1955年7月、日本楽器製造（現在のヤマハ株式会社）から二輪車製造部門を分離独立させる形でヤマハ発動機株式会社が静岡県浜名郡浜北町（現在の浜松市）に設立された。当時の日本楽器には戦時中の軍需用プロペラ製造拠点として政府の指示のもと大量導入されていた約1,000台規模の工作機械群が、終戦後の民需転換期に遊休資産として残されており、楽器製造だけでは活用しきれない生産設備の有効な転用策を模索することが経営陣の喫緊の課題だった。初代社長に就いた川上源一は日本楽器の社長を兼任しつつ新会社の経営にあたり、1955年発売の初号機「YA-1」を皮切りに本格的な二輪車事業への参入を果たした。

「赤とんぼ」の愛称で親しまれたYA-1は、ドイツのDKW社の125ccバイクを徹底的に研究したうえで開発された新型車で、1955年の第1回浅間高原レースと第3回富士登山レースの両方で優勝する快挙を遂げて全国的な注目を集めた。設立からわずか1年余りでの業界レース連続制覇は、後発参入者が既存メーカーとの実力差を埋めて独自の存在感を示した事例として高く評価され、戦時遊休資産の民需転用という経営判断が戦後の二輪車産業の形成に果たした役割の大きさを表す成功事例として長く記憶される。後発ながら業界の中核的存在へ成長する独特の企業文化が、この時期に形作られた。

1960年、ヤマハ発動機は小型船外機の開発と製造への本格参入を決定し、静岡県浜名湖畔の新拠点を活用した舶用エンジン事業の立ち上げに入った。二輪車で培った小型エンジン技術を海の上の乗り物である船外機に応用するという発想は、単一事業への依存を避けて事業ポートフォリオを多角化するという川上源一社長の長期経営ビジョンから生まれた戦略判断で、以後のヤマハ発動機の事業構造の基本型を形作る歴史的な原点となった。1961年には磐田工場の新設が正式に決定され、1963年から本格稼働を開始した新拠点では二輪車と船外機の両方で大量生産の可能な体制が整備された。

1960年代後半から1970年代にかけてヤマハの船外機事業は北米市場を中心に成長を遂げ、1970年代には既存の米国メーカーを押しのけて世界市場で有力な地位を獲得し、二輪車とマリンの「二本柱経営」という独自の事業構造が形になった。同時期にはスノーモビル事業やATV事業などの周辺製品群も加わり、ヤマハ発動機は単なる二輪車メーカーの枠を超えて「エンジンを核とする多角化モビリティメーカー」として業界内で広く認識される時期を迎えた。独立系メーカーが事業多角化によって大手とは異なる競争力を築く、浜松の独立系メーカー文化を体現する経営戦略の成功事例として位置づけられた。

1979年から1983年にかけて、ヤマハ発動機とホンダの両社は国内の二輪車市場における熾烈なシェア争いを繰り広げる「HY戦争」と呼ばれる業界史に残る競争期を迎えた。ヤマハ側は「打倒ホンダ」をスローガンに生産能力の拡大と新型車の連続投入という攻勢を仕掛けたが、ホンダ側も圧倒的な広告投資と販売網拡大と新商品投入で反撃に転じ、両社が並行して過剰な在庫を抱え込む共倒れの危機に直面する局面が業界全体の構造を揺るがした。1982年にヤマハ発動機は戦後初の営業赤字を計上し、1983年には川上源一を含む経営陣の刷新が実行されて経営危機への対応が迫られた。

HY戦争の敗北は、規模の競争ではなく独自の製品コンセプトと世界観による差別化こそが中堅独立系メーカーの本来の生存戦略であるという深い教訓を焼き付けた。1983年以降のヤマハは二輪車事業の主戦場を国内市場から東南アジアを中心とする新興国市場へ移し、インドネシア・タイ・フィリピン・ベトナム各国における現地生産と販売の体制を整備した。後発参入であったインドネシアでは現地の消費文化に適応した商品開発を重ねることで2000年代にはホンダと並ぶ2大ブランドの一角を占める地位を築き、東南アジア市場がヤマハ発動機全体の業績を牽引する最重要市場として位置づけられる事業構造が形になった。

1984年、ヤマハ発動機は電子機器工場向けの産業用ロボット事業への本格参入を決定し、以後の全社的な事業多角化戦略のなかでも長期にわたり成長を続ける第3の収益柱の基盤を築き始めた。二輪車で培った精密な運動制御技術と軽量小型機構設計の実績が、当時拡大していた電子機器組立工程の自動化需要に合致し、ヤマハのロボット事業は1990年代を通じて半導体業界向けのチップマウンターと実装機分野で高い世界シェアを獲得し、大手ロボットメーカーとは異なるニッチ市場での強固なポジションを築いた。浜松の中堅独立系メーカーが独自のニッチ戦略で世界市場に存在感を示す成功事例として業界内で評価された。

2001年にはゴルフカー事業へも参入し、2000年代後半にはスマホ電子機器業界のグローバル拡大を背景として産業用ロボット事業の売上高が伸長し、二輪車とマリン事業に続く第3の柱としての存在感が業界内で広まった。2008年9月のリーマンショックをきっかけに北米市場の大型船外機需要と欧米市場の二輪車需要が並行して急減する局面を迎え、ヤマハは2009年から2011年にかけて再び業績悪化に直面したが、東南アジアでの二輪事業の底堅い成長と産業用ロボット事業の世界的な需要拡大が全社の業績を下支えし、多角化戦略の本質的な強みが業績の変動リスクを緩和する効果を発揮した。

2008年9月のリーマンショックを受けてヤマハ発動機は北米市場の二輪車と船外機の両方で需要低迷に直面し、2009年12月期の決算では戦後2度目となる大規模な営業赤字の計上を強いられた経営危機に直面した。2010年に就任した柳弘之は「感動創造企業」というコーポレート理念を強調しつつ、ヤマハらしさとは何か、グローバル展開の核となるものを明確にしなければならないという問いで自社の存在理由に立ち返り、事業ポートフォリオの全面的な見直しと不採算事業からの撤退を断行した。国内の遊休生産設備の縮小と海外拠点での生産能力の最適化の二面で構造改革を進めて事業の再建を主導し、独立系メーカーとしての機動力を活かした意思決定の速さが内外から評価された。

2011年以降のヤマハは東南アジアの二輪車事業の深耕と、北米マリンの大型船外機市場での継続的な拡大、産業用ロボット事業の半導体業界向け展開の強化という三つの戦略的な柱に経営資源を集中する方針のもとで業績回復を進めた。二輪車事業については「プレミアム戦略」という独自の考え方が打ち出され、低価格帯での規模の競争を避けて高付加価値モデルへの集中を図るという中堅独立系メーカーの生存戦略が打ち出され、2013年以降の業績回復の土台となった。柳は「R&Dの常識を変える。既存の枠を超えた発想で新しい価値を創る」（日刊工業新聞 2016/10）とも語り、多角化の量的拡張から質的深化への転換を進めた。

2010年代後半から2020年代初頭にかけてのヤマハは、東南アジア二輪車市場における独自のプレミアム戦略を推進し、インドネシア・タイ・フィリピンにおける高付加価値モデルの投入と現地ブランド力の強化を通じて、競合の中国系ブランドや国内他社との差別化を実現した。2018年就任の日髙祥博は「自動運転レベル3、4の知見を3年以内に固める」（Response.jp 2018/12/18）として自動運転技術への投資を前面に掲げ、「ヤマハらしさを表す5つの価値『発・悦・信・魅・結』を世界中の拠点長や社員との議論の中で整理した」（RIDE-HI 2021/06/01）と社内共通価値の明文化を進めた。2020年の新型コロナウイルス感染症による世界的な生産混乱と需要低迷の影響を一時的に受けたが、2021年から2023年にかけての東南アジアでの需要回復と北米マリン市場における大型船外機需要の継続を背景として業績は回復した。

2022年12月期には過去最高の営業利益を達成し、中堅独立系メーカーとしての独自のビジネスモデルが高く評価される時期となった。2023年以降にはブラジル・インド・中東などの新興市場での二輪事業の本格展開も並行して進み、マリン事業では大型船外機の商品力強化と北米市場での高いシェアの維持が並行して進んだ。ロボティクス事業についてはAI需要の高まりを背景に2020年代半ばからの需要回復と新たな成長軌道が期待される段階に入り、二輪と船外機とロボットという3つの柱の事業構造がいずれも好調に推移するなか、中堅独立系メーカーとしての独自の存在感が国内外で評価された。川上源一以来の「感動創造企業」という独自のコーポレート理念が、プレミアム戦略と事業多角化という経営の両面で結実する局面を迎えた。