江戸時代後期に「初代十合伊兵衛」が大阪本町にて「大和屋」を開業。古着を扱う商家であり、1935年までは十合家によって経営された
転換点は、1877年に大阪の繁華街である心斎橋に移転して「十合呉服店」として開業したことにある。
以後、そごうは心斎橋が繁華街として発展する歩調に合わせて業容を拡大。1919年には株式会社に組織変更。さらに業態を百貨店に転換して旧来の商家スタイルから脱却した。
1933年には神戸の三宮地区に「そごう」の出店を決断。当時の三宮地区は国鉄駅が存在しない商業の空白地帯であったが、国鉄・阪神・阪急の3社が三宮駅への乗り入れを行ったことで商業地として発展。戦後のそごうの経営を支える基幹店舗となった
1930年代を通じてそごうは百貨店の店舗新設（神戸店の開業・心斎橋店の改装）を試みるが、新設にあたって資金繰りが悪化。創業家である十合家は株式を売却する形で経営を失い、地方財閥の板谷家がそごうの経営権を握った。以後、そごうの経営は迷走へ。
終戦によりGHQが本店（大阪・心斎橋）を7ヵ年にわたり接収。戦後復興に遅れ
百貨店業界では終戦後の小売業の復興を受けて1950年代を通じて店舗新設ラッシュとなった。この動きに対して、そごうは心斎橋本店の接収解除が遅れたこともあり店舗新設で出遅れた。特に、そごうは関西圏に店舗を集中配置しており、人口が増加する東京圏への進出を課題としていた。
1950年代に読売新聞は賃貸収入を確保するために、東京有楽町駅前の一等地に保有していた土地を商業ビルとして開発する計画を検討していた。有楽町は東宝系の映画館が集積しており、銀座にも近い商業地として発展していたため、集客面で強みを発揮する立地条件であった。
東京進出にあたっては、有富光門氏（当時・そごう副社長）が責任者となった。先立つこと1953年ごろから有富氏は、読売新聞の経営陣（正力松太郎氏）と接触しており、計画段階だった読売会館のテナントとして誘致するための交渉を開始していた。
そして、そごうは読売新聞が東京の有楽町駅前に新設していた「読売会館」に賃貸方式で店舗を新設する方針を決めた。そごうは土地の取得は不要であったが、店舗改装のための費用などで30億円を投資し、加えて読売新聞に対して家賃を負担することで合意した。
東京店の開業タイミングと日本経済の一時的な不況が重なり、想定した売上高を確保することができなかった。このため、読売新聞に対する家賃負担と、店舗開業に必要となった投資の償却負担が重なり、そごうの業績が悪化。1958年2月期から3期連続の赤字に陥った。
大株主の大和銀行が主導を取る形で経営陣の解任を実施。経営不振の責任を取り、東京進出の旗振り役であった有富副社長も退任した。
なお、1958年に後任の副社長として水島氏（のちの社長）が就任しており、そごうの歴史における経営の重要人事となった。
1960年に坂内社長が急逝し、後任に若菜社長が副社長から昇格する形で就任した。しかし、若菜社長は大和銀行出身者であり、大株主である大和銀行(10.0%保有)の意向を受ける形となったが、この決定に少数株主が不服を申し立てたことで紛争が始まった。
大和銀行はそごうの株式10%を保有している点は銀行法（銀行等の議決権取得等規制）で認められていたが、グループ会社の敷島不動産によるそごうの持分を合わせると合計20%に達することから「銀行が一般企業の株式を10%以上保有してはいけない」旨の銀行法のルールに抵触する可能性があった。
大和銀行としては、そごうの苦境期に経営を支えた自負があったが、その一方でそごうの社長人事権を濫用（若菜社長の指名）したため、少数株主（こちらは財界人により構成）の対立が深刻化。少数株主が訴訟をちらつかせる問題に発展した。財界人を巻き込んだ和解案は何度も失敗に終わった。
関西財界で影響力を持っていた山本氏（アサヒビール当時社長）が、そごう問題に関する仲裁案を提示した。これにより、1962年に若菜氏がそごうの社長を退任し、代わりに水島氏がそごうの社長に就任。大和銀行が保有株式の一部を野村証券に売却することで、そごうに対する影響力を縮小。代わりに小数株主は大和銀行に対する提訴を取り下げる案で妥結した。
水島氏は当時そごうの副社長だり、日本興業出身の金融家であった。そごうの株式を大量保有する板谷家（板谷生命）との関わりが深いことが、社長任命の理由となった。
実質的に、大和銀行がそごうの経営から撤退したことを意味しており、そごうは大株主からの影響力から脱却した。このため、1962年に社長に就任した水島氏は大株主からの監視を逃れ、1994年までの32年にわたってそごうの社長を歴任する形となった。
水島社長の就任以後、そごうは地方進出を本格化。銀行からの借りれにより店舗を新設することで売上高を拡大した。一方で、投資対効果に見合わない出店攻勢によって、そごうの財務体質を悪化させて、経営破綻の遠因を作ることになった。
都心郊外や地方都市に百貨店を新設する道を選択。郊外店と地方店がグループの売上増大に寄与
そごうは横浜駅西口付近に「横浜そごう」を開業した。横浜そごうは日本一の売り場面積の百貨店として大きな話題となり、開業直後の日曜日には18万人を集客する。横浜駅前には、そごうに加えて高島屋が既に存在しており「横浜戦争」とも形容された。
バブル期の「横浜そごう」の開業をはじめとする大量出店によって、1992年時点でそごうは国内外で35店舗を展開する日本最大の百貨店へと変貌した。そごうのグループ売上高は1.4兆円（1991年度・連結ベース）を記録し、百貨店業界では日本一となった。
1990年代を通じて郊外ではショッピングセンター、都心部ではユニクロなどの専門店が台頭したため、百貨店という業態が時代にそぐわなくなった。このため、そごうの業績が悪化し、店舗新設のために借り入れた有利子負債が大きな負担となった。この結果、水島社長は経営責任をとって退任する。
業績の悪化に伴い、東京進出のシンボルであった東京店（有楽町駅前）を閉鎖。そごうが入居したビル「読売会館」にはビックカメラが入居し、百貨店から専門店への時代の流れを象徴した。
百貨店の経営不振によって巨額の負債を返済できる見通しが立たなくなったことから、そごうは負債総額1.8兆円を抱えて破綻。大手百貨店の経営破綻として、日本経済界のバブル崩壊を象徴する事件として話題となった。