1899年、愛知県知多郡東海町（現・東海市）の蟹江一太郎氏は、農林局技手の勧めで西洋野菜の栽培に着手し、その年に最初のトマトの発芽を見た。当時の日本ではトマトは「赤茄子」と呼ばれて家庭料理にはほとんど普及しておらず、栽培しても売り物にならない奇野菜だった。蟹江氏は栽培で余ったトマトを腐らせる代わりに加工する道を選び、1903年にトマトソース（現在のトマトピューレー）の製造・販売を開始した。販路開拓の苦労は語り継がれており、1908年にはトマトケチャップ・ウスターソースの製造・販売も開始して加工品ラインアップを広げた。栽培から加工へ事業重心を移したこの判断が、後年のカゴメの食品メーカーとしての出発点となった。

1914年12月、蟹江一太郎氏は「愛知トマトソース製造合資会社」（現カゴメ㈱）を設立して個人事業から法人形態へ移行した。1917年4月には「カゴメ印」（六角形の籠目模様）を商標登録し、ブランドの基本形を確定させた。1919年6月に上野工場が竣工して製造設備を近代化、1923年4月に愛知トマト製造株式会社へ改組した。1933年8月にはトマトジュースを発売し、ケチャップ・ピューレー・ジュースの三本柱が成立した。トマトジュースは戦後の日本における健康飲料の代表選手となり、カゴメの収益柱として長く機能することになる。蟹江一太郎氏の創業から1962年に長男・蟹江一忠氏へバトンタッチするまで実に約63年、初代は食品業界の創業者として業界で君臨した。

第二次大戦中の食料統制下では、愛知トマト製造㈱は周辺企業との合併・統合を進める時期に入った。1949年8月、愛知トマト製造㈱は愛知海産興業㈱・滋賀罐詰㈱・愛知商事㈱・愛知罐詰興業㈱の関係5社と合併、社名を「愛知トマト株式会社」とした。1949年4月の東京連絡所（現東京支店）開設、1949年7月の大阪出張所（現大阪支店）開設と、東京・大阪への販売拠点展開も同年に進んだ。この5社統合は、戦後の物資不足とブランド統合のなかで、カゴメ印を保有する愛知トマト製造を基幹として地域加工メーカーを束ね、より広域な食品メーカーとしての体制を整える戦略的合併だった。

戦後高度経済成長期に入った1961年4月、カゴメビル㈱（現カゴメアクシス㈱、連結子会社）を本社ビル管理会社として設立、1961年7月に栃木工場（現那須工場）が竣工、1962年6月に茨城工場竣工、1962年7月に名古屋支店開設、1962年9月に研究所開設と、生産・販売・研究の3機能を1〜2年で立て続けに整備した。創業者・蟹江一太郎氏が長男・蟹江一忠氏に経営を譲ったのもこの時期にあたり、創業家2代目への事業承継と、戦後型食品メーカーへの脱皮が同時に進行した。1963年4月、社名を「カゴメ株式会社」に変更、商品ブランドと社名を一致させて、トマト加工品メーカーとしての対外的アイデンティティを確立した。