荏原製作所の起源は1905年に東京帝国大学教授の井口在屋が発表した世界初の渦巻ポンプ理論にある。この研究を実用化するために国友鉄工所が創立されたが、経営が立ちいかず事業化に失敗した。国友鉄工所で井口に学んだ畠山一清は、渦巻ポンプの将来性を信じて1912年にゐのくち式機械事務所を創業し、東京日暮里で設計・製造・販売を一貫して行う体制を整えた。当時の日本のポンプ市場は輸入品が中心で、国産品としては三菱重工と日立製作所が競合していた。大学発の基礎研究を事業化する過程で、先行した国友鉄工所が失敗した教訓を踏まえて、畠山は実務面での体制構築に力を注いだ。理論と実装の架橋を一人で行うという、当時としては先進的な経営スタイルの原型がここで姿を現す。

畠山は東京市のポンプ性能試験（入札）に参加し、一貫生産による品質の高さで国産品が輸入品を駆逐する流れを作った。1920年には本社工場を東京府荏原郡品川町に移転し、株式会社荏原製作所を設立した。社名の「荏原」は移転先の地名に由来する。昭和初期の戦前期には荏原製作所は国内ポンプ生産量でシェア60%を確保し、日立・三菱と並ぶ国産トップメーカーの地位を築いた。産学連携が事業化に至るまで7年を要した姿勢は、その後の技術指向の社風へと引き継がれた。畠山が井口の弟子として受け継いだ、理論と実装を両方手がけるという姿勢は、荏原の経営スタイルの原型として後年まで語り継がれる。この時期の姿勢は、創業精神「熱と誠」として後の荏原の社員教育にも引き継がれた。

1938年には東京市蒲田区羽田に羽田工場を建設し、本社と工場を品川から移転した。この羽田工場は2007年の閉鎖までの約70年間、荏原の本社工場として大型ポンプやプラント機器の製造を担った。1941年には川崎工場も新設され、戦時下の生産体制が整ったが、1945年には戦災により羽田工場から川崎工場に生産を移管する緊急対応が必要になった。1949年5月には東京証券取引所一部・大阪証券取引所一部に上場し、戦後復興期の資本市場に参加した。戦災からの復旧と上場による資本基盤の拡充は、戦後の拡張期に向けた重要な土台となった。戦前のポンプ専業メーカーから、戦後の総合機械メーカーへと事業領域を広げる基礎は、このころ整えられた。

1955年には生産の主力を羽田工場に復帰させ、翌1956年には水処理装置の製造販売を目的として荏原インフィルコ株式会社を設立した。水処理事業の起点であり、後に1994年の吸収合併と2009年の水ing設立を経る長期事業の始まりである。1964年には戦後初の海外事務所をタイ・バンコクに開設し、同年に荏原サービスを設立してアフターサービス事業を組織化した。1965年には藤沢工場を新設し、日本で初めて標準ポンプの量産体制を確立した。1968年には札幌証券取引所にも上場し、地方市場も含めた多元上場の時代を迎えた。祖業のポンプ・水処理・サービスという3つの事業の芽が、この時期に揃って育ち始めた。標準ポンプの量産体制確立は、後年のグローバル展開における主力製品群の土台を作った。

1975年には戦後初の海外生産拠点としてブラジルにEbara Industrias Mecanicasを設立し、ポンプのグローバル生産体制が始まった。同年11月には袖ヶ浦工場を新設してコンプレッサ・タービンの製造を開始し、回転機械事業が本格化した。1979年にはインドネシアのPT. Ebara Indonesia、1981年には米国のEbara International Corporation、1989年にはイタリアのEbara Italia（ステンレスプレス製標準ポンプ）、1992年には中国の青島荏原環境設備と、1970〜90年代を通じて海外拠点を次々に積み上げた。標準ポンプというコモディティ製品でありながら、販売・サービス網を世界各地に築く戦略であり、現地での対応力を武器にした市場開拓が進んだ。コンプレッサ・タービンなどの回転機械事業も並行して育ち、事業領域の幅が広がっていった。ポンプ事業の枠を越えた複数事業の並存が、この時期の経営の特徴となった。

1986年には藤村宏幸が社長に就任し、以後の事業再編と海外展開の主導役となった。1994年10月には子会社の荏原インフィルコを吸収合併し、水処理事業を本体に統合する動きを取った。2000年4月には米Elliott Companyを完全子会社化した。Elliottはコンプレッサ・タービン事業の世界的大手で、荏原がグローバル回転機械メーカーの一角を占める基盤となった買収である。後の5カンパニー制下のエネルギーセグメントの中核はこのElliott買収にさかのぼり、買収から四半世紀後の脱炭素・水素関連需要の取り込みにも繋がる戦略的な布石となった。1990年代以降の海外買収で得た技術と顧客基盤が、2020年代の収益構造を支えている。長期視点の投資判断が数十年後の収益源として実を結ぶ姿が、ここから繰り返し確認できる。

荏原の次の主力事業の種は1987年7月に蒔かれた。藤沢工場内に精密機械工場を建設し、半導体産業向け真空機器の生産を開始した。当時はバブル期の半導体投資ブームが進行中で、ポンプ技術の応用展開として真空機器に参入する判断だった。ポンプと真空機器は気体と液体の違いはあるが、流体を扱う精密加工技術として共通していた。参入から14年後の2001年6月には、CMP（化学機械研磨）装置等の生産拠点として株式会社荏原九州（熊本県）が操業を開始した。半導体ウェハー平坦化工程の装置であり、ドライ真空ポンプと並ぶ精密・電子事業の柱が揃った。この時期の種蒔きが、30年後の主力事業転換の土台となった。ポンプから真空機器への応用展開という発想は、流体工学を中核技術とする同社ならではの経営判断だった。

2005年4月には風水力機械・環境事業・精密・電子事業の3カンパニー体制を導入した。祖業のポンプ（風水力機械）、ゴミ処理プラントと水処理の環境事業、そして半導体装置を含む精密・電子事業という構成で、事業別管理体制への移行が完了した。この時点では半導体装置はまだ第3の事業でしかなかったが、この枠組みが2020年代の主力事業転換の土台となった。2002年にはコンプレッサ・タービン事業も荏原エリオットとして分社化され、事業単位ごとの採算管理が強化された。事業の独立採算化とカンパニー制は、後の不祥事対応における責任所在の明確化にも寄与した。祖業のポンプと新興事業を横並びで管理する枠組みが、この時期に初めて整えられた。

しかし同じ時期、環境事業で大きな失敗が起きた。2002年にダイオキシン排出規制が強化されたことで、荏原は新型のガス化溶融炉によるゴミ処理プラントを多数受注した。従来の焼却炉とは原理が異なる新技術で、自治体からの発注が集中した。ところが追加工事の発生により工期が遅延し、エンジニアリング事業の採算が短期間で悪化した。2003年3月期に荏原製作所は最終赤字285億円に転落した。規制対応で膨らんだ受注が、技術的な未成熟と工程管理の甘さで損失に転じた典型例であり、1912年創業の老舗にとって戦後最大級の単年度損失となった。新技術で自治体案件を大量受注する経営判断が、結果としてプラント請負ビジネスのリスクをまとめて表に出した。

この失敗は環境プラント事業の縮小へ繋がり、2009年10月にはグループ内の廃棄物処理事業を荏原環境プラント株式会社へ統合する形で整理された。同時期に水処理事業も荏原エンジニアリングサービス（現水ing）へ統合し、2010年3月には三菱商事・日揮との三社提携で総合水事業会社化した。環境事業の自社展開から外部連携への切り替えは、2003年の損失を起点に進んだ。結果として荏原の環境事業は、EPCリスクを抱えるプラント請負から脱し、運営・サービス型の事業モデルへ姿を変えた。この構造変化は、荏原の事業ポートフォリオの質そのものを改めた。EPCから運営・サービスへの切り替えは、環境事業にとどまらず後のポンプ・半導体事業の収益構造にも影響を及ぼした。

2007年、荏原製作所は副社長による横領事件に直面した。グループ内統制の不備が露呈した不祥事で、責任を取って社長が交代し矢後夏之助が社長に就任した。2003年のゴミ処理プラント工期遅延事件に続く経営危機で、荏原は2000年代に2度の大きなつまずきを続けざまに経験した。ガバナンス体制の抜本的な見直しが長期課題として残り、後の指名委員会等設置会社への移行へと繋がる。役員個人による不正が経営陣刷新に直結した事案であり、以後の荏原のコンプライアンス体制強化の起点となった。2000年代の2つの不祥事は、同時期の事業ポートフォリオ再編の動きと並行して進んだ。環境プラント事業の縮小と横領事件の対応が同時に進む時期に、荏原の組織は大きく揺さぶられた。

同じ2007年9月には旧本社・羽田工場の閉鎖を決定した。1938年以来69年続いた本社工場で、大型ポンプやプラント機器を製造してきたが老朽化が進んだ。工場跡地は物流センター建設を計画していたヤマト運輸に約845億円で売却され、2008年3月期に固定資産売却益724億円を特別利益として計上した。戦前に取得した土地のため、時価が簿価を大きく上回る形で潜在含み益を現金化した取引となり、一時的には2003年の損失を埋め合わせる財務効果を発揮した。製造機能は袖ヶ浦工場などに移管した。しかしこの売却が、後年のアスベスト訴訟という新たな負債の起点となる。短期の財務効果と長期のリスクが裏腹に動いた典型例として、後の経営史で参照される事案となった。

羽田工場跡地売却は短期的には大きな利益を生んだが、長期的には荏原に重い負債を残した。2011年1月、同跡地でアスベストによる土壌汚染が発覚し、全量撤去で物流センター建設計画が遅れたヤマト運輸から荏原は提訴された。訴額は85億円で、裁判は最高裁まで争われた。2014年の東京地裁、2018年6月の東京高裁、2019年1月の最高裁でいずれも荏原が敗訴した。賠償金は59億円に遅延損害金を加算した金額となった。戦前・戦後を通じて大型ポンプを製造してきた工場跡地には、当時の建材として広く使われていたアスベストが残留していた。戦前からの工場用地が抱える歴史的な土壌リスクが、売却から10年を超えて表面化した。土地取引の瑕疵担保責任をめぐる裁判として、当時の企業法務界でも大きな注目を集めた案件である。

この訴訟関連で荏原は2016年3月期に訴訟損失引当金繰入額64億円を特別損失として計上した。2007年の本社工場売却の判断は、売却益724億円と賠償64億円という両面で後年の財務に影響を与えた。2010年1月には富津工場を新設して羽田の製造機能を移転し、生産拠点再編は完了した。2012年には前田東一が社長に就任し、2015年6月には指名委員会等設置会社へ移行した。2007年の横領事件から8年かけてガバナンス体制を整え直した到達点が2015年の指名委員会等設置会社への移行であり、2000年代の2つの不祥事を組織的に総括する形での統治体制改革が完成した。この統治改革は、以後の経営陣選任プロセスと経営陣の権限構造をはっきりさせる基盤となる。