1942年12月、日本水産や日魯漁業を含む大手水産会社18社の陸上部門を統合するかたちで帝国水産統制株式会社が設立された。資本金は当時として5000万円で、全国約220か所の冷凍・製氷・冷蔵工場を一括継承し、各港湾に分散配置されていた拠点網がそのまま新会社の事業基盤として引き継がれた。個社の成長戦略ではなく戦時下の国家による鮮魚需給管理を優先した国策統合であり、製氷事業が主力に据えられたのも軍需優先の鮮魚流通を支える実務要請に応えるためだった。戦時統制経済の枠組みのなかで官民一体の物資統制機関としての性格を強く帯びた特異な出発となった。

終戦後の1945年12月、会社は社名を日本冷蔵株式会社へ改称し、冷蔵倉庫業と水産加工を中心とする民間企業として再出発した。1949年には東京証券取引所に上場し、日本水産をはじめとする大株主との資本関係を整理したうえで独立系企業へと位置づけを転換した。戦時期に全国規模で構築された分散型の工場拠点網は地域リスクを分散する効果をもち、戦後復興期の不安定な需給環境でも安定した収益源であり続けた。統制会社という出自は、戦後の自由競争下でも立地の優位性として経営資源に残り、以後の多角化展開を下支えする基盤となった。戦時統合で集約された冷蔵倉庫網は、冷凍食品の流通が本格化する1960年代以降、同業他社に先行する土台として効いてくる。

1951年に社長に就任した木村幸鉱二郎氏は、冷蔵倉庫業と水産の一次加工に依存した従来の事業形態に疑問を抱き、ニチレイを「設備をもつ会社」から「食品を売る会社」へ転換させる方針を掲げた。水産食品・冷凍食品・煉製品・缶詰・畜産食品の5分野に事業領域を広げる戦略を採り、1961年度に発表した総合5カ年計画では累計170億円の投資を実行し、その配分は冷凍関連に80億円、食品事業に90億円とした。売上構成では冷蔵倉庫事業が中心でありながら、投下資本では食品側に傾斜させたこの配分に、総合食品メーカーへの転換意志が表れていた。倉庫事業のキャッシュフローを食品事業の設備投資に回すという、ニチレイ流の内部資金循環モデルの原型でもあった。

しかし1970年代に入ると利益を超える規模の設備投資が借入金で賄われ、財務負担が経営全体の負担として蓄積した。拡張した5分野のうち水産食品や缶詰は他社との差別化が難しく、煉製品や畜産食品もそれぞれ専業メーカーとの競争に直面した。1980年3月期には創業以来の主力だった水産部門が赤字に転落し、取扱量の拡大を前提としたビジネスモデルが原料価格の変動に脆いという構造が経営危機として表面化した。ニチレイは不採算な取引や品目の整理を進め、水産部門を「量の事業」から「選別された事業」へ位置づけ直す構造改革に踏み出し、多角化の戦略を利益体質を軸に再設計する段階に入った。

1985年、日本冷蔵株式会社は商号を「ニチレイ」へ変更し、「N」マークを中核に据えた新CIへ刷新した。冷蔵倉庫の会社という社会的連想を切り離し、総合食品企業としての認知を市場と消費者に対して再構築する狙いが商号変更の背景にあった。社内では「明日のニチレイ」キャンペーンや「FN運動」と呼ばれる全社運動が展開され、品質管理と職場改善を通じた現場主導の改善活動が組織の隅々に浸透した。商号変更は社外向けのブランド施策にとどまらず、倉庫会社から食品会社への従業員の意識転換を実態面から裏づける長期のプロセスとして働き、次の成長段階における事業構造の組み直しを支えた。

同時期、家庭向け冷凍食品のマーケティングも本格化した。1985年の「24hr.」シリーズ投入、1986年のお弁当向け商品群展開、1988年のアセロラドリンク発売、1989年の「原宿ドッグ」家庭向け転用など、商品開発と広告投資を組み合わせた施策が次々と市場に出た。冷凍食品の売上は1990年代初頭までに1000億円規模に達し、家庭の食卓における冷凍食品の存在感は短期間で高まった。ただし小売店舗における特売値下げの常態化が収益性を圧迫する構造問題は解消されず、数量的な成長と利益率のあいだに矛盾を抱えたまま、ニチレイは次の成長段階へ進み、家庭用冷凍食品を収益源とする体制に移った。

1989年、ニチレイは社内に「物流プロジェクト」と呼ぶ組織横断の推進体制を発足させ、既存の冷凍物流事業の再定義に着手した。保管を前提とせず商品の移動と処理を事業の中心に据える「システム物流」構想が経営陣から示され、仕分け・通関・軽加工・配送を一体で提供する付加価値型モデルへの転換を行った。1990年には従来の「冷凍工場」という名称を「物流サービスセンター」へ改称し、L字型プラットフォームによるバース集約やオンライン化を通じた情報管理の仕組みを導入した。これが大手小売業との取引拡大に直結し、冷凍倉庫業は物流サービス事業へと性格を変えた。

この物流事業改革と並行して、戦時統制期に取得した都心部の旧工場跡地の再開発も進んだ。1988年に旧明石町の工場跡地をオフィスビルとして再開発したのを皮切りに、勝鬨橋工場跡地・東京工場跡地・湊ビルなどが都市再開発の対象地になった。ニチレイは跡地を売却せず保有を続けたまま賃貸収入を得る戦略を取り、食品事業や物流事業とは性格の異なる安定収益源がグループ内に確保された。戦時統制期に取得した分散立地の工場拠点が40年以上の時を経て都心の不動産資産として価値をもち、時間軸の長い資産戦略が実を結んだ。食品・物流・不動産を軸とする3本柱の経営構造の原型が、形を成した。

2007年、ニチレイフレッシュは株式会社イシイとの合弁事業で岩手県九戸郡洋野町に洋野農場を建設し、純国産品種「純和鶏」の育成を開始した。独立行政法人家畜改良センター兵庫牧場で育種改良された原種鶏を導入し、原種鶏から孵化・飼育までの全工程を自社で一貫管理する直営養鶏事業を始めた。日本の養鶏産業は肉用鶏の原種鶏の9割以上を海外輸入に依存しており、鳥インフルエンザの発生による供給途絶リスクが業界の構造的脆弱性になっていた。純和鶏プロジェクトはこのリスクに対する垂直統合の自衛策であり、同時に供給安定性を長期の競争優位として確保する戦略でもあった。

2012年には処理・加工・販売の各機能を担う「フレッシュチキン軽米」を岩手県軽米町に設立し、生産から加工までの全工程を自社グループ内で完結させる一貫体制を築いた。年間150万羽から160万羽規模の出荷を想定した純国産鶏の生産体制は、原料から最終製品までのトレーサビリティ確保を目的とし、安全性と品質をブランド価値として訴求する中核戦略の基盤となった。原料調達という川上領域での垂直統合は、単純な価格競争力ではなく品質訴求を軸にした差別化を可能にする経営資源として働き、ニチレイフレッシュ事業の独自ポジションを築く土台となった。この戦略は後の海外展開の基礎にもなった。

2010年7月、ニチレイロジグループの欧州子会社はフランスの低温物流事業を営む現地会社4社を総額約2400万ユーロで買収した。中核となったTransports Godfroy社は北フランスを拠点にフランス全土への配送網をもち、ルアーブル港をはじめとする主要港湾と内陸部を結ぶ立地に強みがあった。冷蔵倉庫3社との組み合わせで保管と輸送を一体で提供する運営体制を欧州市場に築き、国内で磨いた保管・輸送一体運営のノウハウを欧州市場へ適用する試みとなった。買収によってコールドチェーンの海外展開が具体的な事業として形を成し、物流事業の収益源を国内偏重から国際分散へ広げる転機となった。

国内では冷凍米飯の需要拡大に対応するため、2023年に福岡県宗像市での新工場建設計画を決定した。投資額は115億円規模で、既存の船橋工場と合わせて東西2拠点の生産体制を築き、長距離物流コストの低減と供給網の強靭化を同時に狙った投資と位置づけた。2013年の米国食品会社取得なども含め、コールドチェーンの国内深化と海外展開を並走で進める経営方針はニチレイに一貫している。加工食品の品質訴求、物流の一体運営、都心不動産による安定収益という3事業の経営構造が、完成形に近づき、事業別に最適化された資本配分がグループ全体の利益体質を支える段階に入った。