東京大学の大学院に在学していた３名（福島良典氏、吉田宏司氏、関喜史氏）が、2011年にニュースの閲覧サービス「グノシー」を開発した。1日1回、25件の記事をユーザーに提示するサービスであり、ブラウザとメールで提供された。
Gunosyはユーザーによって個別に記事がレコメンドされる点が新しく、Twitter、Facebook、はてなブックマークのログインアカウントと連携が可能であった。加えてSNSを通じた拡散によって、グノシーはユーザーへの認知度を高めることになり、SNSの普及がグノシーの成長を後押しした。
グノシーのヒットを受けて、2012年にグノシーを株式会社として設立する。2012年12月に共同創業者3名に対して、株式をそれぞれ1/3ずつ割り当てることで、会社設立時点で、資本面における共同創業者3名の立場は対等であったと推察される。経営面では福島氏が統括し、技術面では吉田氏（アプリケーション開発）と関氏（レコメンド開発）の２名がリードした。
2012年にはiOS/Android向けのアプリも開発し、スマホアプリ企業としての色彩を濃くした。この時、グノシーのデザインは、同じく会社が設立されたばかりのグッドパッチが請け負い、グノシーの成長とともにグッドパッチの名前も広まった。
Gunosyの開発チームは東京大学で自然言語処理と機械学習を専門に研究しています。特にソーシャルメディアと言われる分野を自然言語処理的なアプローチで解析することが得意なチームです。この分野の研究はまだ勃興したばかりであり，名高い研究者や大企業相手に若い研究者や起業家が勝つ可能性のある(数少ない)分野の１つです。さらに機械学習的なアプローチで，Gunosy上でのユーザーの行動から興味を学習し，より精度の良い推薦ができるようになっています。機械学習の分野も割と新しい分野で、これからweb上にたまったビッグデータをどう解析するかという分野にどんどん応用されていくはずです。
2013年を通じてグノシーは資本政策を大きく転換した。2012年12月に行われた増資によって、共同創業者３名がそれぞれ1/3の株式を保有していたものの、2013年2月の第三者割当増資によって株主構成が大きく変化した。
この増資では、3160万円を木村新司氏など（大半が木村氏と推察）から調達したが、問題は評価額であった。この時のグノシーの評価額は7240万円と推定され、この増資に参加した株主がグノシーの株式の43%を保有することになった。加えて、この増資には共同創業者３名が割当に参加しておらず、結果として創業者の株式持分が希薄化した。さらに、共同創業者の株式が1/3に分散していたこともあり、この増資によって木村氏がグノシーの筆頭株主（推定超40%保有）となった。
筆頭株主である企業経営者にとって、普通株式を第三者に過半数近くを付与することは「経営難や諸事情により事業譲渡を見据えている」場合に発生するが、グノシーのように成長企業では珍しい資本政策となった。そして、この資本政策によって、共同創業者は、自らグノシーの議決権の過半数と、株式上場時における売り出しによる利益を、実質的に放棄する形となった。
すなわち、グノシーの共同経営者は、評価額を下げたことによって、数千万円の資金調達には成功したものの、自らの株式を希薄化させてしまった。そして、2015年の株式上場時に、共同創業者の株式持分が極端に低いことが公表され、様々な憶測をよんだ。
2013年にグノシーはKDDIと業務資本提携を締結。優先株式の発行による第三者割当増資によって、KDDIやベンチャーキャピタルから累計12億円の資金調達を実施した。2013年当時、設立1年目のベンチャー企業が10億円規模の資金調達をすることは珍しく、注目を集めた。
資金調達の用途は、テレビCMの放映によるアプリユーザーの獲得にあった。
2014年5月期を通じて、テレビ広告に年間12億円、ネット広告に年間3億円をそれぞれ広告費として投資したと推察される。この結果、グノシーは年間500万DLを突破し、ユーザーの獲得に伴う広告収入の増大をもたらした。
業績面では、広告収入が売上高として計上され始めた。2014年5月期のグノシーの売上高は3.5億円に対して、当期純損失13億円を計上した。
ただし、借入ではなく増資による資金調達によって、財務基盤は安定しており、自己資本比率は88.2%を確保するなど、財務リスクの毀損を被らない範囲での思い切った広告投資であった。
テレビCMによるアプリのアクティブユーザーが急増したことを受けて、2015年度を通じて、引き続き広告宣伝に投資を継続するためにC種優先株式の発行による資金調達を実施した。この段階でグノシーの評価額は100億円を突破し、ニュースアプリに対する期待が高騰した。
2015年にグノシーは東証マザーズへの株式上場を果たした。大学生のベンチャー企業が、会社設立から3年目の株式上場を果たしてスピード上場となった。
一方で、新規上場の有価証券報告書（１の部）に記載された共同創業者の株式持分の比率が3%台である事実が公表され、様々な憶測を読んだ。
共同創業者である福島氏は、2019年にグノシーの子会社であったLayerX（グノシーとAnyPayの50:50合弁会社）の株式を取得し、独立した。2019年時点のLayerXの売上高は1.04億円に対して営業利益が100万円であり、MBOによってグノシーのLayerXの株式保有比率は50%から5%に低下した。
2020年5月期にグノシーはLayerXの売却価格1.3億円計上（このうち、流動負債・非支配株主持分・投資勘定を控除した売却益は0.9億円）しており、この金額水準で福島氏がLayerXの株式を取得したと推察される。
これを受けて、福島氏はグノシーの経営陣から退任。代わりに、筆頭株主である木村新司氏(2021年度5月期末時点で株式の23.38%を保有)がグノシーの代表取締役会長に就任した。
なお、2019年5月期にグノシーは売上高120億円に対して純利益20億円を計上しており、業績は好調に推移した。
2020年にグノシーの創業期からの株主である木村真司氏が、代表取締役CEOに復帰した。
木村CEOはグノシーの時価総額1000億円の目標を掲げた。これを実現するための注力事業として、既存のニュースメディア「Gunosy」に加えて、ゲームメディア「ゲームエイト」（2015年買収）、株式投資の３つの領域に投資する方針を明確にした。
2020年3月17日にグノシーの子会社「株式会社digwell」において、虚偽広告を作成している疑いが毎日新聞によって報道された。毎日新聞の独自スクープによれば、グノシーは美容（育毛剤・化粧品）領域において事実と異なる謳い文句をのせたLPを作成して、広告として配信した疑いがもたれていた。
LPの作成に従事したアルバイトの証言では、グノシー子会社の社員の指示によって、美容用品に関する虚偽広告を作成したらしい。
グノシーによる発表ではなく、毎日新聞の報道というスクープによる告発ということで、グノシーの広告事業に対する信頼が失われた。2020年9月に東京都は医薬品医療機器法違反でグノシーを行政指導した。
2020年以降、グノシーの主要な収入源であった広告事業による収益が低下し、2021年5月期までの2期連続で連続減収を計上した。利益も3.8億円へと低下し、事業効率が悪化したためグノシーの株価も低迷した。
そもそもの問題は、グノシーの収入源である広告における審査の厳格化が影響している。グノシーの売掛金の計上先は（2015年に開示された情報をもとにすると）セプテーニ、サイバーコミュニケーションズ、CyberZなどの広告出稿主（広告枠の買付）であり、「グノシーのアプリに広告を送信したい」という出稿主と密接に関わっている。そして、これらの広告の出稿主は、グノシーの広告において不正な広告が配信されていたことを問題視し、グノシーへの広告配信を縮小した可能性がある。
この結果、木村新司氏の代表取締役会長の就任以来、グノシーの収益力は大幅に低下した。
2022年にグノシーは、既存の広告収入を中心としたビジネスから脱却するために、Gunosy投資事業組合を設立して投資業に本格参入した。
投資事業の一環として、2022年4月にインドのGaragePreneurs Internet Pvt. Ltd.（代表：Rajan Bajaj）に対する追加出資を行い、持ち文法適用関連会社(18.5%)とした。GaragePreneursはすでに2019年にグノシーが投資していた決済企業で、2021年12月時点で時価総額1000億円を超えた(ただし未上場)と公表していた。累計投資額は約20億円に及んだ。
なお、GaragePreneurs社の事業内容は、クレジットカードのサービスを提供するアプリ「slice」を展開しており、若者などの与信が通りやすいことによって普及したサービスであった。クレジットカードを軸としつつも、アプリの体験は後払いに近いサービスであり、所得の低い層でも利用できる決済アプリとして支持を集めていた。
ただし、これは若者への与信枠の提供という金融業への参入を意味しており、インド政府の規制によっては事業が行き詰まるリスクを背負うことを意味した。