1906年12月、糖業家の相馬半治が台湾台南に資本金500万円で明治製糖を設立した。日本統治下の台湾は蔗糖の産地として理想的な立地であり、明治製糖は大正から昭和初期にかけて産糖高500万ピクル以上を誇る事業体へ成長した。しかし相馬は製糖業だけにとどまらなかった。1916年には国内の砂糖消費を増やす目的で菓子会社「東京菓子」（後の明治製菓）を設立し、さらに乳業分野にも進出した。砂糖を大量に消費する菓子事業と乳業事業を自社で育てることで、製糖事業の需要基盤を内製化するという垂直統合の発想が根底にあった。需要側まで囲い込む発想が、のちのグループの原型となった。

1940年には乳業部門が「明治乳業」として独立し、製糖・製菓・乳業という三つの柱が揃う明治グループが一応の完成を見た。しかし1945年の敗戦でこの三社体制の完成は崩れた。財閥解体によってグループ内の資本関係は断ち切られ、台湾に保有していた膨大な外地資産は戦後処理のなかで失われた。製糖・製菓・乳業の三社はそれぞれ独立した企業として戦後復興の再出発を強いられ、親元の明治製糖は1984年の解散まで細々と製糖事業を続けながら子会社たちの成長を見続けた。相馬が構想した垂直統合の輪は、外地資産と資本関係を同時に失った敗戦の衝撃で分断されたまま、戦後の国内市場で別個の道を歩み始めた。ここに60年以上にわたる三社分裂の時代の起点があった。

1945年1月の空襲で明治製菓の川崎工場は全焼した。廃墟のなかで経営陣が選んだのは、菓子の復興ではなかった。1946年11月、同社は戦争末期から取り組んできたペニシリンの製造を正式に開始した。背景には実務的な根拠があった。発酵で菓子素材を大量培養してきた技術と設備が、抗生物質の生産にそのまま転用できた。戦後の物資不足のもとで、砂糖などの菓子原料を調達するよりも、高い付加価値をもつ抗生物質を作るほうが事業として成立した。1950年にはストレプトマイシン、1958年には梅沢浜夫博士が発見した国産初の抗生物質カナマイシンの商業化に成功し、自社研究開発型の製薬メーカーとしての地位を固めた。

1958年の「カナマイシン明治」発売は、国立予防衛生研究所の梅沢浜夫博士が研究室で見出した新抗生物質「KJ」を、明治製菓が工業化まで担うという産学連携の帰結だった。川崎工場の薬品部長と工場長が1955年秋から3年がかりで動物実験・臨床試験・量産工程設計までを一貫して担当し、約2億円を先行投資して原末から製剤までの内製化を達成した。菓子と抗生物質をつなぐ発酵技術の共通性は、発売から7年後の1965年、細井徳次郎社長が業界誌インタビューで改めて明言している。

この医薬品参入経路の独自性は小さくない。食品製造で培った発酵技術を医薬品領域へ本格転用したメーカーは世界的にも珍しく、発酵技術を生かして原末から製剤まで一貫して手がける独特の製薬メーカーとして、業界紙でも特筆された（日経ビジネス 1980/8/25）。後年に繰り返し語られる「食と医の融合」という経営スローガンの歴史的な根拠は、戦後復興期の廃墟で下された一つの経営判断のなかにはっきりと見てとれる。当時の抗生物質市場の多くが外資からの製剤購入に依存していたなかで、菓子メーカーが発酵プラントの余力を使って国産抗生物質の一貫生産に踏み込んだ事例は例外的であり、食品と医薬品という二つの主軸を持つ経営モデルはここで骨格を得た。他社には真似のできない独自の出自を、明治グループはこのとき手に入れた。

1963年、明治製菓は抗生物質の原末を製造する足柄工場を開設した。抗生物質培養タンクの総容量は4,500トンに達し、国内最大かつ世界でもトップ5位以内に入る規模だった。原末製造から製剤までを一貫で手がける内製型メーカーとしての投資の本気度を、業界内外に示す形となった。競合の多くが外資から製剤を仕入れて販売する形態を取っていた当時の日本市場で、明治製菓は原末から一貫生産する重い道をあえて選んだ。これは重い固定費と引き換えに、原価面での競争力と品質の一貫管理を同時に手に入れる戦略的な決断だった。他社との差別化の源泉が、この工場投資のなかに埋め込まれていた。

この時点で明治製菓の売上構成は食料部門60%、薬品部門40%と食料部門のほうが大きかったが、研究開発費の配分はおよそ80%が薬品部門に集中していた。菓子部門が生み出す安定収益で薬品部門の研究開発を支えるという特異な構造は、高齢化で医薬品需要が伸び続けた1970〜80年代まで機能した。薬品売上に対する研究開発費比率は7.3%であり、製薬業界の平均を上回る水準を維持した。足柄工場の建設はこの独特な経営構造の起点であり、カナマイシン（1958）、ホスホマイシン（1980）、カルベニン（1987）と続く国産抗生物質の開発拠点としても機能した。収益の柱は食品で、投資の柱は医薬品という、一つの企業に二つの論理が同居するねじれた構造が、以後およそ四半世紀にわたってグループの基本設計を規定した。

1963年時点の明治製菓は国内に11工場・従業員約4,000人の製造網を展開しており、川崎工場（1,349人）は菓子と薬品を併産するグループ最大の拠点、淀川工場（286人）は薬品専業と、抗生物質事業は足柄の新設を待たずに複数拠点で既に稼働していた。戦前に明治製糖の垂直統合の輪に組み込まれていた製造・販売の体制は、敗戦を経ても現場の生産能力としては残り、各事業所が独立企業としての土台を支える形で稼働し続けた（ダイヤモンド会社産業総覧 1964年版）。

1980年3月期、明治製菓は歴史的な転換点を迎えた。食料部門が経常損益で30億円の欠損を計上する一方、薬品部門は61億円の黒字を記録した。国内の菓子需要はすでに7年連続で減少する下降トレンドにあり、さらに農業保護政策の影響で原料となる砂糖・乳製品・小麦粉などの国内価格が国際価格のおよそ2〜2.5倍という水準で高止まりしており、構造的なコスト高が慢性化していた。菓子部門が記録したこの初めての30億円規模の欠損は、経営陣に深い衝撃を与えた。事業の主役が交代する瞬間が目前に迫っていた。社内では本業そのものをどう位置づけ直すかという議論が本格化した。

中川赴社長はこの事態に対し、菓子部門の合理化と薬品部門への経営資源の集中投資という二方面作戦を社内外に掲げた。菓子部門では退職者の不補充と薬品部門への配置転換を基本に、3年間で500人の人員削減を計画し、不採算工場の閉鎖も進めた。薬品部門には売上の10%近い研究開発費投資を維持し、同年10月には大型新薬ホスホマイシンが発売されて月商10億円を超える滑り出しとなった。「菓子は生活必需品から嗜好品的な要素が強まってきました。現在のような大量生産・販売方式ではそぐわない商品になりつつあります」（日経ビジネス 1980/8/25）と中川社長は語り、当時の経営陣が直面した構造転換の認識を率直に表した。

もう一つの源流である明治乳業もまた、経営の自主性が揺らぐ時期を経験した。1970年から20年にわたり、アイスクリーム・チーズ・マーガリンの三事業で米国のボーデン社と業務提携を結び、年間売上250億円（アイスクリーム120億円、チーズ80億円、マーガリン50億円）のブランドを擁していた。1990年、乳製品の輸入自由化をきっかけにボーデン側が日本市場での主導権と事業拡大を要求してきたとき、中山悠社長はこれを拒否した。「明治が下請けになると受け止められてもしかたない提案」（日経ビジネス 1990/12/31）を断った結果、家庭用アイスクリーム市場で約60%のシェアをもつブランド「レディボーデン」を含む年間250億円の事業を、明治乳業は手放した。

業界関係者の評価は、両社にとって痛手という見方でおおむね一致していた。しかし明治乳業の福田耕作専務は「開発力のない会社に未来はない。ボーデンブランド依存から脱却して、自分たちのブランドをつくっていくのだという意欲と熱気が社内に感じられるようになった」（日経ビジネス 1990/12/31）と、前向きに語った。この事業喪失は提携契約下で制約されていた自社の競合品開発を解禁し、明治乳業独自ブランドの構築を加速する転換点となった。短期的な痛みを引き受けつつ、長期的な自立を選んだ決断だった。いまにつながる独自ブランドの原型が、この時期に育まれた。

2008年9月、明治製菓と明治乳業は経営統合に正式合意した。1906年に製糖・製菓・乳業という三つの事業を生み出した源流企業の明治製糖が財閥解体のなかで分解されてから60年あまり、分裂したまま独自に国内食品市場で成長してきた二社が、ここに至って一つの企業体として合流となった。統合の直接の動機は、国内食品需要の長期低迷という共通の経営課題だった。人口減少と少子高齢化で菓子・乳製品市場の自然成長が見込めなくなり、値下げ競争と原料高の板挟みでどちらも単独での収益改善が難しい局面にあった。明治製菓（売上4,140億円、経常利益96億円）と明治乳業（同7,113億円、139億円）はともに国内市場への依存度が極めて高く、統合によって販路や流通の合理化と「明治ブランド」の共有活用を目指した。

統合比率は明治製菓と明治乳業の間で1.0対1.7と設定され、売上規模だけで見れば明治乳業のほうが大きかったが、利益率の高い明治製菓側が企業価値の評価で事実上対等に扱われた。2009年4月には持株会社「明治ホールディングス」が発足し、売上1兆円を超える食品・医薬コングロマリットが誕生した。佐藤尚忠初代社長は「われわれは明治ブランドという共通の武器を持っている」（東洋経済オンライン 2008/9/30）と統合の意義を語った。一方で、旧明治製菓の薬品部門と旧明治乳業の食品部門という異質な二つの事業をいかに一つのグループ戦略に束ねるかという根本的な問いは、発足直後から明確な解を得られないまま宿題として積み残された。

2011年4月、明治ホールディングスはグループ全体の再編を完了させた。旧明治製菓の食品部門を新会社「明治」（旧明治乳業から改称）に移管し、明治製菓の本体は「Meiji Seika ファルマ」として医薬品専業の企業へ転換した。この機能分離の判断は、統合時に表向きに語られた論理（食品ブランドの統合シナジーの実現）とは別の経営判断を反映していた。薬品事業を食品事業の損益から切り離すことで、製薬専業メーカーとして必要な研究開発投資を継続できる独立した体制を新たに作るという意図が経営陣のなかにあった。異質な事業を一つの会社に同居させる難しさを避けつつ、ブランドは統一するという折衷案だった。

この機能分離が実際に機能したのは、2010年代を通してのことだった。食品セグメントの営業利益は2015年3月期に417億円、2018年3月期に842億円と成長を続け、2020年3月期には1,033億円に達した。2015年には乳価改定とプロバイオティクス製品群の価格改定が利益率を押し上げ、食品事業が持株会社の収益の柱として動き始めた。一方で医薬品分野では、2015年のインドの後発医薬品メーカー Medreich 社の買収、そして2018年のKMバイオロジクスの子会社化（425億円）によって、ワクチンと製薬受託製造領域への布石を打った。川村和夫社長が2018年に就任し、自己資本利益率と環境・社会・統治の同時追求を掲げる経営と長期ビジョン2036を打ち出すなど、持株会社の統治フレームワーク自体の更新にも踏み込んだ。

2018年のKMバイオロジクス買収は、のちにコスタイベ（レプリコンワクチン）という国産次世代ワクチン開発の長い助走を支える基盤となった。KMバイオロジクスは、一般財団法人である化学及血清療法研究所の収益事業（ワクチン製造）を引き継いだ会社であり、明治ホールディングスが425億円で取得したことで、グループの製薬パイプラインにワクチンおよび感染症という新領域が加わった。これと並行して、インドの Medreich 社を後発医薬品の製造拠点として育成し、グローバル規模での受託製造・受託開発の受注基盤を整えた。食と医の両面で、次の10年に向けた経営資源の配置がこのころ本格化した。

川村社長が2024年5月の2026中期経営計画でコスタイベを次世代ワクチンプラットフォームとして育成する方針を正式に宣言するまで、このワクチン戦略の準備には15年以上を要した。2020年3月期の全社営業利益は1,027億円に達し、食品と医薬品の二頭体制が順調に動いているように見えた時期である。しかし食品事業の利益は主に主力ブランド品の値上げ浸透と原材料価格の安定に支えられていたというのが実態であり、海外展開の遅れ（中国事業の損失、欧米市場への大規模参入の不在）も重なって、自己資本利益率は統合初期（FY09〜13）の数%から食品成長期の10%台前半まで改善したが、海外食品大手との比較では依然見劣りする水準にとどまり、収益効率の低さは国内外の投資家から繰り返し指摘された。

統合後の明治ホールディングスは売上1兆円という企業規模を確立したが、保有資産を効率的に活用して利益を生み出す点では構造的な問題がくすぶり続けた。食品と乳業という二つの生産ラインを抱える製造コングロマリット型の企業は、設備の稼働率を管理しつつ多品種少量生産を維持する固定費コストが重くなりやすい構造をもっていた。2020年3月期の全社営業利益1,027億円は、売上1兆2,527億円に対しておよそ8.2%という水準であり、利益率そのものは低くないが、総資産に対するリターンで見れば依然として低い数字となっていた。ROEもFY09〜13の2〜6%という低迷期から食品育成期のFY15に15.3%へ一度跳ね上がった後、FY16〜19は12%前後に鈍化し、規模拡大と収益効率の乖離が数字に表れていた。

2020年代に向けて、川村社長は「ROESG経営」という言葉でROEとESGの同時追求を掲げ、3年間で300億円のESG投資枠を設定した。2019年には食と医のシナジー創出を担う「価値共創センター」をホールディングスに設置し、抗老化・免疫増強・マイクロバイオームの3テーマで研究開発側からの融合を進めた。企業としての永続性をもはや保てないのではないかという危機意識が、バックキャスティング型の長期ビジョン2036の策定を促した（ダイヤモンド・オンライン 2021/9/10）。

しかし食品セグメントの数量回復と医薬品の収益性改善という実質的な課題は経営フレームワークの刷新で解決されるものではなく、川村自身も退任を前にした統合報告書で食と医のシナジーが「まだまだ不十分」と率直に認めた。食品コングロマリットの固定費構造を変えるには工場閉鎖と人員流動化というオペレーション上の決断が必要だったが、川村時代にはその踏み込みが後回しになり、コスタイベと Medreich という二つの成長投資が本格化するなかで、2022年度の急激な原材料高という外部環境の変化が重なった。