと船橋」は、以降40年以上にわたり、三井不動産の商業施設戦略そのものを規定する起点となった。当時の業界では、デベロッパーが商業床を自ら保有し運営に踏み込む例は限られており、賃貸ビルの家賃収入に依存する従来型から、テナント運営収益も自社で取り込む仕組みへの転換でもあった。

2005年7月に日本橋三井タワーが竣工した。三井家発祥の地である日本橋を舞台に、オフィス・商業・文化施設を一体に組み合わせた本格的なミクストユース開発を仕掛けたのが、同社の都心ミクストユース戦略の出発点となる。2007年1月には赤坂・六本木エリアで東京ミッドタウンが竣工し、オフィス・住宅・商業・ホテル・美術館までを一体化した代表事例として業界に認知された。日本橋と赤坂という性格の異なる二拠点を並行開発する手法そのものが、同社の都心戦略の型を形作り、以降の主要再開発にも引き継がれた。単機能の高層オフィスを並べる従来型と異なり、複数用途を同一街区で同時稼働させる設計は、用途間の需要変動を相殺する分散効果も併せ持った。

2018年2月には東京ミッドタウン日比谷が竣工した。都心の主要エリアで再開発案件を積み重ねる過程で、街づくりの視点に立った都心ミクストユース開発と、ソフトサービスによる差別化の組み合わせが、三井不動産のオフィス事業の標準型として定着する。2024年4月には日本橋室町三井タワーと東京ミッドタウン八重洲の2物件があいついで竣工し、日本橋から八重洲・有楽町・日比谷までを結ぶ回廊が、一連の街区として完成した。同社の都心再開発は、単一街区の枠を超え、都心全体を面としてつなぐネットワークへ広がった。1968年の霞が関ビルから半世紀をかけて、超高層を一棟ずつ建てる事業者から、街区連結を設計する事業者へと、立ち位置そのものが変わった。

海外展開は、1973年の米国三井不動産設立、1981年のシンガポール進出、1990年の英国拠点開設と、地域拠点を一歩ずつ広げる形で進んだ。とりわけ2010年代後半には、ニューヨーク市ハドソンヤード地区への投資が集中し、2018年10月に55ハドソンヤードが竣工、2024年には50ハドソンヤードが竣工した。2024年11月の決算説明会では、北米資産約2兆円のうち約半分（約1兆円分）が、50ハドソンヤード・55ハドソンヤード・1251 Avenue of the Americasの3物件で占められ、この3物件だけで合計約8,000億円の含み益を抱えていると示された（決算説明会 FY24-2Q）。海外総資産の半分が単一エリアの3棟に集中する構造は、規模優位を狙った都心プライム集中投資の典型でもあり、為替・市況の変動に対する感応度を上げる側面も併せ持つ。

海外事業では、同時並行でポートフォリオの棚卸しも進んだ。2024年度には、将来キャッシュフローのアップサイドが限定的と見られる物件を早期に売却し、一部で売却損を計上した。あわせて、米国サンベルトエリアの賃貸住宅を回転アセット事業として強化する方針が示された。海外事業の全体を一律に広げるのではなく、都心プライム物件には集中投資し、それ以外の物件は機動的に回転させて利益を作る、という二段構えの設計へ事業の整理が進む。海外戦略の重点は、地域拠点数の拡大という軸から、資産の選別と回転という軸へ移った。長期保有のプライムと回転前提のサンベルトという二段構造は、自社単独で抱え続けるのではなく、開発・保有・売却の3段階で利益を取りに行く設計でもある。

2011年6月に菰田正信が代表取締役社長に就任し、2023年4月まで約12年にわたり同社の経営を担った。菰田は社長退任にあたり、「リアルワールド（現実世界）の価値を再認識した」（日本経済新聞 2023/01/09）と、就任から退任までの12年間を振り返っている。前任の岩沙弘道（2003年〜2011年在任）が築いた都心ミクストユース戦略の延長線上で、コロナ禍を挟んだ12年間の結論を、リアルな物理空間を扱うデベロッパーという業態そのものの価値と結びつけた総括だった。コロナ期の需要変動や在宅勤務の浸透という一連の変化を経たうえでの言葉は、続く植田体制が掲げる産業デベロッパー路線への橋渡しに位置する。

2023年4月に社長へ就任した植田俊は「目指す姿は産業デベロッパー」（日本経済新聞 2023/05/27）と語り、さらに「異なる分野同士を交ぜ、つなぐ役割を発揮し、日本でイノベーションを起こしていきたい」（財界オンライン 2023/05/08）と繰り返し掲げた。2024年には「街づくりから産業づくりへ」（日経ビジネス 2024/07/12）を対外的な標語として正面に据えている。ライフサイエンス分野のコミュニティ「LINK-J」や宇宙領域の「CROSS-U」を通じた場とコミュニティの提供そのものを、単なる賃貸床の提供にとどまらない独自の収益源として位置づけ直した。植田は「LINK-Jというコミュニティーこそが、当社のライフサイエンスビルやラボといった他社には真似できないアセットクラスを支えている」（決算説明会 FY22）と、その狙いを説明している。