1898年10月、神戸市に三星堂が創業した。明治政府による医薬品取引の近代化が進展し、洋薬輸入が横浜・神戸・大阪の港湾都市を中心に拡大していた時期で、創業地の神戸は神戸税関を起点とした洋薬の集散地となっていた。創業の正確な経緯・初代経営者の人名は、メディパル現存の有価証券報告書では明示されていない。沿革記載は「1898年10月、神戸市に創業」の一文にとどまる。神戸創業の三星堂は、明治期から大正期にかけての医薬品卸として、薬問屋から洋薬商社へ事業形態を切り替えていく西日本拠点の一翼を担った。

1923年5月、株式会社三星堂が資本金20万円で設立された。法人化により医薬品卸売業として本格的な事業基盤を整え、神戸を本拠としつつ西日本一帯への流通網を伸長させた。明治期から大正期にかけての医薬品卸は、メーカーから小売薬局・病院への中継機能を担い、洋薬国産化の進展に応じて取扱品目を拡張した。三星堂も法人化に伴って薬問屋から株式会社化された卸商社へと組織を切り替え、戦前医薬品流通の一翼を構成した。1923年の関東大震災で東京の医薬品流通網が壊滅状態に陥ったタイミングにあたり、神戸を含む西日本の卸が東日本への医薬品供給を補完する役割を果たした。

戦中・戦後の医薬品統制経済期は、医薬品配給統制会・日本医薬品株式会社の下で全国卸の編成が進んだ局面で、戦後の統制撤廃後に三星堂を含む地域卸が独立営業を再開した。1950年代から1980年代にかけては、医療用医薬品の高度成長期と健康保険制度の拡充に支えられ、医薬品卸は薬価差を主要収益源とする取引慣行を維持しつつ、メーカー専売制（特定卸が特定メーカーの製品を独占的に扱う慣行）を保持していた。三星堂もメーカー専売関係を基盤とする地域卸として、神戸・大阪を中心とした関西圏で事業基盤を維持した。

1995年9月、三星堂は東京証券取引所および大阪証券取引所の各市場第二部に株式を上場した。資本市場へのアクセス確保により、後の業界再編に必要な資金調達と買収通貨としての株式の流動性を獲得した。続く1997年9月には東証・大証の市場第一部に指定替えとなり、神戸発の医薬品卸が主要市場区分に到達した。1995年の上場は、阪神・淡路大震災の発生年でもあり、神戸を本拠とする企業として震災復興と全国流通網の再構築という二つの命題を同時に背負った時期にあたる。震災で被災した関西圏の医療機関への医薬品供給責任を果たしつつ、上場による経営インフラ整備を同時に行った。

医薬品卸業界は1990年代後半から再編期に入った。全国卸のスズケン・東邦HD・アルフレッサHD・メディパル系の四強体制が形成される過程で、地域卸の統合・全国卸への吸収が連続した。三星堂もこの再編の主体となり、東京を本拠とする卸との合併を視野に入れた経営判断を行った。1992年の薬価改定で医薬品卸の利幅が二桁%で圧縮され、地域卸単独での生存が困難になった事業環境が、業界再編の経済的駆動力となった。卸4強体制への集約は、薬価差縮小局面での生き残り策として業界全体の必然となっていた。

2000年4月、三星堂はクラヤ薬品・東京医薬品と三社合併して商号を株式会社クラヤ三星堂に変更し、本店を東京都中央区に移転した。神戸発の地域卸が東京中央へ本社を移し、全国卸の中核を構成する三社統合となった。クラヤ薬品は東京を本拠とする戦前から続く医薬品卸で、メディパル現任社長の渡辺秀一が1979年に入社した会社にあたる。東京医薬品も都内中堅卸で、三社統合はそれぞれの取引網・メーカー専売関係を一体化する事業統合だった。商号「クラヤ三星堂」は二社の社名を並記する形で、対等合併の建て付けを示すブランド設計でもあった。

クラヤ三星堂は2003年から地域卸の連続買収を行った。同年3月の潮田三国堂薬品の完全子会社化（後に潮田クラヤ三星堂へ改称）、同年9月の井筒薬品・平成薬品の完全子会社化（井筒クラヤ三星堂へ改称）と、地域卸の取り込みを連続で実施した。地域卸吸収は薬価差縮小局面で個別卸の収益性が低下していた事情を反映しており、規模の経済による物流効率化・在庫圧縮を狙った再編だった。同年12月には大阪証券取引所の市場第一部の株式を上場廃止し、東証一本化により上場維持コストを圧縮した。三社合併から3年で全国網が伸長した形となる。

医薬品卸の収益構造は、メーカーから仕入れる仕切価格と、医療機関・調剤薬局へ販売する納入価格との差額（薬価差）が中心で、薬価改定（厚生労働省による2年に1度の薬価引き下げ）のたびに利幅が圧縮される構造を持つ。全国卸4社体制への集約は、薬価差縮小局面での生き残り策として業界全体の必然となっていた。クラヤ三星堂は東京移転後の3年間で地域卸4社を吸収し、関東・東海・関西の医薬品卸ネットワークを一本化した。買収手法は完全子会社化が中心で、被買収卸の地域取引関係を温存しつつブランドだけ統一する漸進的統合だった。

2004年は同社の構造転換が連続した。2月、株式会社よんやくならびに中澤氏家薬業との経営全般にわたる業務提携で関東・東北の医薬品卸との連携強化を進展させ、4月には株式会社エバルスならびに株式会社アトルを完全子会社化した。エバルスは中国・四国地区、アトルは九州・沖縄地区の医薬品卸で、両社の取り込みにより西日本の医薬品卸ネットワークが揃った。これら買収は薬価差縮小に対する規模化対応として実行され、全国卸の中で取扱高シェア上位の基礎となった経営判断だった。買収先の地域卸はそれぞれ地元医療機関との長年の取引関係を保有しており、人的関係を含む取引基盤の取り込みでもあった。

同年10月、会社分割により持株会社体制へ移行し、商号を株式会社メディセオホールディングスへ変更した。医薬品卸事業は新設会社のクラヤ三星堂が承継し、HDは事業会社の経営管理に特化する形へ再編した。「メディセオ」の名称は medi（医薬）と seo（前進・seo は古英語「探求」由来とも）の合成で、医薬品卸の新ブランドとして定着させる狙いがあった。持株会社化はM&Aの追加実行に必要な機動性と、子会社化による既存ブランドの温存を両立させる組織形態で、医薬品卸業界では先行する東邦HDに続く動きとなった。

2005年10月、メディセオHDは株式会社パルタックを完全子会社化し、商号を株式会社メディセオ・パルタックホールディングスに変更した。パルタックは大阪を本拠とする日用品・化粧品・一般用医薬品（OTC）卸の最大手で、医薬品卸専業だったメディセオに日用品流通網が加わり、医薬・日用の二本柱体制が成立した。パルタックは大阪・神戸の繊維問屋街発祥の日用品卸で、ドラッグストアチェーン・量販店向けの広域流通網を保有していた。医薬品卸が日用品卸最大手を取り込む業界横断の再編は、ドラッグストア業態の成長（医薬品と日用品の混合販売）に応じた事業ポートフォリオ構築でもあった。

2007年1月、メディセオ・パルタックHDは丸善薬品株式会社を完全子会社化した。丸善薬品は動物用医薬品卸で、家畜・伴侶動物向けの医薬品流通網を取り込むことで、医薬品卸の対象動物種を人間以外にも拡張した。続く2008年1月の株式会社コバショウ完全子会社化、4月のパルタック・コバショウ合併（商号パルタックKSへ変更）、12月の東七株式会社との業務提携と、日用品・食品関連卸の取り込みが続いた。東七は食品・調味料卸で、後の2023年完全子会社化への布石を打った提携だった。HD化2年で買収案件4件を立て続けに完了させたペースであった。

2009年4月、株式会社パルタックKSの商号を株式会社Paltacへ変更し、日用品卸事業のブランド統一を行った。同年10月は同社の構造転換の節目となり、会社分割により医薬品卸事業をクラヤ三星堂に承継し、商号を株式会社メディパルホールディングスへ変更、子会社統合により株式会社メディセオへ改称した。「メディパル」は medi（医薬）と pal（pal は英語の「親友・仲間」、医療従事者・取引先との伴走を含意）の合成で、医薬品卸を超えた総合ヘルスケア商社への意思を込めたブランドであった。創業の三星堂・東京のクラヤ薬品・大阪のパルタックの三系統が、ようやく一つのHD名称の下に統合された節目だった。

2010年3月、株式会社Paltacが東京・大阪両証取に上場し各市場第一部に指定された。日用品卸子会社の単独上場は、メディパル本体（医薬品卸）とPaltac（日用品卸）の親子上場体制を成立させた。親子上場は資本市場からは利益相反の温床として批判される構造だが、Paltacの日用品卸専業としての独立性を担保し、ドラッグストア・量販店との取引における中立性を維持する経営判断だった。Paltac側にもメディパルとは別の経営自由度・株主基盤を確保するメリットがあり、上場維持に伴うガバナンス強化要請を活用する企図も含まれていた。

同年4月、丸善薬品・エバルスアグロテック・アトルの動物用医薬品事業を統合しMPアグロ株式会社へ改組した。複数の地域卸が個別に保有していた動物用医薬品事業を集約し、業界4位（伴侶動物用医薬品）の規模を獲得した。HD化以降の同社は、医薬品卸（メディセオ系）・日用品卸（Paltac系）・動物用医薬品卸（MPアグロ系）の三本柱を整備し、ヘルスケア商社としての事業ポートフォリオを固めた。三本柱の中で売上規模は医薬品卸が最大、利益率は日用品卸が最高、成長率は動物用医薬品卸が最高であり、補完関係が成立していた。

2012年4月、渡辺秀一が代表取締役社長へ昇格し（前任は熊倉貞武、有報抽出範囲のFY05〜FY10在任）、メディパル代表取締役社長と㈱メディセオ代表取締役会長を兼務する体制となった。渡辺秀一は1979年クラヤ薬品入社で、メディセオ代表取締役社長（2004年〜2008年）・メディパル専務取締役（2008年〜）・代表取締役副社長（2011年〜）を経た医薬品卸生え抜きで、HD体制完成後の経営軸を担う社長として登板した。同氏の在任は2025年5月の悪性リンパ腫療養公表に伴う代表権分担まで継続し、HD設立後の最長在任社長として記録される運びとなった。

2013年6月、メディエ株式会社を完全子会社化し、医療データ・情報事業への参入を行った。メディエは医療用医薬品の市場調査・データ分析事業で、卸が保有する出荷データを医薬品メーカー向けマーケティング情報へ加工する事業領域への拡張だった。卸の業務副産物として蓄積される出荷・在庫データを「医薬品流通プラットフォーム」化する出発点となった。2024年のプリメディカ・フローラディスカバリー買収による医療データ事業強化への布石を10年前に打っていた格好で、卸データの収益化という発想が早期に着手されていたことを示す案件だった。

2014年12月の桜井通商完全子会社化（食品関連卸の取り込み）、2015年7月のPaltacからPALTACへの商号変更（ブランド統一）と、関連事業の集約とブランド整備が続いた。FY14（2015年3月期）の連結売上高は2兆8729億円、営業利益328億円・経常利益445億円・親会社株主に帰属する当期純利益237億円。FY15（2016年3月期）には売上高3兆282億円・営業利益423億円・経常利益551億円・親会社株主に帰属する当期純利益308億円となり、HD成立から約6年で売上高3兆円台へ到達した。HD化前のクラヤ三星堂時代と比較すると、約10年で売上規模が3倍に拡大した形になる。

セグメント別ではFY14時点で医療用医薬品等卸売事業が売上2兆357億円・営業利益175億円、化粧品・日用品・一般用医薬品卸売事業（PALTAC系）が売上7935億円・営業利益141億円、動物用医薬品等卸売事業が売上435億円・営業利益5億円。医薬・日用品の二本柱体制が売上規模で約2.6倍の構造で、利益率では日用品卸が医薬品卸を上回る（1.78% 対 0.86%）。薬価差縮小局面で医薬品卸の利幅が圧縮されるなか、日用品卸の利益貢献が経常利益の安定に寄与する事業ポートフォリオが定着していた。動物用医薬品卸セグメントは規模こそ小さいが、伴侶動物医療の需要拡大で売上成長率は本業を上回るペースを維持した。

2016年1月の株式会社アステック完全子会社化（医薬品関連事業の追加）、4月のMPアグロから食品加工原材料事業を桜井通商に承継しメディパルフーズへ改称（食品事業の専業化）、5月のSPLine株式会社設立（新規事業）と、子会社の事業領域整理と新会社設立が連続した。2020年10月の株式会社ファルフィールド設立、2022年4月の株式会社メディスケット設立も同様の流れで、医薬品卸の事業を補完する周辺領域への子会社設立が継続した。HD体制の事業ポートフォリオを子会社追加で拡張する手法は、HD化以降の経営パターンとして定着していた。

2022年4月、東京証券取引所の市場区分見直しに伴い、メディパルは東証一部からプライム市場へ移行した。プライム市場は流通株式時価総額100億円以上・流通株式比率35%以上を要件とする最上位区分で、ガバナンス・コード遵守強化が義務付けられた。メディパルの取締役会も社外取締役比率の引き上げ・指名報酬委員会の機能強化（社外取締役主導）・サステナビリティ開示の拡充など、プライム市場の要件に対応する形で運営体制を整備した。FY21時点で社外取締役4名・社内取締役7名の構成となり、プライム要件である独立社外取締役比率3分の1以上を充足する体制となった。

FY16（2017年3月期）〜FY19（2020年3月期）の業績推移は、売上高3兆639億円から3兆2531億円へ約6%増、営業利益396億円から531億円へ約34%増、経常利益534億円から680億円へ約27%増と、売上拡大を上回る利益成長を示した。薬価改定・調剤報酬改定の影響を物流効率化・取扱品目構成の改善で吸収しつつ、PALTACの日用品卸セグメントが営業利益の伸びを牽引する構造だった。FY19のセグメント別利益はPALTAC系246億円（営業利益率2.36%）、医療用医薬品等260億円（同1.21%）、動物用医薬品等19億円（同2.89%）で、日用品・動物用医薬品の利益率が医薬品本業を上回る逆転現象が定着していた。

FY20（2021年3月期）は新型コロナウイルス感染症の影響で営業利益386億円（前期比▲27%）・経常利益530億円（同▲22%）と一時的に利益が後退した。受診抑制による医薬品出荷減・日用品需要のシフト（マスク・消毒剤等の特需と化粧品の需要減）が交錯し、医療用医薬品卸セグメントの営業利益が前期比▲60%（260億円→105億円）と縮小した。一方でPALTAC系日用品卸は前期比▲3%（246億円→254億円）と相対的に底堅く、ポートフォリオ分散効果が利益の落ち込みを抑制する役割を担った。動物用医薬品卸セグメントも前期比▲16%（19億円→23億円）と相対的に安定し、三本柱体制の補完関係が利益を支えた局面となった。

FY21（2022年3月期）以降は順次回復し、FY21営業利益456億円・FY22同490億円・FY23同473億円・FY24同556億円と推移した。中期経営計画「2024メディパル中期ビジョン」（2020年3月期〜2024年3月期）は、コロナ禍中での策定だったため当初目標の修正を経たものの、終盤のFY23（2024年3月期）には売上高3兆5587億円・営業利益473億円・親会社株主に帰属する当期純利益415億円を達成し、HD成立後最高益を更新した。FY24（2025年3月期）にはさらに営業利益556億円・純利益403億円を達成し、コロナ禍前のFY19水準を3年遅れで超過した。

2023年3月の住友ファーマフード&ケミカル株式会社完全子会社化（MP五協フード&ケミカルへ改称）と、2023年4月の東七株式会社完全子会社化は、化学品・食品材料事業の取り込みとなった。東七は2008年12月の業務提携から14年越しの完全統合で、医薬品卸の周辺領域（化学品・食品材料）への事業拡張を行った。同時期の中期経営計画の総括として、医薬品卸本業の薬価差縮小に対応するためのポートフォリオ多角化が経営軸として明示された。買収案件の積み上げは、医薬・日用・動物用医薬の三本柱に化学品・食品材料を加える四本柱構造への移行を示唆していた。

2023年3月期から2027年3月期の5年計画として、中期ビジョン「2027メディパル中期ビジョン Change the 卸 Forever 〜たゆまぬ変革を〜」が策定された。最終年度のROE9%・配当性向の安定維持・向上を財務目標として明示し、年間配当62円予想・自己株式取得（全て消却）の組み合わせで株主還元を強化した。FY24（2025年3月期）の総資産額1兆8249億円・自己資本6195億円・自己資本比率33.9%で、医薬品卸特有の運転資金（売掛金・在庫）の重さに対応する自己資本水準を維持している。中期ビジョンのキャッチフレーズ「Change the 卸 Forever」は、卸業の自己定義そのものを書き換える宣言で、業界紙・経済誌からも注目を集めた。

2024年5月、プリメディカ・フローラディスカバリーを完全子会社化、同年7月にプレサスキューブを子会社化、10月にMP五協フード&ケミカルを存続会社としてメディパルフーズと合併（フード&ケミカル事業の集約）と、ヘルスケアデータ・新規分野・食品材料の各領域でM&Aと組織再編を連続して行った。プリメディカは医療データ・健診関連事業、フローラディスカバリーは腸内細菌叢関連事業で、医薬品卸の出荷データに加えて健康データ・腸内細菌データの取得経路を取り込む構造だった。プレサスキューブは介護・福祉領域のスタートアップで、高齢化対応の新規領域への入口を提供する買収となった。

現任社長の渡辺秀一は2024年5月のミクスOnlineインタビューで業界の構造変革に踏み込んだ発言を行い、薬価差そのものの存続を問う論点を業界紙へ提示した。2025年5月、渡辺秀一の悪性リンパ腫療養公表に伴い、代表取締役副社長の長福恭弘が代表権を持つ代表取締役2名体制へ移行した。長福恭弘は1977年三星堂入社で、メディセオ代表取締役社長（2012年〜2022年）・メディパル取締役副社長（2019年〜）を歴任した医薬品卸生え抜きで、渡辺秀一と同じ営業統括出身者の系譜にある。HD成立後の最長在任社長の療養公表は、医薬品卸4強体制の一角を担う上場企業として後継者準備の在り方を市場へ問う論点を提示する出来事となった。