2013年2月、ウノウの設立・売却を経験した山田進太郎が株式会社コウゾウを設立した。「プロダクトの質こそが勝敗を分ける」という確信のもと、スマートフォンに完全特化したフリマアプリの開発に着手した。当初はWebViewで開発を進めていたが、4月に既存コードを廃棄してネイティブへ切り替え、7月にAndroid版、続いてiOS版をリリースした。山田は創業の動機について「限りある資源を循環させ、より豊かな社会をつくりたい。インターネットサービスは使われなければ意味がない」（mercan 2019/06）と語っており、資源循環というテーマがスマホ前提のCtoC設計と結びつく。PC前提ではなくスマホだけで取引を完結させる設計思想を貫くため、開発の途中でアーキテクチャを組み直す判断を早い段階で下した。

オークション方式ではなく即決価格を基本とし、出品から購入・決済・配送までをアプリ内で完結させる設計とした。従来のPC前提のオークション型では出品・取引の手間が、CtoC取引は一部の慣れた利用者に限られていた。メルカリはこの摩擦を取り除くことで、個人間取引に参加していなかった層の参入を促し、フリマアプリという新カテゴリそのものを市場に定着させた。スマホ一台で売買が完結する体験設計が、ネットオークションとは別の利用者層、特にスマホを主デバイスとする若年層や女性利用者を呼び込む入り口として働いた。ここで掘り起こされた新しい利用者層が、その後の広告投資が効く下地となり、先行者としての規模の優位にもつながった。

2014年3月に14.5億円の資金調達を実施し、5月にテレビCMの放映へ踏み切った。スタートアップとしては異例の判断であり、小泉文明は入社後3カ月で資金調達・CM制作・仙台CSオフィス立ち上げを同時並行で実行した。CM放映後の半年でダウンロード数は500万から700万に伸び、ニッチからマスへの転換点となった。マスマーケティングを早い段階で投入することで、アプリ単体の機能ではなく生活者の認知を同時に作りにいく戦略をとり、調達した資金の大部分を広告費として投下するという、通常のスタートアップとは異なる資源配分を選んだ。利用者の純増を待たず自力で認知を押し上げる一手であり、以降の資金調達と広告投入のリズムを決める起点になった。

2015年度の売上高は42億円、広告宣伝費は41億円で、売上の97.6%を広告へ投じた。翌年度も55.7%、その翌年度も64%と、3年間で広告宣伝費率は一貫して50%を超えた。この投資はネットワーク効果の臨界点にいち早く到達するための「市場の購入」であり、後発サービスの追随を構造的に困難にした。利用者数とリスティングの厚みを同時に積み上げ、買い手と売り手の相互誘因が働くCtoC特有の成長ループを先回りして回すことで、後発の競合に対する参入障壁を築いた。通常の企業であれば利益を確保するために広告費を絞り込む局面で、メルカリは逆に売上とほぼ同額を広告に注ぎ、短期の赤字と引き換えに市場地位を先取りする戦略を一貫させた。

2016年3月に三井物産などから83.5億円を調達し、評価額は約1200億円に達した。競合が本格参入する前に圧倒的な規模と認知を確立し、市場構造そのものを固定化する狙いがあった。2018年6月に東証マザーズへ上場し、時価総額は一時7000億円を超えたが、上場後は赤字拡大が続き、株価は3分の1まで暴落した。日本市場の制圧という成果の裏側で、先行投資による赤字拡大と、上場後に厳しく問われる収益性への市場の視線とのあいだに緊張が生じ、未上場時代の成長ストーリーと上場後の採算規律との折り合いをつける局面へ入った。期待値の高さが裏目に出て、投資家との対話の軸が成長性から採算性へ移る分岐点となった。

2018年7月にはシステムのマイクロサービス化に着手し、急成長期に蓄積してきた技術的負債の解消へ取り組んだ。サービスの分割に合わせて組織も相似形に切り直す「逆コンウェイの法則」を試みたが、ソフトウェアは修正できても組織の再編には数カ月を要するという非対称性に直面した。技術構造と組織構造を同時に変えるコストの大きさが露わになり、成長期に先送りしてきた内部整備を事業運営を止めずに走りながら進めるという、急拡大したスタートアップに特有の難題が、上場後の経営課題として本格的に顕在化した。プロダクト中心で走り抜けてきた会社が、組織設計やガバナンスという遅い変数にも時間を割かざるをえなくなる過渡期でもあった。

2014年1月に米国子会社を設立し、9月に手数料無料でサービスを開始した。日本で急成長したスマホCtoC体験をそのまま横展開する戦略であったが、eBayやFacebook Marketplaceなど既存プラットフォームが深く根付いている米国市場では、日本のような優位性を発揮できなかった。2018年に103億円、2021年に78億円の減損を計上し、累計181億円の損失を生んだ。手数料無料という先行投資でも利用者の移行コストを崩しきれず、市場構造の違いが数字として跳ね返り、日本での勝ち筋をそのまま米国に当て込むことはできないという事実が浮かび上がった。先行者がすでにネットワーク効果を享受している市場へは、広告投入型の速攻では食い込めない構造だった。

日本での成功は、スマホCtoC市場が未開拓であったことと、テレビCMによる短期間での認知獲得がかみ合った結果だった。米国ではこの両方の条件が欠けており、日本モデルの単純な「再現」ではなく、現地市場の実情に合わせた「再発明」が必要だった。山田は後年、2000人規模まで拡大した経営の難しさについて「僕の経営者としての能力不足だった」（東洋経済オンライン 2024/09）と振り返り、「芽のない事業は潔く撤退する。数字を慎重に見ながら、セーフモードな経営を継続する」（Business Insider Japan 2020/08）と方針を転換した。未開拓市場で先行者利得を取りにいく攻めの経営から、勝ち筋が見えた領域に資源を集中する規律ある経営へと、創業期から引き継いできた経営スタイル自体の切り替えを迫られ、成長戦略の設計思想もこの時期の経営会議で見直された。

2017年11月にメルペイを設立し、フリマアプリ内の売上金を決済に利用できる仕組みを構築した。フリマの売上金という独自の資金循環を持つメルカリにとって、隣接する決済領域への進出は事業構造上の自然な拡張だった。2019年にはPayPayの「100億円還元キャンペーン」に対抗すべくメルペイに経営資源を集中投入し、シェアサイクル事業メルチャリを売却した。決済市場で消耗戦が始まるなか、周辺事業を整理して本命の決済領域にヒト・モノ・カネを集中する選択を取り、祖業のフリマと決済の2本柱で戦う体制へ切り替えた。フリマの売上金を起点にユーザーを決済へ誘導できるという、他の決済事業者にはない独自の導線が、投資の合理性を支えていた。

あと払いサービスの導入はメルカリの事業構造を質的に変えた。2023年6月期末の貸倒引当金は54億円に達し、未収入金は前年比で353億円増加した。営業キャッシュフローはマイナスへ転落した。取引プラットフォームが信用供与を行う金融機関的な機能を持ち始めたことで、テック企業とは異なる種類の財務リスクが発生している。山田は「ベンチャー経営は1回死んだら終わりのゲーム。だからこそ、そうならない対策を重視していく」（Business Insider Japan 2020/08）とリスク管理の姿勢を語っており、フリマの手数料のように積み上げにくい安定収益を信用供与の残高と利息収入で取りにいく構造へ踏み込んだことで、貸倒の管理や資金繰りへの目配りが、従来のテック経営にはなかった経営課題となった。