1911年、久原財閥出身の田村市郎は山口県下関港を根拠地に田村汽船漁業部を個人創業し、後の日立製作所・日産自動車にも連なる久原家の資本を元手に、英国スミス造船所へトロール船を発注して遠洋漁業を始めた。当時の日本水産業は沿岸漁業が中心で、外貨を投じて汽船トロール船を海外から調達する事業者はほとんどおらず、財閥の潤沢な資金と近代装備を結びつけた出発は日本の遠洋漁業近代化の転機だった。個人創業でありながら財閥系資本で英国製トロール船を投入できた創業は、当時の日本水産業では異例であり、資本面での先行優位がそのまま同社の優位性を決定づけた。

資金力で他社を引き離す先行投資と財閥の信用が生み出した漁獲量優位は、1910年代から1920年代にかけての同社の成長を牽引した。遠洋漁場へ送り出したトロール船は漁獲物を船上で処理して国内に供給し、沿岸漁業中心の競合が辿り着けない規模と鮮度で水産物を市場へ流した。漁船を増やせば漁獲が増え、漁獲が増えれば利益が増すという単純な拡大ループが成立し、同社はそのループの中心に財閥資本を注ぎ込む事業者として業界内で首位級の位置を占めた。1919年には株式会社組織の共同漁業へ組織変更して資本基盤を強化し、ファイナンスと運航の両面で近代的な水産会社の型を先取りした。

1920年代を通じて同社は共同漁業として全国規模の水産事業者の体裁を整え、漁獲から一部の加工・輸送までを自社体制で担う垂直統合の兆しも見えていた。しかし事業の中心は一貫して漁船と漁場という海上の資産に置かれ、陸上加工への本格的な資本投下は意識の外に置かれ続けた。漁船への先行投資と財閥の信用で漁獲量を拡大する経営スタイルはこの創業期に型として固まり、以後半世紀にわたり同社の意思決定を縛った。戦後の食糧難から200カイリ規制までを貫く漁労重点主義の原型は、田村市郎が英国にトロール船を発注した瞬間にすでに刻印されていたといってよい。

1920年代後半から1930年代にかけて、同社は遠洋漁業のフロンティアを北太平洋と南氷洋へ広げ、1934年には南氷洋捕鯨へ進出、北と南の両半球で母船式漁業を運用する数少ない事業者として業界内で首位級の位置を占めた。しかし漁場拡大と並行して1929年に始まった昭和恐慌は魚単価を急落させ、水産会社は軒並み低収益に転じた。共同漁業（現ニッスイ）の利益金も1930年下期の111万円をピークに翌1931年下期には82万円まで約3割減少し、事業規模の急拡大に利益が追いつかない構造が露呈した。経営合理化のための水産会社の合併が業界の潮流となり、動物性たんぱく源の供給と海洋権益の確保を国策に据える政府もこの業界集約を後押しした。

日中戦争から太平洋戦争へ突入するなかで、日本政府は漁船燃料の統制・漁船徴用・出漁海域の制限を矢継ぎ早に強化した。1943年、政府は大手水産会社を統合して国策会社を設立する方針を固め、同社を含む主要な遠洋漁業事業者は日本海洋漁業統制株式会社へ再編され、漁船・漁場・従業員まで一括して国の管理下に置かれた。1911年の田村市郎個人創業から32年にわたり同社を率いてきた田村家と久原財閥を軸とする創業者経営は、ここで事実上断たれた。戦時統制が強いた合併は一時的な管理預かりではなく、創業者一家が会社を代々担うという戦前日本型のオーナー経営を制度として終わらせる転換点であり、終戦時には漁船・母船・工船・冷蔵倉庫の大半が戦火と徴用で消耗していた。

1945年12月、日本海洋漁業統制の解散と同時に、同社は日本水産の社名へ復帰した。しかし戦後の財閥解体政策により、戦前に同社株を集中保有していた久原系の持株構造は分解され、創業者・田村家の支配も戻らなかった。漁業許認可・遠洋操業の技術・業界内の人脈は無形の資産として残ったが、ガバナンスは戦前の財閥・創業者型から、株式が広く分散して銀行・信託が上位株主を占め、非創業家の専門経営者が実権を握る所有と経営が分離した近代企業型へ不可逆に移行した。戦時の国策合併を境に、同社は財閥系のファミリー企業ではなく、株式市場と専門経営者が動かす会社として戦後を出発した。

1945年の終戦直後、日本の食糧事情は極度の逼迫を続け、米穀の配給が滞るなか動物性たんぱく源としての水産物は米と並ぶ主要な国民食としての位置を占めた。GHQ占領下で漁船・漁具の不足と漁場の制限が続くなか、同社は残存漁船の修理と新造船の建造に経営資源を集中し、北洋・南氷洋の操業を年次で再開した。戦前に築いた遠洋漁業のノウハウと漁業許認可を梃子に、1940年代後半から1950年代前半にかけて漁獲量を10年で回復させ、戦後復興期の水産需要を捉えた。漁船を増やせば漁獲が伸び、漁獲が伸びれば利益が上がる戦前からの拡大ループは、戦後復興期の旺盛な需要と結びついて再起動した。

1949年、同社は東京証券取引所への上場を果たし、漁獲から加工・販売までを一貫して担う総合水産会社としての制度的基盤を整えた。株式公開で調達した資金は戦後復興期の漁船建造と北洋漁業の再開、南氷洋捕鯨への本格参入に優先的に振り向けられ、漁業部門の規模回復を5年で果たした。戦前の遠洋漁業体制を復元することが戦後再出発の最短距離であり、旺盛な水産需要に応えるには漁船を増やし漁場を広げる以外の選択肢は事実上なかった。戦後復興期の経営判断として、上場資金の漁船集中投下は疑いなく当時の合理であり、国内の動物性たんぱく供給を支える基幹企業としての地位を同社に与えた。

1952年には戸畑工場で魚肉ソーセージの本格生産を開始し、のちに陸上加工事業の看板商品となる製品を投入した。安価な動物性たんぱく源として戦後の食卓に短期間で普及した魚肉ソーセージは、家庭用市場への販路を同社に与えたが、上場資金の大半が漁船に向かうなかで、陸上加工設備への配分は限定的にとどまった。戦後復興期の水産需要を漁船で捉えるという当時の合理は、漁業の副次的存在として陸上加工を位置付ける構造を同時に固定化した。漁船という資本への集中投資と漁獲量拡大による収益という同社の型は、上場企業の制度を纏いながら、戦後復興期の水産需要と結びついてさらに強固になり、のちの食品メーカー化の遅れの伏線を敷いた。

戦後の食糧難で動物性たんぱく源の供給は不足し、水産物は米と並ぶ主要な国民食として消費が拡大した。同社はこの需要を捉え、北洋漁業ではサケ・マス・スケトウダラ、南氷洋では捕鯨と鯨油供給を二本柱として漁獲量を伸ばし、業界随一の遠洋漁業事業者となった。当時の水産業界では漁船と漁場さえ確保できれば儲かるという論理が業界全体の常識として共有されており、同社はその常識の体現者だった。ニチロや極洋といった同業他社も同様の構造を採っていたが、財閥系の資本力と創業以来蓄積した漁船運用ノウハウで、ニッスイは業界内で首位のポジションを保った。

1950年代後半から1960年代にかけての日本水産業は、漁船の規模拡大・動力化・冷凍化が進み、遠洋漁業のフロンティアが広がった。同社はトロール船や母船式捕鯨船団への投資を重ね、南北両半球の漁場へ漁船を派遣する体制を組み、漁獲した水産物を船上で凍結加工したのち国内市場へ供給した。業界全体の漁獲量は1972年頃にピークを打ち、同社の業績も1972-74年度に純利益34〜40億円のピークを記録した。戦後復興期から高度経済成長期までのおよそ四半世紀にわたり、同社は日本の動物性たんぱく質供給を支える基幹企業のひとつとして社会的な存在感を高め、取引銀行・運輸会社・造船会社との広範なネットワークのなかで主力の一角を占めた。

このピーク期、同社の利益の大半は漁労部門から生まれ、漁船の操業効率が業績を直接左右する構造が定着した。のちに1983年の日経ビジネス記事が伝えるとおり、売上構成のうち自社漁労はわずか16%、しかし利益のほとんどは漁労部門に依存し、商事部門や加工部門は売上規模はあっても利益貢献は限定的だった。この構造は、漁場が拡大し漁獲量が伸び続ける間は最適解だったが、漁場の制約が生じた瞬間、全社業績の急激な悪化を招く脆さを抱えていた。裏返せば、漁業が好調だったからこそ陸上事業に本気の投資が向かわず、1980年代の苦境を自ら準備した。

1950年代半ばの日本水産業は日ソ漁業協定の締結交渉が続き、北洋漁場の将来に不確実性が漂った。鈴木九平社長は1956年、「漁業経営の理想は、多角総合経営であることは論をまたぬ」（ダイヤモンド 1956/05/26）と述べ、漁船中心の経営から加工・販売までを一体化する総合経営への転換を経営課題に掲げた。1961年には東京郊外の八王子総合工場が竣工し、前年の1960年5月には中井春雄専務が同工場を「総合食品会社としての当社水産加工面における生産と販売を睨み合わせた、全国にわたる冷蔵庫網の中心をなすもの」（1960/05）と位置付けた。総合食品会社という公式な自己定義は1961年時点ですでに掲げられ、冷蔵倉庫網と家庭用市場を結ぶ構想は経営陣のなかで輪郭を得ていた。

1959年に策定された体質改善五カ年計画について、中井春雄専務は1965年に「5年間で、陸上加工部門へ111億円、開運部門へ233億円、その他子会社関係へ63億円、合わせて407億円」（ダイヤモンド 1965/01/01）と内訳を明かし、「8年前、日ソ交渉がはじまったときですよ。あの時に、私は日本水産として将来の行き方をここでハッキリ決断しなければいかんと思ったんです」「陸上も、オカへ上がったカッパなどと言われました」（同）と述懐した。1956年の日ソ交渉の衝撃を受けて経営陣は陸上転換を決意したが、資本配分は海運部門が6割近くを占め、陸上への投資は計画ほどには進まなかった。社内には陸上進出を揶揄する空気も残り、方針は海上部門偏重へ反転した。

同社の多角化挑戦は消極的ではなく、10件を超える新規事業へ手を広げたが、本業が儲かるほどに経営資源が陸上へ集まらず、中途半端に終わる案件が積み重なった。1959年から10年続けたマヨネーズ、1965年からの即席ラーメン、1962年からのチーズ、1975年参入のレトルト食品と食品事業は撤退が相次いだ。岸本純一副社長は「陸上施設なら1工場に10億円もかければ最新の加工設備が持てる」（日経ビジネス 1983/10/31）と述べ、漁船1隻30億円近い漁労部門との資本効率の落差を認めた。陸上投資の余力はあったが、漁労部門の収益に依存する体質と組織文化が、20年にわたり経営陣が掲げた多角総合経営の実行を阻んだ。

1976年4月、米国のフォード大統領は「1976年漁業保存管理法」に署名し、翌1977年3月1日の発効とともに自国沿岸から200カイリの排他的経済水域を一方的に設定した。国連海洋法会議の討議が続くさなか、米国が条約成立を待たずに国内法を強行成立させたことは世界を驚かせ、ソ連や欧州諸国がこれに追随した。その結果、日本の遠洋漁業は主要漁場のほぼすべてから操業を制限される事態に追い込まれた。日本政府は当初から反対の立場を貫いたが、領海12カイリと経済水域200カイリの枠組みは国際交渉の大勢として固まり、漁業専管水域という概念を押し戻す政治的余地はほとんど残されていなかった。サケ・マスの回遊水域全域まで管轄権を広げる米国の規定は、同社の主力である北洋漁業を直撃した。

事態の重大さを察した日本水産業界は、1976年夏から日米漁業交渉に向けた動きを加速させた。事務レベルの協議に始まり、労働組合レベルの訪米、自民党議員団の陳情、さらに三木武夫首相とフォード大統領のトップ会談にまで及んだが、米国の強硬姿勢は動かなかった。同年8月16日、同社の小副川社長を含む大手水産会社のトップ10人は「みんなで遠洋漁業を守ろう」（日本水産の70年）と記したタスキをかけて東京・有楽町の日劇前に並び、通行人に意見広告入りの缶詰を配りながら署名運動を繰り広げ、集めた署名を添えた陳情書を内村良英水産庁長官に手渡した。業界を代表する大手水産会社の経営者が街頭に立つこと自体、遠洋漁業の前提が一夜で崩れた事実を示す異例の行動だった。

200カイリ元年の1977年度、同社の売上高は3796億円、経常利益117億円、当期利益30億円と見かけ上は好成績を保ったが、魚価の一時的な堅調と開発輸入の拡大が支えた数字であり、漁獲量そのものの減少は覆い隠せなかった。1978年度の漁獲量は1972年比でおよそ50%まで減じ、漁場規制に石油ショック後の燃料費・漁業資材費高騰と入漁料負担が重なって経営を圧迫した。チリ・アルゼンチン・ニュージーランド漁場での合弁事業や共同操業方式の導入、沿岸諸国との折衝による入漁権確保、商事部門による水産物買付けの拡大などで操業の急落は避けた。だが漁業単独モデルの限界が構造問題として浮かんだ1977年は、創業以来半世紀続いた漁船さえあれば儲かる時代の終わりだった。

1980年代、漁場の半分を失ったにもかかわらず、同社の大口社長体制はトロール船への集中投資を止めなかった。1983年9月、広島県因島の内海造船田熊工場で進水したトロール船「越前丸」は総トン数2800トンの省エネ型新造船で、総工費約30億円を投じて建造した。1980年以降に建造した新造トロール船は越前丸を含めて4隻、投資総額は120億円に上った。業界では脱漁労を掲げて陸上加工や総合食品メーカーへの転換を進める流れが強まっていたが、同社は漁労投資を止めず、外部から虚仮の一念とも形容されるほど漁労重点主義を貫いた。この一点突破の戦略と、それを支えた財務体質が1980年代の業績維持の決め手と当時の経営陣は自負していた。

なぜ業界の潮流に反する漁労投資が続いたのか。その理由は同社の利益構造が極端に漁労部門に偏っていた点にある。1983年当時の売上構成では、自社漁労は16%にすぎず、商事部門54%・加工部門29%という比率だったにもかかわらず、利益のほとんどは漁労部門から生まれていた。加工部門は1982年度にようやく宣伝費・事務経費などを負担したうえで黒字転換したばかり、商事部門の売上高利益率は1%にも届かなかった。新造船による漁労効率の向上は、縮小する漁場のなかで残された唯一の成長源として経営陣の目に映った。岸本副社長が述べた1工場10億円という陸上投資の効率性を経営陣は認めながらも、漁労重視の組織文化はすぐには切り替わらなかった。

当時の大口社長は「水産業界という小さな土でこそ、そこそこの業績とみてもらえても、食品という広いグラウンドに身を置けば、売上高経常利益率で1.39%では低収益会社」（日経ビジネス 1983/10/31）と自ら認めた。業界内では相対的な優良企業だが、食品メーカーとして見た場合は低収益だという落差を、経営陣は自覚していた。それでも食品事業への転換はすぐには起こらなかった。漁労への先行投資で相対優位を守りつつ多角化も並行する戦略を採ったが、限られた経営資源のなかで新規領域への本格的な資本投入は進まず、食品メーカーとしての競争力蓄積はさらに遅れた。

1988年、同社は「近未来構想」を公表し、1995年をメドに水産・加工食品・総合物流・サービス・ファインケミカルの5事業を経営の柱に据える方針を示し、本格的な脱漁労リストラを宣言した。だが国井康夫常務は、「予想以上に早く漁場から締め出されてしまった」（日経ビジネス 1991/8/19）結果、新規事業に資金を投入する余裕がなくなり、リストラを減速させたと率直に認めている。縮小する漁労部門がなお利益源であるため、構造改革の原資を生み出すのが改革対象の漁労部門そのものという矛盾が、脱漁労の歩みを遅らせた。10年以上前から脱漁労を掲げていたのに、魚で食べてこれた現実が危機感を鈍らせ、意識が変わるまで長い時間を要した。

1990年10月、米沢邦男副社長は「外国の200カイリ水域内で、日の丸の国旗の下で操業する遠洋漁業は、ほとんど壊滅してしまったといえます」「1975年が374万トンあったけれど、今は買い付けを含めても数10万トンいくかいかない程度」（日経産業新聞 1990/10/31）と率直に認めた。日本の遠洋漁業が規模で10分の1以下へ急減した実態のなか、同社は1990年3月期に上場以来初となる経常赤字2.6億円を計上し、翌1991年3月期には赤字幅が14億円へ広がった。係船料が月5000万円にのぼるトロール船を14隻から8隻へ削減する減船に踏み切り、同業他社が相次いでトロール漁業から撤退する流れのなか、同社もようやく漁労部門の規模縮小に着手した。

1980年代後半、同社は海外と陸上の二方面で将来への布石を打った。1974年に設立した米国合弁NIPPON SUISAN(U.S.A.)とチリ合弁を土台に、1988年にチリのサケ養殖会社SALMONES ANTARTICAを買収、米国西海岸でスケトウダラ加工を担うUNISEAの買収にも踏み切り、漁場アクセスと加工拠点を海外へ分散する戦略を採った。1982年にはEPA栄養補助食品の販売を本格化し、魚体に含まれる機能性成分を医薬品や健康食品の原料として高付加価値化するファインケミカル事業にも着手した。持田製薬との提携による臨床試験やムラサキウニ糖たんぱく由来の抗ガン剤研究にも取り組んだ。これらの投資は、20年後のゴートンズ買収へ続く海外展開の土台となった。

2001年10月、同社は北米で家庭用水産冷凍食品の最大手ブランドである「ゴートンズ」と「ブルーウォーター」の事業をUnileverから一括買収した。米国の家庭用水産冷凍食品市場で首位のゴートンズの獲得は、対価1億7500万米ドルで、日本発の水産会社としては前例のない規模の海外ブランド投資だった。これ以前の同社の海外戦略は漁場アクセスの確保と水産物の輸出が柱だったが、ゴートンズ買収によって現地の消費者向けブランドを自ら保有し、小売チェーンの棚を直接掌握する事業モデルへ切り替えた。つまり、輸出企業から現地ブランド企業へと、海外事業の性格自体が塗り替わった瞬間である。

2005年には業務用水産冷凍食品の有力企業KING & PRINCE SEAFOODを買収し、家庭用と業務用の両面で北米水産加工食品のフルライン体制を整えた。2006年にはデンマークのNORDIC SEAFOODやフランスのCITE MARINEにも資本参加し、北米・欧州の主要市場を跨ぐブランド網を組んだ。現地の有力ブランドや加工拠点を直接取得するM&A型の成長戦略は、輸出拡大では到達しえない市場ポジションをもたらし、日本発の水産会社が北米の消費者市場でブランドを保有し、小売チェーンへの販売網を自ら掌握する体制を整えた。ニチロや極洋が国内再編や業務用特化で活路を探るなか、消費者向けブランド保有へ踏み込んだのは同社のみだった。

買収後は現地経営陣への権限委譲を進めつつ、日本側は原料調達と品質管理の知見を提供し、両市場の強みを結び合わせる経営体制を組んだ。しかしブランド買収はのれん償却負担や為替変動リスク、現地市場での競争激化という新たな経営課題も同社に背負わせた。ゴートンズ買収後のブランド刷新と製品ラインナップの再構築には相応の時間と投資が必要となり、ブルーウォーター事業の収益化には長期間にわたり苦戦が続いた。買収で蓄積したブランドと販売網は長期的な資産として残ったが、収益の構造的な弱さは後のリーマン・ショックで表面化した。

2009年3月期、リーマン・ショック後の魚価下落と為替差損が重なり、同社は純損失162億円を計上した。営業利益は32億円の黒字を保ったが、特別損失の膨張が長年蓄積した財務体質の脆さを露わにした。その結果、海外事業の収益力が外部環境の変動に敏感だという構造的課題が経営陣の前に突き付けられた。ゴートンズ買収から8年、北米・欧州のM&Aで組んだグローバル事業網が、のれんと為替という要素で全社業績を振り回す現実が数字で示された。業容拡大と収益性という2つの課題を同時に追う海外ブランド戦略が、景気循環の底で脆さを見せた一件は、のちの事業ポートフォリオ再構築へつながった。

続く2011年3月期には東日本大震災の影響と原料調達の混乱で再び純損失に転落し、2013年3月期には退職給付関連の影響を主因として純損失47億円を計上した。営業段階では黒字を保ちながらも特別損益に業績を左右される不安定な収益構造が続き、売上高5000億円前後で推移するなか営業利益率は1〜2%台にとどまった。グローバル食品メーカーとして見た収益力の弱さを国内外の投資家から繰り返し指摘され、事業ポートフォリオの見直しを求める声も強まった。海外ブランド買収が成長の柱となったが、のれんと為替による損益変動が全社業績を振り回す構造は経営陣が取り組むべき課題として残った。

当時の経営陣はコスト削減と低採算事業の整理を並行して実施したが、海外事業の立て直しには想定を超える時間を要し、営業利益率の向上を最優先課題に置き直した。2014年3月期には営業利益率が2.8%、2016年3月期には3.1%と改善が始まり、国内食品事業の高付加価値化と海外子会社の収益改善を柱とする方針が固まった。国内食品事業の冷凍食品部門が比較的安定した収益を生んでいたことが、のちに食品事業を収益の柱に据える判断の根拠となり、水産事業の位置づけも漁獲から養殖へ移す布石となった。リーマン後の一連の教訓が、次のブランド再編と事業ポートフォリオ再構築を準備した。

2017年6月に就任した的埜明世社長は、食品事業の高付加価値化を全社の最優先課題として据え直し、改革を前倒しで実施した。2018年3月期の売上高は6830億円・営業利益率3.4%に達し、国内食品事業では冷凍食品を中心に価格改定と商品ミックスの改善を積み重ねた。的埜社長は就任時に食品分野でよりよい位置を占めたいとの方針を打ち出し、水産一筋で歩んできた同社が食品メーカーとしての自己定義へ踏み込む意思を外部へ発信した。海外食品事業でもゴートンズブランドの収益改善に注力し、欧州ではフランスのCITE MARINEの事業を拡張、北米と欧州の両市場で収益改善を同時に実施した。

2020年6月に浜田晋吾が社長に就任すると、売上高1兆円・営業利益率5%を掲げる長期ビジョン「Good Foods 2030」を策定した。2022年12月、創業以来の商号「日本水産」を「ニッスイ」へ変更して食品メーカーへの転換を明示、株式会社ホウスイと日水製薬を売却して医薬事業から撤退、水産・食品・ファインケミカルの三本柱へ経営資源を絞った。FY22(2023年3月期)には食品事業が売上高4179億円を計上して水産事業の3103億円を上回る主力事業へと逆転した。浜田社長は水産にこだわらず、健やかな生活とサステナブルな未来を実現する会社でありたいと述べ、水産会社としての自己定義から離れる意思を示した。

2025年4月の中期経営計画「Good Foods Recipe2」は、2028年3月期の売上高9700億円・営業利益410億円を数値目標に掲げ、3年間で約1100億円を海外食品事業・南米養殖・ファインケミカルへ集中配分する方針を示した。2026年1月、チリのサーモン養殖会社PESQUERA YADRAN S.A.を1億3300万米ドルで完全子会社化し、2030年に南米サーモン養殖を年間8万トン超へ拡大する計画を発表した。「獲る漁業」から「つくる漁業」への構造転換が数字として形を取り、養殖が事実上、次の柱に据わった。FY25の売上高8861億円・営業利益率3.6%は、1990年以来35年を経た低収益体質からの脱却を示す水準であり、かつて「漁業会社」と呼ばれた同社を食品と養殖の双翼で稼ぐ企業へ塗り替え、売上高1兆円という長期目標への軌道に同社を載せた。