1889年、山内房治郎は京都の寺町通二条で花札の製造販売業を起こした。山内家はすでにセメント販売業「灰孝本店」を営んでおり、花札はあくまで副業の位置づけだった。当時国内のタバコ販売で勢力を持っていた村井兄弟商会の販路に相乗りし、花札を全国へ広げた。花札とタバコは購買層の重なりが大きく、既存流通網に乗せたことが早期の市場掌握を支えた。1906年には西洋式カルタの製造にも進出し、1933年に合名会社山内任天堂を設立、1947年に株式会社丸福として法人化し、1951年に任天堂骨牌株式会社へ商号を改めている。京都の小規模事業者が集積する遊技具産業のなかで、家内工業から外へ出ない経営が長く続いた。

1949年、取締役社長の山内積良が66歳で急逝した。孫にあたる早稲田大学在学中の山内溥が22歳で社長を継ぐ前代未聞の事業継承となる。周囲は任天堂もこれでいよいよ終わりだと半ば公然と評した。しかし山内本人は後年「無性に腹が立った」（任天堂商法の秘密 1986）と述懐している。山内が最初に打ち出したのは家内工業的な旧来の生産体制からの脱却で、下請けや人海戦術に依存していた製造工程を近代化する方針だった。1952年には京都市内に分散していた製造拠点を本社工場へ集約し、大量生産を前提とする機械化工場体制を整える。22歳で背負った会社を作り変える起点が、ここに置かれた。

1953年、任天堂は国産初となるプラスチック製トランプの量産を始めた。従来の紙製に比べ耐久性が格段に上がり、製造装置を自社で内製化したことで、安定供給と品質の均質化という二つの競争優位を同時に手にした。1959年には台紙貼合機や自動切断機といった基幹設備の自社開発にも成功し、1961年6月期にはトランプ工場の従業員156名で生産高3.7億円を計上する規模に成長した。山内自身も「トランプごときの宣伝にテレビCMを打つなんて、当時では、およそ常識はずれの話」（日経ビジネス 1983/5/30）と当時を振り返っており、家内工業から脱却できない同業零細との格差は年ごとに広がった。

1959年にディズニーと提携してキャラクタートランプの国内独占販売権を取得し、翌1960年から本格化させたテレビCMで全国の問屋や百貨店への販売ルートを開拓した。1960年代初頭にはトランプの国内シェア約80%という事実上の独占を築き、1962年には大阪証券取引所と京都証券取引所に上場した。同時期の業界紙も、京都のこじんまりとした会社が儲ける企業として頭角を現したと評している（野田経済 1964/7）。しかし1956年の渡米視察で山内が目の当たりにしたのは、全米最大手のトランプメーカーですら事業規模が限られるという現実だった。トランプ産業そのものに市場規模の天井があり、次の事業領域への模索を迫られた。

1960年、任天堂はダイヤ交通を設立してタクシー事業に進出し、1963年には近江絹糸との合弁で加工食品事業にも踏み込んだ。さらに即席ライス事業にも触手を伸ばすなど、トランプ市場の天井を破るための矢継ぎ早な多角化だったが、いずれもトランプ製造で培った技術や販路との連続性を欠き、安定した競争優位を築けないまま1969年までに全て撤退した。山内溥は後年「トランプやカルタが売れなくなりましたので、次第に他のことをしなくてはならない必要に迫られて転身を図った」（任天堂商法の秘密 1986）と振り返り、この時期を「もうどうにもならない状態」（日経ビジネス 1983/5/30）と表現している。

多角化の全敗は結果として「娯楽の外には出ない」という経営方針を固めさせ、1966年には「総合室内ゲーム企業」への転換が社内で正式に決まった。ウルトラハンドや光線銃SPといった機械仕掛けの玩具時代を経て、1977年にテレビゲーム事業へ参入する。1980年に発売した「ゲーム&ウオッチ」は爆発的なヒットとなり、1982年時点でポケット型電子ゲーム市場の50%強を握るトップメーカーに立った（読売新聞 1982/9/12）。1983年7月、本体価格14,800円の「ファミリーコンピュータ」を発売し、リコーへのカスタムCPU委託と自社設計の組み合わせで低価格を成立させた。収益はソフトウェア販売で長期回収する独自の事業構造を採り、連結売上高は1981年の239億円から1989年の2,912億円へ飛躍した。

1996年にゲームボーイ向けソフトとして発売された「ポケットモンスター」は、通信ケーブルを用いたモンスターの交換と対戦という新しい遊び方を提示した。発売から10年近くが経った「枯れたハード」の上でソフトウェアの用途発明によって需要を再喚起する構造は、以後の任天堂を支える事業モデルの典型となった。1997年にテレビアニメの放映が全国で始まり、1998年には劇場映画の公開と同時に株式会社ポケモンが共同設立され、ゲームの枠を超えたIP多角展開の体制が整った。ゲームボーイの累計販売台数はやがて1億台を突破している。最新ハードへの開発投資競争が激化していたゲーム業界にあって、敢えて旧型ハードのソフト価値で勝つ任天堂のやり方は、コスト構造と収益構造の両面で同業他社と一線を画す独自路線として定着した。

ハード戦争の構図は1990年代後半に変質する。任天堂はソニー連合と組んだ次世代機構想の開発で部品ロット数の判断を巡り対立、山内は後年「ギャンブラーにはかなわない、僕は降りようと思いました」（日経ビジネス 1995/10/9）と当時の決断を振り返っている。2002年に山内溥が社長を退き、HAL研究所出身のプログラマーである岩田聡が42歳で新社長に就いた。創業家以外からの社長登用は任天堂の歴史で初である。岩田体制のもと2004年に発売したニンテンドーDSは二画面構成とタッチパネル操作を採り、2005年発売の「脳を鍛える大人のDSトレーニング」で大人や高齢者まで顧客層を広げた。2006年にはモーション操作の据置機Wiiを投入し、「Wii Sports」でファミリー層を取り込み、DSとWiiの二重ヒットで2009年3月期に連結売上高1.8兆円という過去最高を記録した。

DSとWiiという二つの大ヒットの後継機はいずれも前世代の成功を再現できず、2010年代前半の任天堂を長期低迷へ押し戻す転換点となった。3DSは裸眼立体視を前面に打ち出したが、DSの「脳トレ」に匹敵する用途拡張型のキラーソフトを欠き、累計販売台数は約7,500万台にとどまった。Wii UはGamePadが付いただけのWiiに過ぎないという消費者の誤解を払拭できず、累計販売台数はわずか約1,350万台に終わった。スマートフォン向けゲームの普及で家庭用ゲーム機市場そのものの収縮が懸念された時期と重なったことも、後継機の苦戦を増幅させる要因となった。岩田聡社長は「Wii Uの製品価値をしっかりとお伝えできていない」「努力不足を痛感している」（任天堂 決算説明会 2014/1/30）と繰り返し反省を述べている。

2009年3月期をピークに連結売上高は8期連続で減少し、2012年と2014年にはついに最終赤字に転落した。携帯機と据置機の二系統を並行維持する事業構造そのものが、開発リソースの分散とソフトウェア供給の谷間を生む要因だった。2015年7月、岩田聡が55歳で急逝する。2013年の山内溥逝去に続き、2人の重要な経営者を短期間に失う事態となった。後任の君島達己は経理と法務畑出身の実務家で、ゲーム開発者でも創業家出身者でもなく、社内外には次の経営体制が固まるまでの過渡期人事と受け止める空気が広がった。業界紙は据え置き機と携帯機の二本柱が揺らぐ任天堂にとってSwitchが窮地で投入する新型機になると当時の状況を描いている（日経産業新聞 2017/3/6）。

2017年3月、任天堂は携帯機と据置機の物理的境界を取り払った新コンセプトのハードウェア「Nintendo Switch」を発売した。単一プラットフォームへ事業構造を集約したことで、従来は二系統に分散していた開発リソースを一つのハードに集中投下でき、自社IPを計画的かつ連続的に市場投入できる事業設計に踏み出せた。発売から2か月の時点でも家電量販店では入荷とほぼ同時に売り切れる品薄が続いた（日経MJ 2017/5/24）。「ゼルダの伝説 ブレス オブ ザ ワイルド」「スプラトゥーン2」「スーパーマリオ オデッセイ」といった看板タイトルが発売年内に相次いで投入され、2018年3月期に8期続いた連続減収に終止符が打たれた。

2020年3月発売の「あつまれ どうぶつの森」はコロナ禍による室内需要の高まりと合致してヒットし、累計販売本数は4,585万本（2024年10月時点）に達し、Switchの累計販売台数は1億台を突破した。単一プラットフォームへの統合は「ヒットの次の谷」を浅くする構造を生んだ反面、二系統が一本化された分、次世代機の成否が業績の全てを規定するリスクも一点集中させた。Switchの初期企画は岩田時代に始まったが、市場投入と商業的成功を担ったのは岩田不在の組織体制である。創業家を退いた山内、開発者出身の岩田、いずれの個人にも依存しない形で看板ハードを大ヒットさせた事実は、任天堂の経営史でも例外的な成果として残る。属人性に依存しない経営でも長期にわたる事業継続と成功の再現が可能なことを、任天堂は自らの組織で示した。