1967年5月、森島征夫氏は兵庫県尼崎市大西老松町に有限会社スタミナ食品を設立し、牛・豚の内臓肉販売を開始した。森島氏は1939年静岡県磐田市生まれ、新大阪ホテル・ヤマトシャツ貿易部・スエヒロ食品を経て1965年に独立、1967年5月の法人設立がエスフーズの起点となる。当時の日本の食肉流通では、ロース・バラなどの正肉が主役で、ハツ・レバー・小腸といった内臓部位は地方の焼肉店や個人事業者に細々と流通する周辺商材だった。森島氏は内臓肉に商機を見出し、調達と販売の専業に踏み込んだ。創業地の尼崎は阪神工業地帯の労働者向けに焼肉文化が定着していた地域で、内臓肉の地場需要は厚かった。

1970年1月、スタミナ食品株式会社（資本金300万円）に組織変更し、同年11月には兵庫県尼崎市武庫川町に工場を新設して本社も移転した。創業から3年で個人経営の延長線上にあった事業を法人格と自社工場を持つ食肉加工業へ作り替えた。製造機能の内製化は、外注では確保できない冷蔵・カット・包装工程の品質管理を自社の判断で行えるという意味があり、内臓肉という鮮度劣化の早い商材を扱う事業者にとって決定的だった。

1972年1月、米国から内臓肉（牛上みの＝牛の第2胃）の開発輸入に成功した。米国の食肉産業では牛の内臓部位は食用習慣が乏しく、副産物として安価に流通していた。森島氏は米国産小腸・上みのなど内臓部位を日本に輸入する経路を作り上げ、国内産だけでは賄えない調達規模を確保した。1980年代以降の米国産牛肉輸入卸売事業の基盤も、この内臓肉輸入の経路から作られた。1978年3月にはスタミナフードサプライ株式会社（現・連結子会社 株式会社味兆）を設立し、調味済み内臓肉の卸売機能を分社化した。創業から10年で、内臓肉専業の食肉加工卸として地場では確固たる地位を築いた。

1982年7月、牛内臓肉加工品「こてっちゃん」を発売した。発端は森島社長が1981年1月に発した、小腸を使った商品をつくれという指示だった。当時の小腸は焼肉店向けの生肉流通が中心で、家庭向けの加工品としての商品化は進んでいなかった。スタミナ食品は米国産牛小腸の大量調達経路を持ち、味付け・包装した即食タイプの加工品をスーパーマーケット向けに供給するという商品設計に踏み込んだ。商品名「こてっちゃん」は「小腸」と「ちゃん」を組み合わせた親しみやすい呼称で、家庭用加工食品としての参入を狙った命名である。社長一声の現場指示が、後のヒット商品に直結した事例となった。

「こてっちゃん」は発売から数年で全国スーパーマーケットの定番商品となり、1984年1月には兵庫県西宮市鳴尾浜に本社社屋・工場を建設して移転した。1985年11月には本社近隣地に生肉加工工場（現・西宮第二工場）も建設し、内臓肉専業から正肉も扱う総合食肉加工業へ業容を広げた。当時の食肉加工業界では伊藤ハム・日本ハム・丸大食品など大手3社がハム・ソーセージ市場を支配しており、新規参入の余地は限定的だった。スタミナ食品は内臓肉と味付き加工品という大手3社が手薄な領域に資源を集中し、独自のポジションを確立した。

1987年9月、千葉県船橋市高瀬町に東京本社・船橋工場を新設した。関西地盤の同社が東京拠点を構えたのは関東圏のスーパーマーケット向け供給網を本格化させるためで、関東の卸売・小売の取引拡大を狙った投資だった。同船橋工場は2009年に譲渡することになるが、1987年から2009年までの22年間、関東圏の事業基盤として機能した。一方、米国産内臓肉輸入で築いた取引関係を上流に拡張する動きが並行して進んだ。

1989年4月、米国のネブラスカ州に丸紅株式会社らとの合弁でFREMONT BEEF COMPANY（現・連結子会社）を設立した。同社は牛の食肉処理・加工を行う現地拠点で、スタミナ食品にとって米国産牛肉・内臓肉の調達経路を上流まで取りに行く意思表示となった。輸入卸という流通の中間段階だけでなく、現地での食肉加工と日本への輸出までを自社グループで賄う構造に踏み込んだ判断である。米国では牛の小腸を食べる習慣がなく、不要部位として処分される副産物だった事実が、1980年代の米国産小腸調達の合理性を支えた。日本市場の需要に合わせて加工・輸出するという経路を内製化した経緯がここにあった。同年8月、日本証券業協会の店頭登録銘柄として株式を公開し、上場会社としての資本市場での評価を受ける立場となった。

1992年8月には牛内臓肉加工品「牛・もつ鍋」を発売、1993年4月には千葉県船橋市浜町に船橋第二工場を新設した。「こてっちゃん」に続く加工品ラインの拡張と、関東圏の生産能力増強を並行して進めた時期である。1994年7月には大阪証券取引所市場第二部に上場、1999年12月には東京証券取引所市場第二部にも上場した。1989年の店頭登録から10年で2部上場までの段階を上り、関西の中堅食肉加工業者から全国規模の上場会社へと位置付けが変わった。

2000年8月、社名をスタミナ食品からエスフーズ株式会社へ変更し、東京証券取引所・大阪証券取引所両市場第一部に指定された。社名のエスは「Stamina」の頭文字とも、創業地・尼崎の S とも解釈される。創業期の「スタミナ食品」という商品想起の強い社名から、より広い事業領域を扱う総合食肉加工業者にふさわしい簡潔な英文社名への切り替えである。2001年7月にはISO9001を製品事業部及び開発センターを含む全3工場で取得し、品質管理体制の国際標準化を進めた。BSE問題（2001年9月の国内初発生）を契機に食肉業界全体でトレーサビリティ強化が必須となる前夜の動きだった。

2004年9月、株式交換により株式会社ムラチクを完全子会社化した。ムラチクは村上真之助氏（1957年3月生まれ、18歳で村上畜産入社）が1982年に設立した食肉加工会社で、神戸ビーフ・松阪牛など和牛ブランド肉の流通を強みとしていた。同時に株式会社エムアンドエム食品（村上氏が1981年設立、現・連結子会社）と株式会社オーエムツーネットワーク（現・連結子会社）とその連結子会社も関係会社化した。エスフーズが米国産・輸入肉中心の食肉加工業者だったのに対し、ムラチクは和牛ブランド肉の流通網を持つ別系統の事業者で、両者の統合は内臓肉・米国産輸入肉・和牛ブランド肉という3つの商材軸を1グループに束ねる結果となった。村上氏はこの完全子会社化を機に2004年9月、エスフーズの代表取締役副社長兼食肉本部長として入社した。

2005年3月、ムラチクを吸収合併し、同時にFREMONT BEEF COMPANYの株式を丸紅らから譲り受けて完全子会社化した。1989年の合弁設立から16年、米国食肉加工拠点をエスフーズの単独保有に切り替えた判断である。2005年8月には株式会社オーエムツーネットワークの株式を追加取得して連結子会社化、2007年3月には同社が株式会社焼肉の牛太を取得して外食事業にも参入した。2007年5月には藤栄商事を、2008年10月には株式会社ヒョウチクを、2009年3月には九州相模ハムをそれぞれ取得し、食肉加工・外食・地方ハムメーカーまで含む同業統合を加速した。2006年3月、森島征夫初代社長は代表取締役会長へ退き、村上真之助氏が2代目代表取締役社長に昇格した。創業者から非創業家経営者への承継であり、その後の連続買収による事業領域拡張は村上社長体制下で進められた。

2010年4月、株式会社北海道中央牧場の全株式を取得した。同社は北海道で牛の肥育・繁殖を行う牧場経営会社で、エスフーズにとって畜産（生産）段階まで上流統合を進める意味があった。2011年9月にはエスフーズと北海道中央牧場が出資して株式会社日高食肉センターを子会社化、2012年1月には神戸ビーフの輸出を開始した。和牛ブランド肉のグローバル展開という新たな成長軸への参入である。2014年1月にはグリコハム株式会社（現・連結子会社 株式会社フードリエ）の全株式を取得し、ハム・ソーセージ・調味料事業に本格参入した。グリコハムは江崎グリコの食肉加工子会社で、製パン・冷食向けの業務用加工品でも一定のシェアを持っていた。エスフーズは自社の食肉本部とフードリエの加工技術を組み合わせ、ハム・ソーセージ・調味料領域でも事業基盤を獲得した。

2015年12月、連結子会社SFA INC.がAURORA PACKING COMPANY, INC.の全株式を取得した。AURORA PACKINGは米イリノイ州オーロラに本社を置く牛肉加工会社で、米国市場向け牛肉処理・加工と日本向け輸出の両方を手がけていた。FREMONT BEEFがネブラスカ州、AURORA PACKINGがイリノイ州と、米国食肉産業の中核地に2拠点を抱える体制となった。AURORA PACKING買収後の2015年から2020年にかけてエスフーズの連結売上高は2,425億円（FY15）から3,275億円（FY20）へと8割拡大し、米国食肉加工の自社処理能力を抱える垂直統合グループという特色が強まった。2020年1月には千葉県船橋市高瀬町に東京支店を建設し移設、2022年4月には東京証券取引所の市場区分見直しに伴いプライム市場へ移行した。

連続買収の累積で、エスフーズの事業構造は2024年2月時点で食肉等の製造・卸売事業（FY23売上3,927億円、営業利益116億円）、食肉等の小売事業（同240億円、16億円）、食肉等の外食事業（同75億円、5億円）の3セグメントに整理された。全社売上の92%を製造・卸売事業が稼ぎ、ハム・ソーセージ・調味料を含む加工食品事業、米国2拠点の食肉処理事業、和牛輸出事業、ムラチク経由の和牛ブランド肉流通事業がここに集約されている。村上社長はこの構造を「事業の垂直統合の利点を最大限に生かして」（FY24事業報告書）と表現しており、食肉加工・流通・外食の全段階を1グループに集めた経営を「垂直統合事業」と命名している。

2023年10月、村上社長は週刊誌報道で「『プロミス』創業者妻の相続資産138億円を狙った『こてっちゃん』社長の脂っこさ」と題する記事の対象となった。記事中では村上社長が消費者金融プロミス創業者・神内良一氏の所有していた神内ファーム21（北海道の大規模畜産農場）について「俺が継いだろ！」と相続資産の引き継ぎを申し出た発言が紹介された。神内ファーム21は2007年に神内氏が設立した大規模畜産経営事業で、和牛・乳牛の繁殖肥育を北海道で行っており、エスフーズの上流統合（畜産段階の自社化）の文脈で評価された一手である。

2024年4月、エスフーズは中期経営計画（FY24版・初回開示）を発表し、米国オーロラ新工場の建設を主要施策に位置付けた。同工場は2026年2月期完成・2027年2月期フル稼働の予定で、AURORA PACKINGの食肉処理能力を2.5倍規模に拡張する投資である。「成長を続ける世界と少子高齢化が進む日本との経済バランスの変化に対応したエスフーズ独自の事業戦略」（FY24事業報告書）と村上社長は説明しており、国内市場の縮小を前提に米国・和牛輸出という海外需要を取り込む路線である。2025年4月版（FY25中計）では海外事業立ち上げの遅延・不振を受けて新工場稼働を後ろ倒しに修正し、2026年4月版（FY26中計）では2027年2月期売上5,000億円・営業利益100億円、2029年2月期売上6,000億円・営業利益170億円という目標を提示した。

FY24（2025年2月期）の連結業績は売上4,445億円・営業利益51億円・経常利益63億円・純利益26億円となり、前期（売上4,250億円・営業利益126億円・経常利益143億円・純利益90億円）と比べて大幅に減益した。AURORA PACKINGをはじめ海外事業の構造改革コストが計上された期である。1967年の創業から58年、内臓肉販売の小さな個人事業から始まったエスフーズは、和牛ブランド肉・米国食肉加工・ハム/ソーセージ・外食を抱える売上4,445億円の上場食肉総合グループへと作り替えられた。「事業の垂直統合の利点を最大限に生かして」という事業構想の実現可能性は、米国オーロラ新工場2027年フル稼働後の利益水準で問われる段階に入っている。