1917年の創業以来100年続いた商船造船事業は、2021年3月の千葉事業所新造船終了、同年10月の艦艇事業の三菱重工譲渡と三井E&S造船49%の常石造船譲渡、2022年10月の同17%追加譲渡（持分法適用化）、2025年4月の常石造船との株式譲渡合意書締結という段階的撤退を経て、本体から切り離された。FY22（2023年3月期）以降の連結セグメントは「舶用推進システム」「物流システム」「成長事業推進」「周辺サービス」の4区分で再構成され、FY24（2025年3月期）の連結売上3,151億円のうち舶用推進システム1,355億円（43%）・物流システム628億円（20%）・成長事業推進400億円（13%）・周辺サービス752億円（24%）の構成比となった。

連結業績はFY22の連結営業利益94億円・営業利益率3.6%から、FY24には営業利益231億円・利益率7.3%へ3期連続で改善し、親会社株主帰属純利益は391億円となった。1995年以来30年ぶり水準の高収益体質である一方、舶用エンジン市場では世界2社寡占のMAN Energy Solutions（旧B&W）とWinGD（旧Wärtsilä 2-stroke）が大型2ストロークディーゼル機関のライセンサー上位を占めており、三井E&S DU（旧IHI原動機）の世界市場シェアは10%強の水準にある。脱炭素対応の次世代燃料機関（アンモニア・メタノール・LPG・LNG）の開発投資が世界規模で進むなか、日本の舶用エンジンメーカーとして単独で技術投資を維持する負担が、次代の事業継続性の論点となる。

2024年6月、三井海洋開発（旧モデック）の株式の一部を売出しの方法で売却し、持株比率を引き下げた。1988年12月にモデックに経営参加して以来の海洋FPSO事業の連結化を引き戻す方向性で、コア事業を舶用エンジン・物流システムに絞り込む戦略の一環となる。海洋FPSO市場はブラジル沖・西アフリカ沖の深海油田開発を中心に依然拡大しているが、設備投資負担が大きく、純資産規模1,700億円の三井Ｅ＆Sにとっては独立して扱うべき事業との判断が背景にある。海洋FPSO事業の収益貢献と引き換えに、連結バランスシートの軽量化と舶用エンジンの追加投資原資の確保を選んだ判断とも読める。

100年続いた船舶部門を切り離した会社の次の問いは、舶用エンジン世界3位という地位を、脱炭素転換の主役（アンモニア燃料機関・メタノール燃料機関）へ押し上げられるかどうかである。MAN ESが2025年商業化を予告するアンモニア機関、WinGDが2027年商業化を目指すアンモニア機関に対し、三井E&S DUがいつ・どの燃料・どの船型で商業案件を獲得するか、その判断速度と投資規模が、創業から108年目の経営の中心議題となっている。