民事再生手続を経たそごうは、2003年に西武百貨店と経営統合してミレニアムリテイリングの傘下に入った。2006年にはセブン&アイ・ホールディングスの完全子会社となった。2009年には西武百貨店との合併でそごう・西武となり、屋号「そごう」は店舗名として残ったが、法人としての株式会社そごうは消滅した。セブン&アイ傘下では総合スーパー・コンビニとの相乗効果が期待されたが、百貨店業態の構造的な来店動機の低下は止まらなかった。2020年代に入ると西武大津店・そごう徳島店・そごう川口店などの地方・郊外店の閉鎖が相次いだ。水島体制下で別会社方式により全国に張り巡らせた大型店網は、その後の20年で持続可能な規模まで縮んだ。

2023年9月、セブン&アイ・ホールディングスは投資ファンドのフォートレス・インベストメント・グループに対し、そごう・西武の全株式を売却した。売却に伴って池袋本店の建物の一部にヨドバシカメラを入れる再編構想が進み、百貨店側の売場縮小と家電量販店の入居という再開発が動き出した。そごう・西武労働組合は売却プロセスに反発して、2023年8月にそごう・西武池袋本店でストライキを実施した。大手百貨店としては約60年ぶりのストライキで、社会的な注目を集めた。1992年に売上高首位に立った百貨店帝国の残部は、四半世紀をかけて投資ファンドの再編対象へ移った。そごうが体現した拡張型百貨店モデルが日本の小売業から退場する過程の一端である。