1949年5月、東京都三鷹市に株式会社日本電子光学研究所が設立された^[1]。資本金500千円、電子顕微鏡の製造・販売を事業目的とする小規模な研究開発型企業として、戦後の混乱期に船出した経緯である^[2]。電子顕微鏡は当時、ドイツのジーメンス・米国のRCAなど欧米の数社のみが製造可能な先端計測機器であり、占領下の日本では輸入も含めて入手難の状態にあった。日本電子光学研究所は、戦後の物資不足と外貨制約のなかで電子顕微鏡の国産化に挑む技術志向の集団として出発した。

電子顕微鏡は、光学顕微鏡では到達できないナノメートル領域の観察を可能にする計測装置で、金属組織・半導体材料・生物試料の構造解析に不可欠な機器である。基礎研究と産業応用の両面で需要が拡大していく成長分野であった。創業から3年後の1952年11月には産業機器分野へ進出（高周波焼入装置完成）、1956年8月には分析機器分野へ進出（磁気共鳴装置完成）した^[3][4]。NMR（核磁気共鳴装置）等の分析機器事業の起点で、後年の理科学・計測機器事業の柱となる領域に初めて参入した^[5]。

1960年9月、東京都昭島市にさくら精機株式会社（1989年12月「日本電子テクニクス株式会社」に変更、2021年4月日本電子に吸収合併）を設立し、本体から電子顕微鏡の組立・量産機能を切り出した^[6][7]。研究開発と生産の分離は、研究開発型ベンチャーが製品の量産対応を進める際の典型的な組織設計である。

1961年5月、「日本電子株式会社」に商号変更した^[8]。社名は「光学」を外し、より広い電子機器メーカーとしてのアイデンティティを示す方向への転換であった。1962年4月、東京証券取引所市場第二部に上場し、公開市場での資金調達体制を整えた^[9]。同年12月には米国にJEOLCO(U.S.A.)INC.（1993年4月「JEOL USA,INC.」に変更）を設立し、米国市場への進出を拡大した^[10]。創業から13年で海外展開に着手したのは、電子顕微鏡という製品の主要市場が欧米先進国であり、現地販売・サービス拠点の必要性が高かったためである。

1964年4月、昭島製作所開発館を完成させR&D機能を拡張、同年11月にはフランスにJEOLCO(FRANCE)S.A.（2005年4月「JEOL(EUROPE)SAS」に変更）を設立し、欧州事業の起点を築いた^[11][12]。1966年6月に本店を三鷹市から昭島市へ移転、1966年8月には東証一部に上場し、大企業の地位を得た^[13][14]。1968年7月に英国・10月に豪州、1971年4月に英文社名を「JEOL Ltd.」に統一、1972年4月には医用機器分野へ進出（生化学自動分析装置完成）と、創業から23年で電子顕微鏡・理科学計測機器・産業機器・医用機器の4軸を持つメーカーへ転じた^{[15][16][17][18]}。